| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 173 (1.020) | 129 (1.040) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
56/216 | 0.4 | 50.6% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAAA > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998426 | aCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATAGGGAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGcc < 1:320176/149‑1 (MQ=255) cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCt > 2:1564931/1‑149 (MQ=255) tGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGACTGACGGGTTCGAACCCACGACCCTCGGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg > 2:186021/1‑149 (MQ=255) tGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg > 1:924383/1‑149 (MQ=255) gATTACAAGTCAGTTGCTCTACAAAAAGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAATGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTgg > 2:1224937/1‑149 (MQ=255) aCAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTAACCTTATG‑GGGAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc < 1:836135/149‑1 (MQ=14) cAAGTCAGTTGCTCTACCAATTTAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGCCAGATGCTCT‑CCCAGATGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACg > 1:353526/1‑149 (MQ=255) cAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCACCg > 1:1699779/1‑149 (MQ=255) cAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACg > 1:374858/1‑149 (MQ=255) cAAGTCAGTTGCTCGACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGACTGCCAAca > 2:955857/1‑148 (MQ=255) aaGTCATTTGCTCTACCACTTGCGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 2:1167786/1‑149 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 2:1458824/1‑149 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGCGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCCACCtt > 2:1029919/1‑149 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAACACTGCCTGGCacagtt > 2:576085/1‑144 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt < 2:1252829/149‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt < 1:900267/149‑1 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTa < 1:1655795/149‑1 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAc‑t < 1:216400/149‑1 (MQ=255) 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aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGt > 2:1095892/1‑149 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCCTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGt > 1:1035974/1‑149 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCg < 2:621122/149‑1 (MQ=255) ccGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa > 2:716096/1‑149 (MQ=255) ccGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa > 2:1574131/1‑149 (MQ=255) atatGTAAGAATAAAGGGTGGCGAATGCCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCg < 1:665213/149‑1 (MQ=255) tatGCAAGAATTAATGGGGGATAATGACGGGTTCGGACCGCCGACCCTCTGACTGTAAGTTAGATCCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAGACGGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGa < 2:558788/149‑1 (MQ=14) taggTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGa < 1:417177/146‑1 (MQ=255) tGTCAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 1:518066/149‑1 (MQ=255) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAAGGAGGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 2:610595/149‑1 (MQ=255) 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tGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc < 2:891395/149‑1 (MQ=255) ggCTCT‑CCCAGCTCAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTTCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAGAGTAAGTTTGCCAACGATTGACAATCAGTAGCGTAACCAAAGGTATGTGCATGGGCACAGGTGTCTCCTCCTTGCTATAGTCAcc < 2:1649962/148‑1 (MQ=9) ctcg‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAATTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACGGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg < 1:1047689/149‑1 (MQ=255) cgt‑cCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACCGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:127814/147‑1 (MQ=255) ccAGCTTAGTTAATTCTCCGATTGAATACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata < 2:82262/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata < 2:541215/149‑1 (MQ=255) ccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata > 1:1066418/1‑149 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa < 1:1095892/149‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 2:1538975/149‑1 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 2:1533311/149‑1 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa < 1:1359566/149‑1 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCCGGACACGTTCTAC‑TCCAGCGGAACGTAAGTTCGATCACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa < 2:727666/149‑1 (MQ=14) tAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt < 2:1035974/149‑1 (MQ=255) ttCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTta > 2:411841/1‑149 (MQ=255) ttCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTta > 2:687951/1‑149 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGGGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACGTATGAATGTAATTtat > 1:1631521/1‑149 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtat > 1:739566/1‑149 (MQ=255) ccGATTTAAAACTGCCTGGCAACATAACACGTATA‑CTGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAAGTAATTtataaa > 2:1221947/1‑147 (MQ=11) gATTTAAAACTGCCTGGCAACGTGCTAG‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACAtt > 1:1283147/1‑149 (MQ=255) gttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCa > 1:346875/2‑149 (MQ=25) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCaaaa > 1:1184754/1‑149 (MQ=33) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCaaaa < 2:1624444/149‑1 (MQ=33) | ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCT‑CCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAC‑TCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAAA > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |