| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,481,355 | G→T | A6890E (GCA→GAA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,481,355 | 0 | G | T | 98.6% | 431.9 / ‑2.7 | 140 | A6890E (GCA→GAA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (66/70); total (69/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
AAGTTACCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGCAGTTACCGC > USA300TCH1516_ALE/1481211‑1481500 | aaGTTGCCCATGGCTGTATTCAGTTCCTGGGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCCACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCAtt < 2:460631/149‑1 (MQ=255)aaGTTACCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCAtt < 2:354966/149‑1 (MQ=255) ttACCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGATTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGAAGTTACCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGtt > 2:224478/1‑149 (MQ=255) aCCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTCTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGtttt < 2:864215/149‑1 (MQ=255) cATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTAGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGCGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTGTTac > 1:1042999/1‑148 (MQ=255) aTCGCTGTATTCAGTTCCTGAGAGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTAGAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGc > 1:942812/1‑149 (MQ=255) gCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGGTTTTAGCATc > 1:1663942/1‑149 (MQ=255) gCTGTATGCAGTTCCTGAGCGGTTTTAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTACCAGCACCTTTTTGTTCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATc < 2:1360219/149‑1 (MQ=255) ccTGTATGCAGTTCCTTAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATc < 2:783729/148‑1 (MQ=255) tGTTTTCAGTTCTTTAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTg < 2:1547753/149‑1 (MQ=255) tGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCCTTGTTTTTAGCATATg > 2:201714/1‑149 (MQ=255) tcttCAGTTCCTGGGCGGTTTGAATGGCTTGCGTCACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGtt < 2:1372491/147‑1 (MQ=255) tATTCAGTTCCCGGGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGtt < 1:597632/149‑1 (MQ=255) tCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt > 2:483525/1‑149 (MQ=255) gTTCCTGGGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACtttt < 2:1356304/149‑1 (MQ=255) gTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACtttt < 1:273651/149‑1 (MQ=255) gTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACtttt > 1:613732/1‑149 (MQ=255) ttCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTc < 2:81738/149‑1 (MQ=255) ggTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTTTCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAt < 2:276550/149‑1 (MQ=255) ggTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAt < 1:1697230/149‑1 (MQ=255) ggTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAt < 2:463426/149‑1 (MQ=255) ggTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAt < 1:664239/149‑1 (MQ=255) tttGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTc > 1:312766/1‑149 (MQ=255) tttGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTc > 1:1358804/1‑149 (MQ=255) tttGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATGGATGTTTCCAGTAACAGCACCGTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACCCAGATAAG‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTTCTTTTCTATGACCAttg > 1:722829/1‑148 (MQ=255) ttGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa > 1:699905/1‑149 (MQ=255) actGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTGTACTGATTTTTCCAGTAACAGCACCTTGTTGTGCATTGGTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACg < 2:1183098/147‑1 (MQ=255) tGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCt > 2:1531126/1‑149 (MQ=255) tGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGttt > 1:1596881/1‑149 (MQ=255) tcGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTTATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTc < 2:339905/148‑1 (MQ=255) gCGTTCCTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTc < 1:549302/149‑1 (MQ=255) gCGTTCCTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTc < 2:140842/149‑1 (MQ=255) ccttccTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCCCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCg < 2:611974/144‑1 (MQ=255) cGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCg > 2:126225/1‑149 (MQ=255) tACTTCAGTTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTACCTGCACCTTTTTGTGCATTTTTTTAGTTTATTCACTTAGGTACTCGCGCCGTGT‑CTTGGTGTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAg < 1:405708/149‑1 (MQ=255) tACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAg < 1:1530973/149‑1 (MQ=255) ttCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttg > 1:268854/1‑149 (MQ=255) ttCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttg > 1:1543341/1‑149 (MQ=255) tCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttgt > 1:759309/1‑149 (MQ=255) tCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGAAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttgt > 2:687937/1‑149 (MQ=255) gCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTAc > 1:1366976/1‑149 (MQ=255) cAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGtt > 2:1519636/1‑149 (MQ=255) aGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTg > 2:889443/1‑149 (MQ=255) gcTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCGTTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTGTTTTCGTATTTGTTACAGTTGAAAGtgt > 2:1352881/1‑148 (MQ=255) gcTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTAGTAGTTGTTACAGTGTAAAGtac > 2:303919/1‑147 (MQ=255) ttgattgaTGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgctg < 1:1062889/149‑1 (MQ=255) ttgattgaTGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgctg < 2:1216927/149‑1 (MQ=255) gattgatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTgctgct > 1:437122/1‑149 (MQ=255) tgatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCa < 1:1713788/149‑1 (MQ=255) atGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGCTAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCCCCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGACAGTGCTGCTTCAAc > 1:1426816/1‑149 (MQ=255) tGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACt > 1:1223490/1‑149 (MQ=255) tGTTTCCAGTAAAAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTCTCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACt > 1:1232471/1‑149 (MQ=255) gTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑TTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACtt < 2:291739/149‑1 (MQ=255) cAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGAt > 1:1648050/1‑149 (MQ=255) aGTAACAGCGCCTTTTCGTTCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCCTTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGAtt < 1:850117/149‑1 (MQ=255) aCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTTCACTTTTGATTGGtt > 2:1663136/1‑149 (MQ=255) aCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGTTTGGtt > 1:330742/1‑149 (MQ=255) gCATCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGc < 1:782427/149‑1 (MQ=255) gCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCCTTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGc < 2:1433107/149‑1 (MQ=255) gCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGc < 1:1160022/149‑1 (MQ=255) cTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCAttt > 1:630179/1‑149 (MQ=255) cTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCAttt > 1:225544/1‑149 (MQ=255) tttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTCGGTTGA‑TATTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTg > 1:1703892/1‑149 (MQ=255) tttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTg < 2:1015074/149‑1 (MQ=255) tttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTg > 2:1562774/1‑149 (MQ=255) tttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTa < 2:263169/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTTTTTAAGTTTTCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCCCCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAcc < 1:680263/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAcc < 1:100883/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAcc < 1:551090/149‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGCTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAcc < 1:486134/149‑1 (MQ=255) cATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGTTAAG‑TGTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAttt < 2:1466607/149‑1 (MQ=255) cATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACTGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTCTGATTGGTTCGCATTTGTACCAttt > 2:1054622/1‑149 (MQ=255) gTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCtt < 1:1383844/149‑1 (MQ=255) ttACGTTACCTAACGTAGATAAT‑GTTTTGTTTTCATTGTTTTTAGCATCGGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTTTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGa < 2:235217/149‑1 (MQ=255) ttAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGa < 1:1088718/149‑1 (MQ=255) ttAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGa < 1:224478/149‑1 (MQ=255) tAAGTTATCTAGCGTATATATT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTTGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAATGCTTGTTTCGTTGTTGTTACAGTTGAAAGTGTTGCTGCAGGTTGGGGTTGGTTCGCTTTTGTACCATTTGCTTGAt < 2:717573/149‑1 (MQ=255) atttAGCTAACGTAGTTAAG‑TTTTGGTTCTCATTGTGTTTTGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATta < 2:36455/147‑1 (MQ=255) aGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATta < 1:483525/149‑1 (MQ=255) gTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaa > 2:323094/1‑149 (MQ=255) gTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaa > 1:1525837/1‑149 (MQ=255) gTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaa > 2:322785/1‑149 (MQ=255) tATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaata > 2:43644/1‑149 (MQ=255) tATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaata < 1:1450000/149‑1 (MQ=255) tATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaata < 1:1449965/149‑1 (MQ=255) tATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaata < 1:1012413/149‑1 (MQ=255) cTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAataata < 1:989083/149‑1 (MQ=255) cTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAataata > 1:1548249/1‑149 (MQ=255) cTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGAAACTTTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAataata > 1:1264572/1‑149 (MQ=255) cGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAtttt < 1:13360/149‑1 (MQ=255) tAGTTAAT‑GTTTTGTTTTCCTTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTca < 2:722829/149‑1 (MQ=255) tAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGGTTGGTTCGCATTTGTACCGTTGGCTTTACTAAtattatatccc > 2:423624/1‑144 (MQ=255) tAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTca > 1:547612/1‑149 (MQ=255) aTAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTTTCTTTTTTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCTACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagca > 2:1603435/1‑149 (MQ=255) ttggttttCATCGTTTGAAGACTCGGTGACTTTTCTATCACCATTCAAAGCTTGTTTCGTAGTTGTTCCAGTTGAACGTGCTGCTCCAATTTGTAATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGTTTAATAATATTTTCACCAGAAGttt > 2:542836/1‑148 (MQ=255) tggttt‑cATTTTTTTTGGCATCTGTTACTTTTCTACCACCCTTCATCGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGTTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGCAGTTAcc < 2:146900/149‑1 (MQ=255) tgttttCTTTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGCAGTTAcc < 1:565847/148‑1 (MQ=255) gttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCCCCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGCAGTTACCg < 2:1367134/149‑1 (MQ=255) gttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGCAGTTACCg < 2:1159914/149‑1 (MQ=255) ttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGCAGTTACCGc > 1:1616683/1‑149 (MQ=255) | AAGTTACCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGCAGTTACCGC > USA300TCH1516_ALE/1481211‑1481500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |