| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 102 (0.960) | 69 (0.910) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
47/200 | 0.4 | 48.7% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512480‑512759 | gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttaccgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa < 2:883557‑M1/1‑1 (MQ=255) cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgcccggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaccggataaaaa < 1:324583‑M1/3‑1 (MQ=255) gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaa < 1:75251/141‑1 (MQ=255) gTTCAGTACAGTTGCCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCCGTTTGAAAGCCTCTATAGTAATAATTTGTTTAGTCAGACAAGACAACTTAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg < 2:192271/141‑1 (MQ=255) aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt < 2:1047677/141‑1 (MQ=255) ttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAtt > 1:1082331‑M1/131‑141 (MQ=255) ttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAtt > 1:108929‑M1/131‑141 (MQ=255) tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatgatagccgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTg < 1:526334‑M1/12‑1 (MQ=255) tACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTg > 2:967043/1‑141 (MQ=255) tACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTg > 1:396/1‑141 (MQ=255) aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGTCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa < 1:1014624/141‑1 (MQ=255) aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa > 2:327441/1‑141 (MQ=255) aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTGAttac > 1:551909/1‑139 (MQ=255) tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgtacttacgttccgctagagtagaacacttccttgcagtttttcaatcaaagtttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTa > 1:1191359‑M1/125‑141 (MQ=255) ccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTaaa < 1:51122‑M1/19‑1 (MQ=255) aCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAt > 2:402578/1‑141 (MQ=255) aatacagaagttaagcttcttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt > 2:153578‑M1/120‑141 (MQ=255) aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt > 1:663396‑M1/120‑141 (MQ=255) acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt > 1:12310‑M1/119‑141 (MQ=255) aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta > 2:1083250/1‑141 (MQ=255) gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat < 2:135188/141‑1 (MQ=255) gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat < 1:60868/141‑1 (MQ=255) cagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat < 1:42196‑M1/26‑4 (MQ=255) ttAATTTTTACTGTTGTAAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa < 2:48886/140‑1 (MQ=255) gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCGGGTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa > 2:856976/1‑141 (MQ=255) gcggtggaggtccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa > 2:897040‑M1/114‑141 (MQ=255) gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa < 2:69819‑M1/28‑1 (MQ=255) agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttcagctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaACAAAGTTATTGACTTAAAtgttgatagaa < 2:409434‑M1/30‑4 (MQ=255) tACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtata > 2:620925/1‑141 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgatagagtagagcgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt < 1:775484‑M1/45‑1 (MQ=255) aaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGGAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt < 1:358486/141‑1 (MQ=255) gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt < 1:46526/141‑1 (MQ=255) gatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc > 1:162027‑M1/93‑141 (MQ=255) aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 1:1028525/1‑141 (MQ=255) atttGAAAACCTGTATAGTATTTATTAGTTGACGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg < 2:1099827/140‑1 (MQ=255) agtagAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg < 2:589694/137‑1 (MQ=255) tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAACCAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGTTCGGt > 2:283476/1‑141 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaactggcaaaggcaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 1:876271‑M1/53‑1 (MQ=255) gCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa > 1:58877/1‑141 (MQ=255) tataGTCTTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGCAATAACGTGAATTACTAACGTAACGTAATTTTAAAAATATAGTTACTTATATGTTAATAAAAGGTATAATTATTTCTGTTCGTTAAGAAAAATGaa > 2:344990/1‑141 (MQ=255) acgttccgctagagtagaacgtagccagccagtttcccaatcacatcctgtgtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAATTGTTGATAAAATGTATAATTAATTGTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc > 1:624501‑M1/77‑141 (MQ=255) cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa < 1:86362‑M1/66‑1 (MQ=255) cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTGATAAAATGTATAATTGATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa > 1:183414‑M1/76‑141 (MQ=255) gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt > 1:1058904‑M1/75‑141 (MQ=255) gttccgctagagtagaacgttgccaggaagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAGAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt > 1:475277‑M1/75‑141 (MQ=255) tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg < 1:31018/141‑1 (MQ=255) atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGa < 2:1000554/141‑1 (MQ=255) tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAACAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGATCATTGaaaa < 2:773194/141‑1 (MQ=255) tttGTTGAGGCAAACAAAACTACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt > 1:733246/1‑141 (MQ=255) tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa < 1:1047448/141‑1 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAAAAAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAACCTGaa > 2:75929/1‑141 (MQ=255) tgAGGCAAACAAAACAACTAATCTTAAGAAATAACTTGAATTTCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg < 2:790498/141‑1 (MQ=255) ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa > 2:532188/1‑141 (MQ=255) caaacaaaACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat > 2:18056/1‑141 (MQ=255) ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAAGTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAGGACAata > 2:851202‑M1/56‑141 (MQ=255) tgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat < 1:262473‑M1/87‑1 (MQ=255) aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat < 2:399761/141‑1 (MQ=255) aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGATATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGGAAACTGAATGAAAatat > 2:37068/1‑141 (MQ=255) gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaccagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg < 2:1161552‑M1/88‑1 (MQ=255) acaagacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTGAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATGAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatatt > 2:732302/1‑140 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg > 2:60644/1‑141 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg > 1:658370/1‑141 (MQ=255) caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc > 2:452944‑M1/52‑141 (MQ=255) tggtagttttttaatcaagttttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGTTAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAGGCTTTATGACAATATGTCa > 2:259272‑M1/51‑141 (MQ=255) aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa > 1:917066‑M1/51‑141 (MQ=255) aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa > 1:307944‑M1/51‑141 (MQ=255) gcagtttttgaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 1:243534‑M1/49‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 1:1189801/1‑141 (MQ=255) tttcatcaaattttcggtaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 1:45622‑M1/42‑141 (MQ=255) actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAACGGTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCTGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc > 2:57750/1‑141 (MQ=255) aatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa > 2:946249‑M1/39‑141 (MQ=255) aatcaaattttggtgaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa > 2:526334‑M1/39‑141 (MQ=255) attaaatttaggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa > 2:70405‑M1/38‑141 (MQ=255) caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa > 2:1064343‑M1/36‑141 (MQ=255) aGAAATAAATTGAATTACTAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa < 2:1028441/141‑1 (MQ=255) aaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa > 1:840262‑M1/35‑141 (MQ=255) tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt > 1:50337‑M1/31‑141 (MQ=255) aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGGCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa > 2:872405/1‑141 (MQ=255) aCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa > 2:718362/1‑141 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAAGTAAc < 2:569075‑M1/114‑1 (MQ=255) ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAAAATGCAACTTAAGTGTTGATGAAATGTATAAGTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGtaaa < 2:252714‑M1/114‑2 (MQ=255) gttaaaaaataaaatggacaagatacAAATACATGTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATCTGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt < 2:498798‑M1/115‑1 (MQ=255) atcaaaaaCAAAAATAAATTATAAAAAGCTAATGACTTAAATGATAAAAAAAAATAGAATTAAAACCGTTCGCTAAGAAAAAGAAACACTGAAAACTAAATGACAATATGTCAACGTTAATACCAAAAAACGTAACTATaa < 2:333398/135‑1 (MQ=12) aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTCTAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa > 1:143680‑M1/23‑141 (MQ=255) aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa > 1:594496‑M1/23‑141 (MQ=255) aaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt > 1:1007900‑M1/21‑141 (MQ=255) aaataaaatagaaaagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAcgtaacttatagt > 2:690191‑M1/21‑135 (MQ=255) cTAACGAAAATTCATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCATGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACGGATTGACAATATGTCAACGTTAATTCTAAAAAACGTAACtatacttta > 2:126011/1‑136 (MQ=37) aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 1:402578/141‑1 (MQ=255) cGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa < 1:706801/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa < 1:1043420/141‑1 (MQ=255) ggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat > 1:568409‑M1/12‑141 (MQ=255) aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt > 2:317518/1‑141 (MQ=255) aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt > 2:1195051/1‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt > 1:442489/1‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGAAAGAAAAATGAACATGGAAAACTGAATAACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAGGTTTCAATATATGACAAACATGAttt > 2:355907/1‑141 (MQ=25) ttgaaaaatGGTATGGACTTGAACTTTGACAAAATGTATAATGAATTTTTCTAGGTAAGAAACATTATCATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAGCGGTAATTACAAAAGACGCAACTTTGAGTTACAAACATTATTTAg < 2:169344/137‑1 (MQ=9) aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 1:967023‑M1/139‑1 (MQ=255) aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACGGAATGGCAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa < 2:545421‑M1/139‑1 (MQ=255) aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATCACCCCCAGACAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt < 1:521329‑M1/140‑1 (MQ=255) | AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT > USA300TCH1516_ALE/512480‑512759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |