| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,232,465 | G→C | 100% | A124P (GCG→CCG) | prkC → | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,232,465 | 0 | G | C | 95.0% | 50.9 / ‑3.0 | 20 | A124P (GCG→CCG) | prkC | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (9/10); minor base A (0/1); total (9/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AAGAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTA > USA300TCH1516_ALE/1232328‑1232584 | aagaagATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAGGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTCCAGCTCAGATATTGGGTGGCCTTAAACATccgc > 2:198992/1‑141 (MQ=255) agaagaTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTGACGAATCAAATATTGGATGGCGTTAAACATCCGCa > 1:7106/1‑141 (MQ=255) aTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAGGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGata < 2:208017/141‑1 (MQ=255) gACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGatagg > 2:79868/1‑139 (MQ=255) ttAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACaa > 1:229626/1‑140 (MQ=255) cGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatatat > 2:139281/1‑141 (MQ=255) gTATATTGAAAGTCAAGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCaa > 1:210933/1‑141 (MQ=255) aaaGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCGTTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATAGTAAGCCACAAAATCTATTAAGTGACAGCAAAAAAACGt > 2:8692/1‑141 (MQ=255) gggCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATGAATTGACTGCAATAAAACGTTGAAAata < 1:184148/141‑1 (MQ=255) ccATTAAGTGTTGACACAGCGATTTATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAGACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTCATTAACAGCAATAAAACGTTGAAAATAatt > 2:27156/1‑141 (MQ=255) cATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTg < 2:123467/141‑1 (MQ=255) cATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTg < 1:211738/141‑1 (MQ=255) ttAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGAt < 1:202887/141‑1 (MQ=255) ttAAGTGTTGAAACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGAt < 1:239901/141‑1 (MQ=255) gtgtTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTAACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTg > 2:85154/1‑141 (MQ=255) acaGCGATTAATTTTACGAATAAAATATTGGATGGCATTAAACATACGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCt < 1:270310/141‑1 (MQ=255) aaTTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATCAAATCTTGGAATTGCTAAAGCttga > 2:212063/1‑139 (MQ=255) cGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTgaga < 1:118484/141‑1 (MQ=255) acAAATATTGGAAGATATAAAACATCCAAAAGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTc < 1:227866/140‑1 (MQ=255) aaaTATTGAATGGCAGTAAATATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 2:33998/141‑1 (MQ=255) atatTGGATGACATTAAACATCCGAATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTa < 1:274839/141‑1 (MQ=255) | AAGAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTA > USA300TCH1516_ALE/1232328‑1232584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |