Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	1,278,140	A→C	intergenic (+165/‑208)	frr → / → uppS	Ribosome‑recycling factor/Isoprenyl transferase

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*	USA300TCH1516_ALE	1,278,140	0	A	C	100.0%	91.9 / NA	25	intergenic (+165/‑208)	frr/uppS	Ribosome‑recycling factor/Isoprenyl transferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (19/6);  total (19/6)

TTAAAATGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAA  >  USA300TCH1516_ALE/1277996‑1278283                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                ttAAAATGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCAtt                                                                                                                                           >  2:300134/1‑151 (MQ=255)       tGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGtat                                                                                                                                     >  1:285324/1‑151 (MQ=255)                  aaCGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTataat                                                                                                                          >  2:306612/1‑151 (MQ=255)                          ngTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTAt                                                                                                                  >  2:70887/2‑151 (MQ=255)                                              tGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAgtat                                                                                              <  1:234373/151‑1 (MQ=255)                                               gTTTAATTAAATAAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTAATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAgtatg                                                                                             >  2:249711/1‑151 (MQ=255)                                                        aaTCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTcaca                                                                                    >  1:125656/1‑151 (MQ=255)                                                        aaTCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTcaca                                                                                    >  1:290344/1‑151 (MQ=255)                                                                  gCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGgtgt                                                                          >  2:175068/1‑151 (MQ=255)                                                                    aTGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTaa                                                                        <  2:285324/151‑1 (MQ=255)                                                                     tgtgATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTaaa                                                                       >  1:164372/1‑151 (MQ=255)                                                                      gtgATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAAc                                                                      <  2:231977/151‑1 (MQ=255)                                                                             tttAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCg                                                               >  1:45356/1‑151 (MQ=255)                                                                             tttAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCg                                                               >  1:130449/1‑151 (MQ=255)                                                                                                   aaaTGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTTGGTATTTTTGTACCTCATTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGtttt                                         >  1:63590/1‑151 (MQ=255)                                                                                                   aaaTGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGtttt                                         >  2:169152/1‑151 (MQ=255)                                                                                                            ttAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTTTGTGTATTTTATGGTGTATAATGTAGAGAGTCAGTATTTGATAACGTTTTTTTATTTga                                >  1:29192/1‑150 (MQ=255)                                                                                                            ttAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGc                                >  2:101804/1‑151 (MQ=255)                                                                                                            ttAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGc                                >  2:53968/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                          taaAGATATAATTTAAGAATAAACGGAATAAGGTATATTGCGATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTAAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTAAAGTGTTTTTATTTGCTTATTCAATGCAtt                  <  2:254967/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                          taaACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCAtt                  <  2:281162/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 ataCTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAg           >  1:61547/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                   aCTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTa         <  1:104725/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                                         taaataaTCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATaa   >  1:46152/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                          aaataaTCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATaaa  >  1:59211/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                TTAAAATGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAA  >  USA300TCH1516_ALE/1277996‑1278283

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑