| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,474,639 | C→G | A9129P (GCA→CCA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,474,639 | 0 | C | G | 99.4% | 580.5 / NA | 164 | A9129P (GCA→CCA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (84/78); minor base T (1/0); total (86/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TGATCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTAC‑ACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTAACTGCTT > USA300TCH1516_ALE/1474494‑1474782 | tgatCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTAC‑ACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAATTGGTTg > 2:1490993/1‑149 (MQ=255)tgatCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTAC‑ACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTg > 1:1425473/1‑149 (MQ=255) gatCGATGCGACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTAC‑ACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGa > 1:713884/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |