Predicted mutation | ||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,232,465 | G→C | A124P (GCG→CCG) | prkC → | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 1,232,465 | 0 | G | C | 99.2% | 424.3 / NA | 123 | A124P (GCG→CCG) | prkC | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (69/53); minor base A (1/0); total (70/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GTTGATGAAGAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATGTGTTAG > USA300TCH1516_ALE/1232321‑1232606 | gTTGATGAAGAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCa < 1:108199/149‑1 (MQ=255) tgatgaAGAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATg > 1:745305/1‑149 (MQ=255) aagaagATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATg < 2:788111/149‑1 (MQ=255) agaagaTCACTGTTACTACTTAGTAAGGCAATATAGCGAACGTCTGACTTTTTTTCAGTATACAGAAAACAATAAGACATTAAATGTTGACACAGCGATTAATTTTACGGATCAAAGATTTGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGc < 2:400/149‑1 (MQ=255) gaagaTGACTGTTACTACTTAGTAATGTAATATATCGAAGTTCCGACTTTGTCGGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCg < 2:390909/149‑1 (MQ=255) gaagaTGACTGTTAATACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCg < 1:220463/149‑1 (MQ=255) gaagaGGACTGTTACAACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCg < 1:484589/149‑1 (MQ=255) gaagaCGACTCTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTTAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCg < 2:1027563/149‑1 (MQ=255) aaataTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCg < 2:977130/145‑1 (MQ=255) aaagaTGACTGTTACTAATTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCg < 1:768334/148‑1 (MQ=255) aTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTAtt < 1:1421675/149‑1 (MQ=255) tGACTGTTACTACTGAGTAATGGAATATAAAGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTg < 1:1071606/149‑1 (MQ=255) tGACTATTACTACTAAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTg < 1:409312/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |