| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 836385 = | 110 (1.030) | 3 (0.030) | 3/260 | 13.3 | 2.8% | coding (776/840 nt) | ssaA_1 | Staphylococcal secretory antigen SsaA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 836427 = | 104 (1.050) | coding (818/840 nt) | ssaA_1 | Staphylococcal secretory antigen SsaA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CGCTATTTTCCAAACAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATATTTAAT > USA300TCH1516_ALE/836287‑836563 | gcTATTTTCCAAACAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGa > 1:1071785/1‑141 (MQ=255) tcttcccACACAGGTGCTGGTCCACAGTGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTACTGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAATTCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGaaaa < 1:453530/136‑1 (MQ=255) aTTTTCCAAACAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGaaaa < 1:552406/141‑1 (MQ=255) ttttCCAAACAGCTGCTGGTCCATATGGAGATGTTGGGGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAGATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCACGAACAATTTTAAATCCAGGAAAat > 2:900399/1‑141 (MQ=255) ttttCCAAACAGCTGATGGTCCATATAGACATGTCGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAGATGAACTATGCTGCATTTAATGTTAAATCTTCAAGAAGAATTTTAAATCCAGGAAAat < 1:730439/141‑1 (MQ=255) ttCCAAACAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAatat < 2:298232/141‑1 (MQ=255) tCCAAACAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAAtata > 1:972768/1‑141 (MQ=255) cAAACAGCGTCTGGTCTATATGGGCATGTTGGTGGTGTTGCACCTGTAAACCCTATTGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGATCTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAAt < 2:212417/141‑1 (MQ=255) cAAACAGCGGCTAGTCCATATGGACATGTTGGTTTTGTTTAATCTGCAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAAt < 2:1158350/141‑1 (MQ=255) cAAACAGCCGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAAt < 1:555838/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCTGCTGGTCCTTATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAAtt < 2:86227/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAAtt < 2:462931/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAACCCAGGAAAATATAAtt < 1:52202/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTAAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAAtt < 1:451209/141‑1 (MQ=255) aCAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTAc > 1:426857/1‑141 (MQ=255) aCAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATCGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTAc > 1:803326/1‑141 (MQ=255) aGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACAt < 2:1039026/141‑1 (MQ=255) gctgctGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTAGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGGTTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATc < 1:803656/141‑1 (MQ=255) actgctgGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATc < 1:409490/140‑1 (MQ=255) ctgctgGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTCTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATcc < 2:870654/141‑1 (MQ=255) gctgGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCAc < 1:905071/141‑1 (MQ=255) aagcgcccATATCGACACGTTATCCTTGTCGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGATACTGAAATGAACCATGCCGGATCTAATTTTAAATCTTCAACCACAACTTTAAATCCAGGAAAATATAATCACATCCAc < 2:983482/135‑1 (MQ=255) gTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAg < 1:46635/141‑1 (MQ=255) gTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAg < 1:64493/141‑1 (MQ=255) gACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGTAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATc < 2:409663/141‑1 (MQ=255) gACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATc < 1:150817/141‑1 (MQ=255) aaTGTTGGTGTTGTCGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAATTCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATCTcaa < 1:861165/140‑1 (MQ=255) gTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAACTAATATATcaagac < 1:629839/141‑1 (MQ=255) tGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaa < 1:68755/141‑1 (MQ=255) tGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaa < 1:33222/141‑1 (MQ=255) ggTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaag > 2:388856/1‑141 (MQ=255) ggTGTGGTTGAATCTGTAAACCCTATTGGAACAATTACGGTTTCTGAAACGAACTATGCTAGATTTAATGTTAAATGTTCAAGAACAATGTTAGCGCCAGCAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaag < 2:284382/141‑1 (MQ=255) gtgtTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaaga < 1:284171/141‑1 (MQ=255) gtgtTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaaga < 1:906168/141‑1 (MQ=255) gtgtTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaaga < 2:747516/141‑1 (MQ=255) gtgtTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaaga < 2:747673/141‑1 (MQ=255) gtgtAGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATcaagacaaga > 2:834867/1‑141 (MQ=255) gttgttGATTCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATCCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGCAATATATCAAGACAAGACt < 1:672181/141‑1 (MQ=255) ttgttgAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTa < 2:1071785/141‑1 (MQ=255) tttgAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATc < 2:1104173/140‑1 (MQ=255) gAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCctc > 1:1036075/1‑141 (MQ=255) aaTCTGTAAACCCTAATTGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCctct < 1:556362/141‑1 (MQ=255) aaTCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCctct < 2:289504/141‑1 (MQ=255) aaTCTGCAACCCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCctct < 2:15209/141‑1 (MQ=255) aTCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCtt < 2:940373/141‑1 (MQ=255) gTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGcc < 1:800845/141‑1 (MQ=255) tAAACCCTAATGGAACAATCACAGTTTCTGAAAAGAACTATGCTGGATATAATACTAAATCTTCAAGTACAATTTTAAATCCATGAAAATATAATTACATCCAGTAAGTAGTATATCAAGACAAGCCACTCCTCTTAGCCt > 2:625507/1‑141 (MQ=255) aaCCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCATTTGGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGt > 2:473637/1‑141 (MQ=255) tAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAg < 1:331570/141‑1 (MQ=255) tAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAAGGTCCAACAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAg < 1:333858/141‑1 (MQ=255) agaaaCAATTACTGGTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTaa < 2:227117/138‑1 (MQ=255) ttACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTga > 2:520042/1‑141 (MQ=255) ttACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTga > 1:551733/1‑141 (MQ=255) tACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGGTgag > 2:503410/1‑141 (MQ=255) aCTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATAAAGATAAGACTATGCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTgagg > 1:221896/1‑140 (MQ=255) cTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGagag < 2:921356/141‑1 (MQ=255) tGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAgg < 1:574546/141‑1 (MQ=255) ggTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAgg < 1:361420/140‑1 (MQ=255) tctcAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTTAGAGGAttt < 1:1175513/141‑1 (MQ=255) tCTGAAATGAACTATGCTGAATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGAttt < 2:870762/141‑1 (MQ=255) tGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGAttttt < 2:314997/141‑1 (MQ=255) tGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGAttttt < 1:995164/141‑1 (MQ=255) aaTGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGCCAAGACTCTCCTCTCAGCCTGTTTCAGTAACAGGTAGAGAGGATTTTTTgg > 2:81390/1‑141 (MQ=255) tGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGACAATATACTTACATCCACTAAGTAATATATCCAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTACAAGGTTGCGAGGATTCTTTGGtt > 2:18779/1‑140 (MQ=255) tGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTa < 2:536404/141‑1 (MQ=255) tGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTa > 1:922169/1‑141 (MQ=255) tGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTCAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTa < 1:514086/141‑1 (MQ=255) tGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTa < 1:1053677/141‑1 (MQ=255) tGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATc > 1:649630/1‑141 (MQ=255) ggATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCa < 1:1045444/141‑1 (MQ=255) gATTTAATTTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCag < 1:159926/141‑1 (MQ=255) ttAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGt > 1:144122/1‑141 (MQ=255) ttAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTAGAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGt > 2:257029/1‑141 (MQ=255) aaTGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTta < 1:838224/141‑1 (MQ=255) aTGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGtgaa > 2:384086/1‑138 (MQ=255) aTGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCATCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTTTCATTTAATCAGCGTtat > 2:830676/1‑141 (MQ=255) aTGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATAAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTtat > 1:532518/1‑141 (MQ=255) aaTCTTCAAGAACAATTTTAAATCAAGCCAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAaag > 1:1198325/1‑141 (MQ=255) tCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAaagaa > 2:397086/1‑141 (MQ=255) cTTCAATAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAaagaag < 2:972768/141‑1 (MQ=255) cTTCAATAACAATTTTAAATCCAAGAAAACATACTTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTGAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAaagaag < 1:593761/141‑1 (MQ=255) cTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAaagaag < 1:688236/141‑1 (MQ=255) cAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGata > 2:755265/1‑141 (MQ=255) aaGAACAATTTTAAAAACAGTAGATTATAATTACATCCACTAATTAATATATCAAGACAAAACTATCCTCTTAGCCTCTTTAACTAATAGTTTAAGAGTATTTTTTTGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAACatat < 2:594080/141‑1 (MQ=255) aGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATAtt > 1:385434/1‑141 (MQ=255) gAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGCTTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATAttt > 1:124870/1‑141 (MQ=255) aaCAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTa > 2:194881/1‑141 (MQ=255) aaCAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATACACTAAGTAATGGAAACAGGCAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTa < 1:91592/141‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATAAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTaa > 2:751854/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTaaa < 1:462817/141‑1 (MQ=255) cAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTaaa > 1:1064785/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTaaa > 1:1039776/1‑141 (MQ=255) aaTTTTAAATGCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGCCAAGACTATCCTCTTCGTCTGTCTAGGTTACAGGTTGAGAGCATTTTCTGGTATCCTTTAATCAGAGTTATATATAGAAGATATTTAAAt < 1:900399/141‑1 (MQ=255) tAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGatat < 1:1040326/141‑1 (MQ=255) tAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGatat < 1:985488/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAGGAAAATATAACTACATCCACTAAGTAATTTTTCAAGAAAAGGCTATCCCCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGGATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATAtt < 1:224965/141‑1 (MQ=255) aaTCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATAttt > 1:497816/1‑141 (MQ=255) aTCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTCGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATCATATTTa > 2:238575/1‑141 (MQ=255) aTCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATATTTa < 2:907328/141‑1 (MQ=255) ccAGGAAAATGTAATTACAGCCACCTAGTAATATATCAAGACAAGCCTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTGCTGTACGATTAGATTTAAATGATATTTAat < 2:257339/141‑1 (MQ=255) | CGCTATTTTCCAAACAGCTGCTGGTCCATATGGACATGTTGGTGTTGTTGAATCTGTAAACCCTAATGGAACAATTACTGTTTCTGAAATGAACTATGCTGGATTTAATGTTAAATCTTCAAGAACAATTTTAAATCCAGGAAAATATAATTACATCCACTAAGTAATATATCAAGACAAGACTATCCTCTTAGCCTGTTTAAGTAACAGGTTGAGAGGATTTTTTGGTATCATTTAATCAGAGTTATATAAAGAAGATATTTAAATGATATTTAAT > USA300TCH1516_ALE/836287‑836563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |