| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 790,778 | G→A | 100% | intergenic (+277/‑197) | kipA_1 → / → ltaS | KipI antagonist/Lipoteichoic acid synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 790,778 | 0 | G | A | 100.0% | 59.5 / NA | 19 | intergenic (+277/‑197) | kipA_1/ltaS | KipI antagonist/Lipoteichoic acid synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (7/12); total (7/12) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTGTAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGTTA > USA300TCH1516_ALE/790649‑790913 | aTTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCAaaaa < 1:18342/140‑1 (MQ=255) ttaCTAAGATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACt < 1:136361/138‑1 (MQ=255) tgccTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTATTTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTAATCAAGCAAATATGAGATATAGCACAAAAAACt > 2:214774/4‑140 (MQ=255) tAAAAATACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGtt < 2:77883/140‑1 (MQ=255) gCTATGCTTATTATTCCAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAAc > 1:262758/1‑140 (MQ=255) ttattaCAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATtata > 1:346348/1‑140 (MQ=255) ttattaCAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATtata < 1:72706/140‑1 (MQ=255) aCAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACtt < 1:186451/140‑1 (MQ=255) ttAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTAc < 2:217424/140‑1 (MQ=255) tgtttgaaTTAAATGATAATAGTAAAAAAACAAACTTATACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATTAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAATCTTTAATCTGAAAGTAATTACTATaa < 2:323053/134‑1 (MQ=255) ttGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACa < 2:333008/140‑1 (MQ=255) ttGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATATGAAAGTAATTACTATAATTATGACa > 1:172819/1‑140 (MQ=255) tatTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACttt < 2:180611/140‑1 (MQ=255) atTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAAATACTAAAATTAAGACAATGTTAACtttt > 1:34983/1‑140 (MQ=255) ataaaGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACg < 1:145969/140‑1 (MQ=255) aaaTATGATTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACAt < 2:182226/140‑1 (MQ=255) aaaTATGAATTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACAt < 2:252486/140‑1 (MQ=255) aaTATGAGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACACTGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATa > 2:9957/1‑140 (MQ=255) aGTTATAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGTTa > 1:180191/1‑140 (MQ=255) | ATTTTGACTAAAATTACTCTATATTTATTAATTGAGCTATGCTTATTATTACAATTTGATTACAAATTTTAAATTTGTTAATTGAATGATAATATTAAATAAAGAAACTTACACAAGCAAATATGAGTTGTAGCCCAAAATACTTGTTAAATCAAAGTTGAAAGCTACAAATAACGAAAATTATAAACTTGAATCTGAAAGTAATTACTATAATTATGACAATGTTAACTTTTAAACGCACTTATTAATTAACTACATAATGTTA > USA300TCH1516_ALE/790649‑790913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |