| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | G→C | 100% | R7G (CGC→GGC) | phoR ← | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | 0 | G | C | 100.0% | 75.2 / NA | 25 | R7G (CGC→GGC) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (16/9); total (16/9) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TAAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCA > USA300TCH1516_ALE/1797636‑1797901 | taaatcTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCcgtgg < 1:76612/141‑1 (MQ=255) ttattgtCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGGTCGTGTATTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGaaa < 2:57783/135‑1 (MQ=255) atGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACt > 1:186780/1‑141 (MQ=255) cTTGCATCTGTTTCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTtcatc < 2:376775/141‑1 (MQ=255) gCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCAtt > 1:239011/1‑141 (MQ=255) cATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATCAAACATATGTGCTGGAAGCGTGAATAATAGTGCCTAAGGTAACAAAACTGATAATTAATCTACTGCTTTTCTATAACATTAAGCCGTGGTGAGACTTGATCAttt > 1:343600/1‑140 (MQ=255) cTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAATCTTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTCTTCTTTAgg > 2:262259/1‑141 (MQ=255) tCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAAtt > 1:147858/1‑141 (MQ=255) cGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTTTTTCCAAttt > 2:254302/1‑141 (MQ=255) cGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACAATAAGCCGGGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAAttt > 1:164438/1‑141 (MQ=255) gtTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTtata > 1:244803/1‑141 (MQ=255) tgttAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAg < 1:20785/138‑1 (MQ=255) aaaaCATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCAc < 1:225387/141‑1 (MQ=255) aaCATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGGTAAGTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGAGAAACTCCATCAGTGTTCTTCAGGCATTTCCAATTTATAGACTAAGcaagcc > 2:11549/1‑136 (MQ=255) atatGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTTTAGCCTAAGCCACGcaca > 1:76343/1‑141 (MQ=255) tatCTGAGGGAAGCGAGGACAATAAGGCCTAATGTAACATAACTGAAAAATAATTTGCTACGGATAATTTACATTTAGCCGGTTTTTAACTTCAGCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCGATTTATAGCCTAAGCCACGCACAg < 2:62743/141‑1 (MQ=255) aaatCTGATAATTAATATGCTGCTTTGCAATAACATTAAGCCGTGGGTAAACTTCATCCTTGTTCTTTAGGTCTTTCTAATTTATAGCCTAAGCTACGCACAGTTTTAATAAGGTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAAt < 2:44139/141‑1 (MQ=255) aaaaCTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAACCCACTCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAAt < 2:80938/141‑1 (MQ=255) gATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTAtct > 2:193952/1‑141 (MQ=255) aTAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTAtctc > 2:158200/1‑141 (MQ=255) tataCTGCTTATAAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTATGATTATGTTCTAATTTATCTTTTAAATGa > 2:172825/1‑141 (MQ=255) ttATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATg > 2:288448/1‑141 (MQ=255) tATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATCGTTCTTTAGGTCTTTCCTATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATATCTTAAATGACTGATATGt < 1:213816/141‑1 (MQ=255) aTAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTCCATc > 2:380747/1‑141 (MQ=255) aTAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATAACTGAAATGTACATc > 2:215055/1‑141 (MQ=255) tAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATca < 2:186780/141‑1 (MQ=255) | TAAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCA > USA300TCH1516_ALE/1797636‑1797901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |