| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 234750 | 124 (1.090) | 9 (0.090) | 8/256 | 15.8 | 7.0% | intergenic (+48/+217) | USA300HOU_RS01045/gsiA | hypothetical protein/Glutathione import ATP‑binding protein GsiA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 234763 | 123 (1.160) | intergenic (+61/+204) | USA300HOU_RS01045/gsiA | hypothetical protein/Glutathione import ATP‑binding protein GsiA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
ATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCTAACATAA > USA300TCH1516_ALE/234623‑234902 | tCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTAAAAAAAAACAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTgg < 4:77886/141‑1 (MQ=255) cAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGc > 1:758194/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCg > 1:188258/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTATTTGAATATGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGAATAAGCTAAGTTGACACAAACAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCg < 3:165161/141‑1 (MQ=255) tttATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCggggg < 2:824732/141‑1 (MQ=255) tATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGAt < 3:336293/141‑1 (MQ=255) aTTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGAtt < 2:568774/141‑1 (MQ=255) tttGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGAttt > 3:17281/1‑141 (MQ=255) tGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTAt > 3:332210/1‑141 (MQ=255) aaTGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTTACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTc < 2:857911/141‑1 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3:247906/1‑141 (MQ=255) aaTTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTa > 2:766414/1‑141 (MQ=255) ttATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTaaa < 4:150575/141‑1 (MQ=255) aagaaaAAGAGTAAGCGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGccc < 2:169848/141‑1 (MQ=255) gaaaAAGGGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCaa < 4:270896/141‑1 (MQ=255) gaaaAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCaa > 1:712530/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACGAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACCTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCaa < 2:567956/140‑1 (MQ=255) aaaaaGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCaaa > 4:163965/1‑141 (MQ=255) agagTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGACCCAAGTAt > 2:385794/1‑141 (MQ=255) gagTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACAAAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTGAAAATGCCCAAAGTATg > 1:228279/1‑141 (MQ=255) agTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATgg > 3:19908/1‑141 (MQ=255) gTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATggg > 1:638366/1‑141 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3:372612/141‑1 (MQ=255) gTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGActct < 2:273118/141‑1 (MQ=255) gTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGActct < 3:218489/141‑1 (MQ=255) ataCATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCa > 4:363268/1‑141 (MQ=255) taCATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCAt < 1:606614/141‑1 (MQ=255) aCATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATg > 2:107249/1‑141 (MQ=255) 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1:432010/1‑141 (MQ=255) tCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATc < 1:575218/141‑1 (MQ=255) tCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATc < 1:839680/141‑1 (MQ=255) cacaTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCt < 3:314005/141‑1 (MQ=255) cacaTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCt > 2:418808/1‑141 (MQ=255) cacaTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCt > 1:432265/1‑141 (MQ=255) cacaTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCt < 2:104307/141‑1 (MQ=255) acaTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGTGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCta > 2:37613/1‑141 (MQ=255) acaTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCTCCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCAAAATATAGCTAGTATTACAAAGTCAtaca > 2:368073/1‑138 (MQ=255) aGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaacat < 4:182388/141‑1 (MQ=255) aGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaacat < 1:758054/141‑1 (MQ=255) aGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaacat < 4:76585/141‑1 (MQ=255) tGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATTGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaacataa > 1:363746/1‑141 (MQ=255) tGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaacataa > 1:310075/1‑141 (MQ=255) tGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaacataa > 1:141970/1‑141 (MQ=255) | ATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCTAACATAA > USA300TCH1516_ALE/234623‑234902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |