| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000731 | 25,189 | 0 | C | A | 5.7% | 534.0 / 4.0 | 173 | intergenic (+87/‑159) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/87); new base A (2/12); total (74/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
AATATCACAAGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTA > CP000731/25049‑25329 | aaTATCACAAGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATAc < 1:175677/141‑1 (MQ=255) atCACAAGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAAAAATTATACaaa > 2:225251/1‑140 (MQ=255) aaaaGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGaaa < 1:327205/139‑1 (MQ=255) gACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAag > 2:21169/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ataatTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCaaa > 1:295821/1‑141 (MQ=255) aatataCAAAAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATAc < 2:161061/139‑1 (MQ=255) ttATAAAAGAAAACAGAGTGCGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGGAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACt < 2:247758/141‑1 (MQ=255) aCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACttttt > 2:132663/1‑141 (MQ=255) cAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTa < 1:345099/141‑1 (MQ=255) | AATATCACAAGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTA > CP000731/25049‑25329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |