| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 741,261 | C→A | 13.5% | intergenic (‑103/‑258) | sle1_2 ← / → ybhL | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1/Inner membrane protein YbhL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 741,261 | 0 | C | A | 13.5% | 87.8 / 2.3 | 37 | intergenic (‑103/‑258) | sle1_2/ybhL | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1/Inner membrane protein YbhL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/14); new base A (2/3); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCTGTTATTGCAAATGCTAATTTTTTCAAAGGGACTCCTCCTTAAAATTATGTTTTACTACTTTTAAAAATTATTAAGACAATTTATATAGTAAATTAAGTTTTCGTTTTATATTACGATTTCCATATTATCAAAAATAAGTAGCTTTGTGTGGTTTGTTATTATCTTGTAATATTATTAACATTTTAGGATATCGGTTCATATTTTTATAAATGCTGATTTGATAGTGTATAAAAGCGTTTTAGTGATTTTAACTAATTATAAAAAATT > USA300TCH1516_ALE/741128‑741399 | ttGCTGTTATTGCAAATGCTAATTTTTTCAAAGGGACTCCTCCTTAAAATTATGTTTTACTACTTTTAAAAATTATTAAGACAATTTATATAGTAAATTAAGTTTTCGTTTTATATTACGATTTCCATATTATCAAAAATa < 1:248600/141‑1 (MQ=255) gCTGTTATTGCAAATGCTAATTTTTTCAAAGGGACTCCTCCTTAAAATTATGTTTTACTACTTTTAAAAATTATTAAGACAATTTATATAGTAAATTCAGTTTTCGTTTTATATTACGATTTCCATATTATCAAAAATAAg > 1:176290/1‑141 (MQ=255) cAAATGCTAATTTTTTCAAAGGGACTCCTCCTTAAAATTATGTTTTACTACTTTTAAAAATTATTAAGACAATTTATATAGTAAATTAAGTTTTCGTTTTATATTACGATTTCCATATTATCAAAAATAAGTAGCTTtgtg < 1:355913/141‑1 (MQ=255) tGCTAATTTTTTCAAAGGGACTCCTCCTTAAAATTATGTTTTACTACTTTTAAAAATTATTAAGACAATTTATATAGTAAATTAAGTTTTCGTTTTATATTACGATTTCCATATTATCAAAAATAAGTAGCTTTGTGTGGt < 2:157665/141‑1 (MQ=255) 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USA300TCH1516_ALE/741128‑741399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |