New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2085296 = | 176 (1.040) | 9 (0.060) | 6/268 | 11.9 | 5.6% | coding (173/201 nt) | hlb_1 | Phospholipase C |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2128343 | 144 (0.940) | coding (1/825 nt) | hlb_2 | Phospholipase C | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TTCACTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGA‑GACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAATTTTAGGGACTTTTTAGGGACTTTAAATTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2085150‑2085444 | ttCACTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGCAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGt < 1:245344/149‑1 (MQ=255) ttCACTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGt > 2:1082178/1‑149 (MQ=255) cACTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAGTTTATTATTAGTTGGTGCACTTACGGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCCACCGTTTTGTAt < 1:1171951/149‑1 (MQ=255) cACTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTAt < 1:522364/149‑1 (MQ=255) ccTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATc < 1:725105/148‑1 (MQ=255) aCTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATc < 1:1105075/149‑1 (MQ=255) aCTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACCGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATc < 1:575341/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCaaa < 2:36047/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCaaa < 2:1161356/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCaaa < 1:97954/149‑1 (MQ=255) aaGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGGTTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTgg < 1:1140066/149‑1 (MQ=255) aaCACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTGTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGA‑GACttt > 1:471514/1‑149 (MQ=255) cacTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGGACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGA‑GACTTTTa < 1:1168147/149‑1 (MQ=255) 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ttGTATCCAAACGGGA‑GACTTTTAACATAAAATTACTTATCACTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAATTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAATGTTAGGGACTTTTTAGGGACtttaaatttaaa < 2:72358/149‑1 (MQ=255) tGTATCCAAACTGGA‑GACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAATCTTAGGGACTTTTTAGTGACTTTAAATTTaaaa > 2:1663592/1‑149 (MQ=255) | TTCACTAAAAAAAGTTGCAACACTTGCATTAGCAAATTTATTATTAGTTGGTGCACTTACTGACAATAGTGCCAAAGCCGAATCTAAGAAAGATGATACTGATTTGAAGTTAGTTAGTCATAACGTTTATATGTTATCGACCGTTTTGTATCCAAACTGGA‑GACTTTTAACATAAAATTACTTATCATTCAAAAAGTAAAACAGCATAATATCAAGGTTTATAACTTTATCATTATCAATAATACCTCATATAAAATAAAATTTTAGGGACTTTTTAGGGACTTTAAATTTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2085150‑2085444 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |