| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,340,892 | C→T | 13.8% | D230N (GAT→AAT) | mepM_2 ← | Murein DD‑endopeptidase MepM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,340,892 | 0 | C | T | 13.8% | 62.3 / 5.3 | 29 | D230N (GAT→AAT) | mepM_2 | Murein DD‑endopeptidase MepM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/8); new base T (2/2); total (19/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
CCTTTGATAAGTTCTCGATTATTTATAAATCGAATTTTTAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACAATATAATTTCCTAAAAACTGTGATTCATTCGTACTTCCAATACTGT > USA300TCH1516_ALE/2340756‑2341032 | ccTTTGATAAGTTCTCGATTATTTATAAATCGAATTTTTAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCa > 2:5564/1‑141 (MQ=255)ccTTTGATAAGTTCTCGATTATTTATAAATCGAATTTTTAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAACTGCCAGATTTCCCAACCTTCCCGATGATATCACCa > 2:191726/1‑141 (MQ=255) aaGTTCTCGATTATTTATAAATCGAATTTTTAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAAc < 1:107527/141‑1 (MQ=255) ctcGATTATTTATAAATCGAATTTTTAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACAtttt < 2:194159/141‑1 (MQ=255) taAATCGAATTTTTAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATTACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTca > 1:252473/1‑141 (MQ=255) taAATCGAATTTTTAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATTACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTca > 1:252571/1‑141 (MQ=255) ttttAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGGTTGa > 1:15334/1‑141 (MQ=255) ttttAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCCCATTCACAATGATTGa > 1:15289/1‑141 (MQ=255) aaGATGTACATGATTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATGTTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGattatt > 2:177381/1‑141 (MQ=255) aCATGCTTCAATATTCTTATCATTGATTAATTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGATGTaa > 2:368692/1‑141 (MQ=255) tGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTACCATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTTGTGTAAATg > 2:216560/1‑141 (MQ=255) ttaaaTATTCTTATCATTCATTACCTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTATATGAGc < 2:95147/138‑1 (MQ=255) atTCTTAGCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGCATTGCTAGTGTTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTaa > 2:270011/1‑141 (MQ=255) cTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTGCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCt > 1:254365/1‑141 (MQ=255) ttACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCAtttt < 2:292524/141‑1 (MQ=255) ttGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTAATAAGCTATACTCATTTTCtcc > 1:179887/1‑139 (MQ=255) ttGAAAAGGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTTTAAATGTGTTTTTATTCTATTCTAATGTTCttt > 1:354631/1‑139 (MQ=255) aaTGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATTACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCt < 2:252571/141‑1 (MQ=255) aaTGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATTACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCt < 2:252473/141‑1 (MQ=255) tataTGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCAc > 1:118225/1‑53 (MQ=255) tataTGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCAc < 2:118225/53‑1 (MQ=255) tGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCCCCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCGCAATGATAGAATGTTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCATGCTTAATTCCa > 1:87933/1‑141 (MQ=255) gAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACaa > 1:370063/1‑141 (MQ=255) aGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACAat > 2:162421/1‑141 (MQ=255) gTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACAATATAAttt > 1:344775/1‑141 (MQ=255) tAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACAATATAATTTc < 1:348433/141‑1 (MQ=255) gAATTGCCAGAATCCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACAATATAATTTCCt < 2:200804/141‑1 (MQ=255) ttCCCAACCTTCCCAATGATATCATCTTATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAACTACAATATAATTTCCTAAAAACTGTGat < 2:79072/141‑1 (MQ=255) aCCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACAATATAATTTCCTAAAAACTGTGattcatcc > 2:261523/1‑139 (MQ=255) cACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGACTATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACAATATAATTTCCTAAAAACTGTGATTCATTCGTAGTTCCAATACtgt < 1:270801/141‑1 (MQ=255) | CCTTTGATAAGTTCTCGATTATTTATAAATCGAATTTTTAAAGATGTACATGCTTCAATATTCTTATCATTCATTACTTGAAAATGTATATGAGGTTCAGTAGAATTGCCAGAATTCCCAACCTTCCCAATGATATCACCATATTTAACATTTTGCCCCTCATTCACAATGATTGAATATTGGTGTAAATGAGCTATTAAGCTATACTCATTTTCTGCGTGCTTAATTACAATATAATTTCCTAAAAACTGTGATTCATTCGTACTTCCAATACTGT > USA300TCH1516_ALE/2340756‑2341032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |