| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,329,645 | C→T | P265L (CCA→CTA) | glpD → | Aerobic glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,329,645 | 0 | C | T | 99.2% | 423.5 / NA | 130 | P265L (CCA→CTA) | glpD | Aerobic glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (60/69); minor base G (1/0); total (61/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TGAAAATTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCCATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTACACAAGAAGAC > USA300TCH1516_ALE/1329499‑1329787 | tGAAAATTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTAt > 2:240480/1‑149 (MQ=255) gAAAATTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTAtt > 2:240901/1‑149 (MQ=255) gAAAATTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTAtt > 1:64791/1‑149 (MQ=255) aaaaTTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCATTCAAAATTCCTATTa > 1:1032651/1‑149 (MQ=255) aaaTTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTTTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTGCTATTAg > 1:649943/1‑149 (MQ=255) aaaTTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAg > 1:1294706/1‑149 (MQ=255) aTTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGt > 1:1072685/1‑149 (MQ=255) taCAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAg > 2:586865/1‑149 (MQ=255) cAATTAAGTCTAAAAAAGTGGGTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTTATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCa < 2:738244/149‑1 (MQ=255) cAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCa > 2:804948/1‑149 (MQ=255) cAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCa < 1:625598/149‑1 (MQ=255) aaTTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAg < 2:374025/149‑1 (MQ=255) aaTTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAg < 1:1301442/149‑1 (MQ=255) ttAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGta < 1:933078/149‑1 (MQ=255) tAAGGCTAAAAAAGTGGTTGATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGtat < 1:102783/149‑1 (MQ=255) aaGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGtata < 1:1376787/149‑1 (MQ=255) aaGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGtata < 1:1620859/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaGTGGTTAATGCAGGAGGGACATACGGTGATGATCTTAGAAGTGCTGATTATGGACGAAATACTAAACAATTAGGTATGACTGATGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTg < 2:1123965/148‑1 (MQ=255) ggTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGaaa > 2:180688/1‑149 (MQ=255) tAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAg < 2:67785/149‑1 (MQ=255) agcagGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGgaa > 1:540654/1‑149 (MQ=255) gcagGTCCATGGGATGATGATGTTAGAAGGGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGgaag < 1:985741/149‑1 (MQ=255) cagGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGgaaga > 1:307608/1‑149 (MQ=255) tCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGa < 2:584170/149‑1 (MQ=255) gggTTGAGGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATCACGTTTAACACCAGGTGTACATGTTGTTATGGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGAttttt < 1:66730/149‑1 (MQ=255) tgatgTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTc > 1:1638572/1‑149 (MQ=255) atgTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCa < 1:1542405/149‑1 (MQ=255) tgTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCAc > 1:598189/1‑149 (MQ=255) gTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACg < 1:1721814/149‑1 (MQ=255) tAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTg < 2:1656507/149‑1 (MQ=255) aGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTACTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGa < 1:980544/149‑1 (MQ=255) aGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGCTGTGATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGa < 1:399163/149‑1 (MQ=255) aaGTAGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAg < 2:244352/149‑1 (MQ=255) aGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGCTGGAAGAATGATTTTTTCAATTCCGCTTGAAgg > 1:1241101/1‑149 (MQ=255) aGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAgg > 1:1441142/1‑149 (MQ=255) aGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAgg > 1:1441116/1‑149 (MQ=255) gtggtgATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGa < 2:540654/149‑1 (MQ=255) ggtgATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGaaa > 1:190117/1‑149 (MQ=255) ggtgATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGaaa > 2:1703558/1‑149 (MQ=255) ggtgATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGaaa > 2:783337/1‑149 (MQ=255) gATTATGCACTCAATACTAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTGGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTCCAATTCCACGTGAAGCAAAAGc < 2:1169971/149‑1 (MQ=255) gATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGc < 1:610270/149‑1 (MQ=255) gATTATGCACGAAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGc < 1:1220197/149‑1 (MQ=255) aTTATGCACGCAATTATAAAGAACTACGTTTAGCTAAAGGTGTAAATGTTGTTACTGATCAATCAAAATCCCTATTCGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCg < 1:932619/149‑1 (MQ=255) aTTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTGTTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAATATACTTTGATACTGAAAAACATGGAATAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAGAGct > 1:804223/1‑148 (MQ=255) ttATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGt < 1:832799/149‑1 (MQ=255) cACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGCAGGAAAAGCGTATGTa > 2:77478/1‑149 (MQ=255) aCGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAg < 2:174712/149‑1 (MQ=255) aCGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAg > 2:1157016/1‑149 (MQ=255) aCGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAg > 2:1350845/1‑149 (MQ=255) aCGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGGGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAg < 1:1627400/149‑1 (MQ=255) cAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGta < 2:812290/149‑1 (MQ=255) cAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGta < 2:1252427/149‑1 (MQ=255) aaaaaaTTACGTTTAACTAAAGGTGTATATGTTGCTATTGATCAATAAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGa < 2:1327801/149‑1 (MQ=255) aaaaTTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATa < 1:1339738/149‑1 (MQ=255) aTTACGTTTAACTAAATGGAGACATGTTGTTATTGAACAATCAAAATTCCTATCAGCTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGAAGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACAt < 2:1511152/149‑1 (MQ=255) ttACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACAtt < 2:1294706/149‑1 (MQ=255) ttACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGAACTACAGATACAtt > 2:515741/1‑149 (MQ=255) tACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTc < 1:346072/149‑1 (MQ=255) tACGTTTAACTAAAGGGGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTc < 1:180688/149‑1 (MQ=255) tgTTTGACGAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTa < 1:385299/148‑1 (MQ=255) cGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAACGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTa < 1:1045835/149‑1 (MQ=255) gTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTAt > 1:589280/1‑149 (MQ=255) tttAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATg > 2:1066668/1‑149 (MQ=255) tttAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATg > 2:1194337/1‑149 (MQ=255) ttAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGa > 1:905104/1‑149 (MQ=255) ttAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGa > 1:1659781/1‑149 (MQ=255) ttAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTACACGTGGAGGAAAGGCGTATGAAGGAACTACAGAGACATTCTAtaa > 2:489319/1‑147 (MQ=255) aCTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACaa > 1:508898/1‑149 (MQ=255) cTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAat < 2:64791/149‑1 (MQ=255) cTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAat < 1:240901/149‑1 (MQ=255) aGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCa > 1:467873/1‑149 (MQ=255) ggTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTTCTATTTTTTTTGAAGGAAAAGCGAATGTAGGTACTACTGATGCATTCTATGACAAGATCaa > 2:339531/1‑149 (MQ=255) ggTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCTACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCaa > 2:881046/1‑149 (MQ=255) ggTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCaa < 1:253403/149‑1 (MQ=255) ggTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCaa > 2:512242/1‑149 (MQ=255) gtACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGTAATTTTATGTGAAGGAAAAGCGTATGTAAGTCATATAGATACATTCTATGATAACATCAAAtt > 2:890826/1‑148 (MQ=255) ataTGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACGTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTGTTGTAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGCTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCtt < 2:1520467/147‑1 (MQ=255) aCATGTTGTTATTAATCAATCAAAATGCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGCTTCTGAAATATATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTACGACAATATCAAATCtt < 2:612379/149‑1 (MQ=255) aTGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGTGTATGTAGGTACTACAGATACCTTCTATGACAATATCAAATCTTCa < 1:959617/149‑1 (MQ=255) aTGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCa < 1:1199502/149‑1 (MQ=255) tgttgtTATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCAc < 2:1553623/149‑1 (MQ=255) tttgtATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCa < 2:7543/145‑1 (MQ=255) ttgttATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCa > 1:1096704/1‑149 (MQ=255) tttATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCAtt < 1:1515654/148‑1 (MQ=255) gttATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCAtt < 1:285955/149‑1 (MQ=255) ttATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTa > 2:342965/1‑149 (MQ=255) ttATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTa < 1:1129338/149‑1 (MQ=255) ttATTGATCAATCAAAATTCCGATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCAGATAAAGGAAAAGCATATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAAGATCAAAGCATCCCAATTa > 2:899299/1‑149 (MQ=255) tATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTaa < 2:589280/149‑1 (MQ=255) tATTGATCAATCAAAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTaa > 1:845343/1‑149 (MQ=255) ttatcaatcaAAATTCCTATGAGTTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTTCAATTCCACGTGAAGGAAAATCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTa < 2:1032651/147‑1 (MQ=255) caatcaaAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTAcaca > 2:608709/1‑149 (MQ=255) caatcaaAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTAcaca > 1:253660/1‑149 (MQ=255) caaAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTACACaagaa > 1:1411829/1‑149 (MQ=255) caaAATTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACAATTCACTACACaagaa > 1:1241714/1‑149 (MQ=255) caaAATTCCTATTAGGTCAAAAAGTATACATTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTACACaagaa < 2:101467/149‑1 (MQ=255) aaaTTCCTATTAGGTCCAGCAGTATACGTGGATACTGAAAAAGATGGCAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTACACAagaaga < 1:52824/149‑1 (MQ=255) aaaTTCCTATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTACACAagaaga > 1:1465612/1‑149 (MQ=255) aaTTCCTATTCGGTCAAGCAGTATACGTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTACACAAGAAGAc < 1:328531/149‑1 (MQ=255) | TGAAAATTATACAATTAAGGCTAAAAAAGTGGTTAATGCAGCAGGTCCATGGGTTGATGATGTTAGAAGTGGTGATTATGCACGCAATAATAAAAAATTACGTTTAACTAAAGGTGTACATGTTGTTATTGATCAATCAAAATTCCCATTAGGTCAAGCAGTATACTTTGATACTGAAAAAGATGGAAGAATGATTTTTGCAATTCCACGTGAAGGAAAAGCGTATGTAGGTACTACAGATACATTCTATGACAATATCAAATCTTCACCATTAACTACACAAGAAGAC > USA300TCH1516_ALE/1329499‑1329787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |