| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 16652 = | 99 (0.140) | 4 (0.010) | 3/268 | 13.5 | 4.5% | coding (410/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 76626 | 77 (0.760) | intergenic (+166/‑450) | USA300HOU_RS00140/USA300HOU_RS00350 | hypothetical protein/Monoacylglycerol lipase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACG > CP000731/16513‑16791 | gagaCTTTGACATCTTGTCTTGCTTACTTTAATGTGACGGTGATCTCGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa < 2:973925/138‑1 (MQ=1) ccgtGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTGAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc < 1:305769/138‑1 (MQ=1) taatttAATATGACTGTGATCTTTCTCAATGAGTTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt < 1:1143085/138‑1 (MQ=0) ttgccGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTTCTCAGATACTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTTTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGACCTTTAATTACCTTTTGAGGttt < 1:584299/137‑1 (MQ=1) ggaccTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt < 1:447167/137‑1 (MQ=1) aatggagTTATTCAGTAATTTCGAGGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag < 2:566390/135‑1 (MQ=1) tccaTGTACAAGGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg < 2:188932/138‑1 (MQ=1) atgtccgTCAGGTCTAAGTTTACAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTATCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAGTACCTGTTGATGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt < 2:829613/135‑1 (MQ=1) gggaGTCAGTGTTAATTTTAAGAGCGTTTATTGCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt < 2:74601/138‑1 (MQ=1) tttagtttaaAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTa < 1:995376/138‑1 (MQ=1) aaggCTTTAATGACTTTAAACCTTGTTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATTGGTAATTACCTTTTGATGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCaa < 2:30382/138‑1 (MQ=1) aatcTTTAATTACTTTAACCATTGTTATCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCaaa < 1:637411/138‑1 (MQ=0) tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGCGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGt < 2:427292/141‑1 (MQ=11) tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTTTGTCCCTCTGt > 1:1145477/1‑141 (MQ=11) tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGt > 1:496656/1‑141 (MQ=11) tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGt > 1:554811/1‑141 (MQ=11) tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGt > 1:619165/1‑141 (MQ=11) tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATACCTAATGTATGTCCCTCTGt > 1:165523/1‑141 (MQ=11) gCTATCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTa < 1:666728/141‑1 (MQ=14) gCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGtc > 1:315758/1‑140 (MQ=11) gCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTa < 1:181246/141‑1 (MQ=31) gCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTa < 2:877460/141‑1 (MQ=31) gCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTa < 1:279574/141‑1 (MQ=31) gCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTa > 2:971909/1‑141 (MQ=31) gCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCCTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTa > 2:1013083/1‑141 (MQ=14) cttccTTAGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCCTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCTGAAACCTAACGTATGTCCCTCTGTAt < 1:288143/138‑1 (MQ=11) ctacaatCGTTGAAGTTGCCCGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTCTACAAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTAt < 1:332829/135‑1 (MQ=11) cTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTAt > 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tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATc > 1:473134/1‑141 (MQ=32) tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATc > 2:863645/1‑141 (MQ=32) tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCCCTGTATc > 1:261449/1‑141 (MQ=17) tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCGAATGTATGTCCCTCTGTAta > 2:541480/1‑140 (MQ=17) tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGGTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCCACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTAtt > 2:3476/1‑140 (MQ=17) tACCTTCGTTGAAGGTGCATGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCTCCCTGTATc > 1:1012688/1‑141 (MQ=12) tACCTTCGTTGAAGGAGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCAGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAAACAAATATCTAATGTAGGTCCCCCTGTATc > 2:464801/1‑141 (MQ=11) ttcTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGTGGTTTTGCAAGTTGTTTAGTGGGATGTTTGGTAAGCGCATAGGCTGAGTGATGATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCa < 2:698309/139‑1 (MQ=11) tccTTCGTTGAATGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTAGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCa < 2:846248/140‑1 (MQ=17) cccTTCGTTGCAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTCTAAAATATTTTCATCAGACGTTTGATAAACGCATATGCTTAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCATATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCa < 1:389804/140‑1 (MQ=11) cccTTCGTTGAAGGGCTCTGATCTGAAATTACGTTGTGAGATTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCa < 1:12736/140‑1 (MQ=11) aCCTTCTTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAGCTTTTGAGGTGTATCGGTTTGTGTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCCCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCa < 2:249479/141‑1 (MQ=11) 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2:579051/140‑1 (MQ=17) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTATTTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCa < 1:144172/141‑1 (MQ=17) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGCTTTTTTATCCCGTTTCGTACGCAAACAAATATCTAATGTATGTCCCTCTTTAGCATTGGCa < 2:547620/141‑1 (MQ=11) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGcc > 2:497792/1‑140 (MQ=17) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGcc > 1:168314/1‑140 (MQ=17) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCa < 1:1105171/141‑1 (MQ=32) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCa > 1:617466/1‑141 (MQ=32) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCa < 1:730737/141‑1 (MQ=32) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCa > 2:117154/1‑141 (MQ=32) gTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCa > 1:280059/1‑141 (MQ=32) aacgAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGAATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCCCCCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCACTGGCa > 2:217975/4‑141 (MQ=11) ttGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATTTCTAATGTTTGTTCTTCTTTATTAATGGCAc > 1:931164/1‑141 (MQ=11) ttGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCATTGGCAc > 2:646637/1‑141 (MQ=17) ttGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCAc > 2:991404/1‑141 (MQ=32) ttGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCAc > 2:614068/1‑141 (MQ=32) ttGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCAc < 1:146811/141‑1 (MQ=32) ttGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCAc < 1:1034236/141‑1 (MQ=32) ttGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTAGGTCCCTCTGTATCAATGGCAc > 2:930557/1‑141 (MQ=17) tGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTCCGCAACCAAATAGCTACAGTATTTCGCTCTGTCTCAACGGCaag > 2:93066/1‑139 (MQ=11) tGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCACCCAAATAGCTAAGGTACGTCCCTCTGTATCAATGGCACg > 2:801830/1‑141 (MQ=255) tGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACg > 2:137508/1‑141 (MQ=32) | GATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATCAATGGCACG > CP000731/16513‑16791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |