| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,289,252 | C→A | A80S (GCT→TCT) | cdaA ← | Cyclic di‑AMP synthase CdaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,289,252 | 0 | C | A | 94.0% | 348.0 / 16.0 | 116 | A80S (GCT→TCT) | cdaA | Cyclic di‑AMP synthase CdaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/4); new base A (58/51); total (61/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GCACAGCCTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCG > USA300TCH1516_ALE/2289114‑2289389 | caGCCTTTGAAACCGCTTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGACAATa > 3:325512/1‑141 (MQ=255) caGCCATTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCCAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGataata < 3:262970/141‑1 (MQ=255) gCCTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATAcc < 2:453002/141‑1 (MQ=255) ccTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATAccc > 2:646494/1‑141 (MQ=255) ccTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATAccc > 2:458903/1‑141 (MQ=255) ttGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATAcccccc < 1:811713/141‑1 (MQ=255) ttGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATAcccccc < 3:167411/141‑1 (MQ=255) ttGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATAcccccc > 4:242428/1‑141 (MQ=255) ttGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATAcccccc < 1:323286/141‑1 (MQ=255) tGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCa > 3:279172/1‑141 (MQ=255) cgAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCa > 3:283509/2‑141 (MQ=255) gAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCAt > 1:513983/1‑141 (MQ=255) gAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGCATTAGAAGTAGAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCAt < 2:163302/141‑1 (MQ=255) ccGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGaa > 2:274042/1‑141 (MQ=255) gATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATa < 1:44226/141‑1 (MQ=255) aTTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATaa > 2:540470/1‑141 (MQ=255) aaTTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCg > 3:345527/1‑141 (MQ=255) aaTTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCg < 1:140523/141‑1 (MQ=255) tttCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTGAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGaa < 1:447929/141‑1 (MQ=255) ttCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGaat < 3:189497/141‑1 (MQ=255) ctTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAAtt > 3:303720/1‑141 (MQ=255) ctTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAAtt > 3:20492/1‑141 (MQ=255) ctTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAAtt > 2:209260/1‑141 (MQ=255) ctTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCAAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAAtt > 1:418730/1‑141 (MQ=255) ttCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAAttt > 1:197913/1‑141 (MQ=255) cATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTaa > 3:40069/1‑140 (MQ=255) cATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAg > 4:185067/1‑141 (MQ=255) tCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCACGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATACTACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGAt > 2:853423/1‑141 (MQ=255) cTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATg > 2:142271/1‑141 (MQ=255) tttACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGt < 2:352977/141‑1 (MQ=255) tttACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGt < 2:101393/141‑1 (MQ=255) ttACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGtt > 1:14598/1‑141 (MQ=255) tACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTg < 1:233409/141‑1 (MQ=255) aCTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGc > 1:423510/1‑141 (MQ=255) taCGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTc > 1:456601/1‑141 (MQ=255) cGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCaa > 1:794455/1‑141 (MQ=255) tATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAGAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTACAGATAATACCTCCCCTTGACTAACGATTTCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGt < 2:301954/141‑1 (MQ=255) ttAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTc < 1:785236/141‑1 (MQ=255) ttAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTACTTACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTc < 1:448038/141‑1 (MQ=255) tAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCa < 1:553413/141‑1 (MQ=255) tAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCa > 2:829946/1‑141 (MQ=255) aGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCaa < 1:323722/141‑1 (MQ=255) gAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGGTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAat > 1:760035/1‑141 (MQ=255) aaGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAata > 1:196490/1‑141 (MQ=255) aGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAatat < 1:74761/141‑1 (MQ=255) tataGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCa < 1:513838/141‑1 (MQ=255) ataGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCAt > 4:127252/1‑141 (MQ=255) aGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATAc < 3:137330/141‑1 (MQ=255) aGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATAc < 3:157268/141‑1 (MQ=255) cGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATACTAGTTCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACtt > 1:455395/1‑141 (MQ=255) cGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACtt > 3:166910/1‑141 (MQ=255) gTTTTAAAAAGCTACCTCTACCTAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTa < 2:72670/141‑1 (MQ=255) gTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTa < 1:141850/141‑1 (MQ=255) tttAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATc > 2:184257/1‑141 (MQ=255) tACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCaa < 1:289520/141‑1 (MQ=255) ctctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATaa < 2:378433/141‑1 (MQ=255) aaGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTAc < 2:142034/141‑1 (MQ=255) aaGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCTTTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTAc < 2:461747/141‑1 (MQ=255) aaGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTAc < 2:752625/141‑1 (MQ=255) aGTTGTTCTAACGGACGACTGAATTCTGTTTGGAAGATTAGTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATACTTTACATGTTGCAATCAAGGTCACTATCATACTTATCTGCTTACCAATAACAATTACt < 2:736665/141‑1 (MQ=255) aGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACt > 1:420654/1‑141 (MQ=255) gttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTa > 2:469208/1‑141 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTaa > 1:212875/1‑141 (MQ=255) ttgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTaa > 2:244641/1‑141 (MQ=255) tgttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAat > 1:570782/1‑141 (MQ=255) gttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAACATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAata > 4:220556/1‑141 (MQ=255) gttctatgCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAatat > 4:271783/8‑141 (MQ=255) tCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATc > 1:823015/1‑141 (MQ=255) tCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATc > 2:271081/1‑141 (MQ=255) cTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATcc > 1:548543/1‑141 (MQ=255) tAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATccc > 1:179540/1‑141 (MQ=255) aCGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCtt < 2:69837/141‑1 (MQ=255) cGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGt > 3:335712/1‑141 (MQ=255) gTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAAt > 1:430049/1‑115 (MQ=255) gTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAAt < 2:430049/115‑1 (MQ=255) tAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTCGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGCAAtt > 1:142338/1‑141 (MQ=255) tAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAAtt < 1:577859/141‑1 (MQ=255) aTTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGt < 3:48346/141‑1 (MQ=255) ttCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTAt > 3:163307/1‑141 (MQ=255) ttCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTAt > 2:312712/1‑141 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGc > 2:566362/1‑141 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGc > 4:313425/1‑141 (MQ=255) tGGTTGGAATATTACTATGAAAGATAATACCCCCCATTGAATGACGATAGCGAAGAATTTAGATGATGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAGCAATTACGAATATCCCTTTAAGTAATTGTAgcgc < 2:325135/141‑1 (MQ=255) ttGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCttt < 2:860332/141‑1 (MQ=255) ttGGAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCttt > 1:279508/1‑141 (MQ=255) ggAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAg > 3:225697/1‑141 (MQ=255) gAATATTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGt < 3:93168/141‑1 (MQ=255) atatTACTATTAAAGAGAATACCCCCCATTGAATAACGATATAGAATCATTTAGATGTTGTAGTCAAGTTCAATATCATTCTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAACTAAGTGTATCGCTTTCGTTc > 4:17311/1‑141 (MQ=255) tatTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTcc < 1:124733/141‑1 (MQ=255) tatTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTcc > 1:104450/1‑141 (MQ=255) atTACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTccc > 2:45228/1‑141 (MQ=255) ttACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCt > 3:11850/1‑141 (MQ=255) taaCTATTAAAAAAAATAACCCCCATTGAATAACGATATCGAATAAATTAAATGTTTCATTCTAGATCAATATCATACTTATTTACTTTCCTATAAAAATTACTAATATCCTTTCAGGTAATTTTATTGCTTTAGTTCCCt > 4:226559/3‑141 (MQ=255) tACTATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATACCGCTATCGAATACGTCAGATCGTACAGTCAAGCTCAACATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCtt < 1:780612/141‑1 (MQ=255) ctgttAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTaa < 4:319924/138‑1 (MQ=255) tATTAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTaaa < 2:669524/141‑1 (MQ=255) tAAAGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGAc < 2:570782/141‑1 (MQ=255) aaaGATAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGAcc > 2:358636/1‑141 (MQ=255) aaGCTAATACCACCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 4:269024/141‑1 (MQ=255) aaGATAATACCCCCCCTTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTTAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATATCAATTACTAATATCCCTTCAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 2:326943/141‑1 (MQ=255) | GCACAGCCTTTGAAACCGATTGAATCAATTTCTCTTCATCTTTACTATACGTATTAGAAGTATAGCGTTTTAAAAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCG > USA300TCH1516_ALE/2289114‑2289389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |