| Predicted mutation | ||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | 0 | G | C | 99.3% | 480.8 / NA | 137 | R7G (CGC→GGC) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (78/58); minor base A (1/0); total (79/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |