New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	22 (0.700)	20 (0.920) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	15/180	NT	56.9%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
	?	USA300TCH1516_ALE	1998278 =	NA (NA)					intergenic (‑6/+3329)	USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883	tRNA‑Val/tRNA‑Ala

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512757                                                                                                                                             |                                                                                                                                          gccacaccttctcccctgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgattgtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttcccagtcagtctttccagcaagtgttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                           >  1:183911‑M1/141‑141 (MQ=255)  tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                          <  2:307137‑M1/2‑1 (MQ=255)    gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGGAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                        >  1:264998/1‑141 (MQ=255)     cGTTGAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAGTTCCTAACGAAAATTGATTTTaaaaa                                                                                                                                       >  2:265231/1‑141 (MQ=255)                        aGGTGTAATTTTTACCGGTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                    <  2:222776/141‑1 (MQ=255)                         ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAATCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAAATTTTCATGGTGATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                   <  2:82641/141‑1 (MQ=255)                         ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                   <  2:5912/141‑1 (MQ=255)                         ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                   <  1:178054/141‑1 (MQ=255)                         gatgaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttatgctagagtagaacgttgcaaggcagtttttttatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTGTTGACTTAAAtgttga                                                                                                                   >  2:88209‑M1/117‑139 (MQ=255)                          gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                  <  2:226644/141‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.