| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 367,644 | G→T | 100% | intergenic (‑96/‑62) | nanA ← / → bglK | N‑acetylneuraminate lyase/Beta‑glucoside kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 367,644 | 0 | G | T | 100.0% | 108.3 / NA | 34 | intergenic (‑96/‑62) | nanA/bglK | N‑acetylneuraminate lyase/Beta‑glucoside kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (22/12); total (22/12) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTT > USA300TCH1516_ALE/367515‑367779 | aCGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTTTattcatattcat > 1:43389/1‑140 (MQ=255) taAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATCGTTTTCATATGTATGTAtaattaa > 2:244697/1‑140 (MQ=255) ttttAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGaaaa > 1:47847/1‑140 (MQ=255) tttAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAAAt < 2:20798/140‑1 (MQ=255) 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2:266152/140‑1 (MQ=255) tGTATTCATATTTATGTATAATTAATGAAACTGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATGGGAATGGAAAGTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATGAAAAAGCAATGGatagtgat > 2:116439/1‑133 (MQ=255) | ACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTT > USA300TCH1516_ALE/367515‑367779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |