| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 95.2% | 707.0 / 14.4 | 162 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/3); new base . (89/65); total (92/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATA‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 | ttgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa‑a > 1:151513/1‑141 (MQ=255) tatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa‑aaaa < 1:153542/141‑1 (MQ=255) atGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa‑aaaaa > 2:175103/1‑141 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAATa‑aaaaatata > 1:266784/1‑137 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATAc > 1:2542/1‑141 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACa > 1:169136/1‑141 (MQ=255) tttACACTAGTGCTCAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTATTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACa > 2:261488/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCCATATCAAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCCCTCTTTCTTATGCTGTTTAATTACTATATTACAAAT‑‑AAAAAATATACac > 2:63051/1‑140 (MQ=255) acacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCt > 2:2729/1‑141 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTa > 2:309361/1‑141 (MQ=255) cacTACTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGTACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATCCTACAAAT‑‑AAAAAATATACAtata > 2:356808/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTaa < 1:319857/141‑1 (MQ=255) tAGTGCTTAAATTTTCAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAg < 2:181219/141‑1 (MQ=255) tAGTGCTTAAATTTACAGGTATGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAg < 1:153041/141‑1 (MQ=255) aGTTCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 1:65301/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 2:52145/141‑1 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 1:271357/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGTACTATTTCTTATGCTGTTTAATTATTATACTACCAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 2:169168/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:261195/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTTACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATTTCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt < 2:340151/141‑1 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 2:199489/1‑141 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt < 1:112936/141‑1 (MQ=255) tttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAt > 2:209893/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTAACCAAGTAATGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGGTAAATTAAGGaaa > 2:102834/1‑141 (MQ=255) aGGTTTGTCAATAAGTATTGAATGATATTGGTTTTCTCAATATACAGAATTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTATTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 2:89149/141‑1 (MQ=255) aGGTTGGTCAACAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 2:202593/141‑1 (MQ=255) ggTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaaa > 2:128883/1‑141 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAtg > 2:207319/1‑140 (MQ=255) tatGTTACAAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTATCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa < 1:369163/139‑1 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTCAAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt > 1:317985/1‑141 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt > 2:336736/1‑141 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt > 1:350162/1‑141 (MQ=255) ccAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTag > 1:346693/1‑141 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTaga > 1:94015/1‑141 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag > 2:190100/1‑141 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTAAATATCCAGCAATTTTCTTTATAATTCTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATAATAAAAA‑A‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTagag < 2:327988/141‑1 (MQ=255) aTTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAata > 1:118677/1‑141 (MQ=255) tGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAGGGGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAtata > 1:202122/1‑141 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 1:213774/1‑141 (MQ=255) gAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 2:1460/1‑141 (MQ=255) agATCTTGGTTGTCTCAATATTCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTA‑AAAAA‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaaa < 2:36516/140‑1 (MQ=255) ttgtttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa < 2:283568/138‑1 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTACATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 2:195250/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 1:296880/1‑141 (MQ=255) gTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg > 2:239887/1‑141 (MQ=255) tctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAt > 1:188026/1‑141 (MQ=255) atatCCAGAATTTTTCTTTATAATTTACGTGTTATTTCTTATGATGCTTAATTACTATA‑‑ACAGATATAAATAATATACATCTTAAGGTTACATTAATTAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc > 2:97620/1‑141 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 1:23041/141‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGAAAttaataa > 1:178909/1‑136 (MQ=255) tCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 1:175103/141‑1 (MQ=255) cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa > 1:353581/1‑141 (MQ=255) aGAAATTTACATGATAATTCAAGCACTATATCGTATGCTGTTTAATTACGATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTCATATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGaaa < 2:66007/141‑1 (MQ=255) gAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaaat > 1:246013/1‑140 (MQ=255) gAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAc > 2:113803/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATCGAAAACAACAAGGACTTTCTCAAGAAACtt < 2:91566/141‑1 (MQ=255) tttgCTTTATAATTGTAGCAATATTTCTTATGCTGGTTAATTACTATAATACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa < 2:86762/141‑1 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCGTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATAAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTCaa > 1:162136/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:64518/1‑141 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 1:134288/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:146068/1‑141 (MQ=255) ttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCAAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:131022/141‑1 (MQ=255) ataATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACT‑CAAAAT‑AAAAAATATACATATAACGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGACAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaaca > 2:358164/1‑139 (MQ=255) aaaaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 2:94015/139‑1 (MQ=255) aTTGTAGTACTATTTCTTATGCTGGTTAATTACTAAAATACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:310757/141‑1 (MQ=255) aTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:357071/141‑1 (MQ=255) tGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaa < 1:323603/141‑1 (MQ=255) gTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACACCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaa > 1:76596/1‑141 (MQ=255) gCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgt > 1:293738/1‑141 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt < 1:261195/141‑1 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt > 1:237475/1‑141 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt < 2:16284/141‑1 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgtt > 2:75627/1‑140 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc > 1:358787/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc > 1:380234/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 1:190100/141‑1 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAGTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTATAg > 2:268796/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg > 1:186646/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg < 2:229968/141‑1 (MQ=255) tcctaggCTGTTTAACTACTAAACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTACAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGTCAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGc < 1:255060/135‑1 (MQ=255) cTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa > 1:54073/1‑141 (MQ=255) ttATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAAGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAACCAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa < 1:167580/141‑1 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTGCTATCCTACAGAT‑‑AAAAAATATACATCTAGAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa > 1:209517/1‑141 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa > 1:51704/1‑141 (MQ=255) tGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTGTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTATAGGCAAACt > 1:95005/1‑141 (MQ=255) aacTGTATAATTACGAAACTACAAA‑C‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGATTTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACt < 2:353376/139‑1 (MQ=255) cTGGTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt < 2:32279/141‑1 (MQ=255) gTTTAATTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTa < 1:128883/141‑1 (MQ=255) taaaTTACTAAACTAAAAATA‑AAAAAA‑AAACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt < 2:333572/139‑1 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTactca > 2:284285/1‑137 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATAAAAAGTGACTAGGCAAACTATTAATGCa > 1:162951/1‑141 (MQ=255) aTTACTAAACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa < 2:378040/141‑1 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 2:57885/1‑141 (MQ=255) actatactaCAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTCGCGAATATAGCAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAATTTAAGTAAAGAATGAAAAGTGGCTAGGCAAACTATTAATGCAATa > 2:33181/1‑141 (MQ=255) atataataCAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATGTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg < 1:234429/140‑1 (MQ=255) atacaaCAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa < 2:111548/141‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaa‑aaaaaATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa < 2:29272/135‑1 (MQ=255) actacAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaaaa > 1:71557/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat < 2:350162/141‑1 (MQ=255) cAAAT‑‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat < 1:111472/141‑1 (MQ=255) a‑aaaaaaTATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaataaat < 1:280865/141‑1 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATA‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |