Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | G→C | 100% | R7G (CGC→GGC) | phoR ← | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | 0 | G | C | 100.0% | 87.4 / NA | 26 | R7G (CGC→GGC) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (14/12); total (14/12) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTC > USA300TCH1516_ALE/1797638‑1797908 | aataTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGGTCCTGTTCCTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCgtggtg < 1:162742/141‑1 (MQ=255) gCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTAATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCAtt > 1:68666/1‑141 (MQ=255) cATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGCTCAGCGGGTAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTg > 1:67645/1‑141 (MQ=255) tCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAGTAATGCCTAATGTAACAAAACTGAGAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGGGGGGAAACGTCATCATTGtt > 1:166871/1‑141 (MQ=255) agagCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTc > 2:128042/1‑141 (MQ=255) gagCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAgatat > 2:210816/1‑137 (MQ=255) ttGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTcc < 2:149175/141‑1 (MQ=255) tGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAg > 2:139000/1‑141 (MQ=255) atttaaGCGTTAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTAATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCTTAGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTtaa < 2:155341/137‑1 (MQ=255) aaGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAg > 1:197182/1‑141 (MQ=255) gCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGtt > 1:195527/1‑141 (MQ=255) gTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGTTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTtgt < 2:207963/141‑1 (MQ=255) gaagaaTAATGCCGAATGTAACAAAACTGATAATTAATTGACTGCTTATCAATAACATTAAGTCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCATTTTTTTGGTTTTGCCCCGCACAGTTTTAATAAGTTGTgg < 2:32559/141‑1 (MQ=255) ataatGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGcttct < 1:139000/141‑1 (MQ=255) gCCTAAGGTAAAAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGa < 2:29124/141‑1 (MQ=255) tAATGTAACAGAACTGATCATTCATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGTTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTa < 1:64300/141‑1 (MQ=255) tctAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTAtct < 1:213563/139‑1 (MQ=255) ttaatATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTaa < 1:257639/141‑1 (MQ=255) cTGCTTATCAATAACATTAACCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTAGCTCTTAAATGACTGa < 1:210023/141‑1 (MQ=255) tCAATAACATTAAGCCGTGGTAAAACTGCATCATTATTCATTAGGTCTCTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGGTTTAATAAGTCGTAGCTTCTCACGATTTTCTTCTTACTTATCGCCAAACTGACTGATATTTAc > 2:146532/1‑141 (MQ=255) aaTAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACAt > 1:221099/1‑141 (MQ=255) aTAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATc < 2:68666/141‑1 (MQ=255) tAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGCCTGATATGTACATca > 2:26262/1‑141 (MQ=255) aTTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATcaacaa > 1:251041/1‑141 (MQ=255) aaGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATATATAGCCTAAGCCACGCACCGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTGTCTCTTAGATGACTGATAGGTACATCAACAAttt > 1:172311/1‑140 (MQ=255) aaGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTAAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCAACACACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATACGTACATCAACAAtcc > 1:251436/1‑139 (MQ=255) | AATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTC > USA300TCH1516_ALE/1797638‑1797908 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |