| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,239,571 | Δ1 bp | 7.3% | intergenic (+38/‑152) | USA300HOU_RS06160 → / → recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,239,571 | 0 | G | . | 7.3% | 847.2 / 56.3 | 245 | intergenic (+38/‑152) | USA300HOU_RS06160/recG | hypothetical protein/ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/108); new base . (9/9); total (128/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
AAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAGTCA > USA300TCH1516_ALE/1239481‑1239661 | aaGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAg > 2:1906368/1‑91 (MQ=255)aaGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAg > 2:3480544/1‑91 (MQ=255) gTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGtt > 2:2126667/1‑91 (MQ=255) tCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTgg < 1:2539286/91‑1 (MQ=255) tCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTgg < 1:1450705/91‑1 (MQ=255) aTGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTa > 1:293052/1‑91 (MQ=255) aTGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTa > 1:3807260/1‑91 (MQ=255) gAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGt > 1:3469647/1‑91 (MQ=255) gAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGt < 2:2494804/91‑1 (MQ=255) ggTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGtttt < 2:1880289/91‑1 (MQ=255) gTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGttttt < 2:321157/91‑1 (MQ=255) tGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGtttttt > 1:62901/1‑91 (MQ=255) tGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGtttttt > 2:2777059/1‑91 (MQ=255) aCAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTAtt < 1:1072607/91‑1 (MQ=17) aCAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTAtt < 1:2681907/91‑1 (MQ=18) cAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTAttt > 1:1360590/1‑91 (MQ=255) aaCCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTAtttt < 2:1660879/91‑1 (MQ=17) aaCCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTAtttt < 1:1594614/91‑1 (MQ=255) ccAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGc < 2:1713817/91‑1 (MQ=255) ccAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGc < 2:3342831/91‑1 (MQ=255) ccAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGc < 1:968107/91‑1 (MQ=255) tttATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTAtt < 2:3276818/91‑1 (MQ=255) ttATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATACATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTAttt > 2:383134/1‑91 (MQ=255) ttATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTAttt < 2:3882518/91‑1 (MQ=255) tCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAg < 1:3170559/91‑1 (MQ=255) cAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTTCTATTTTAGt > 2:2595991/1‑91 (MQ=255) cAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGt > 2:2636004/1‑91 (MQ=255) cAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGt > 1:219229/1‑91 (MQ=255) aaTATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTg < 1:2934297/91‑1 (MQ=255) aaTATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTg > 1:2775223/1‑91 (MQ=255) aaTATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTg < 1:573893/91‑1 (MQ=255) aaTATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTg > 1:1719349/1‑91 (MQ=255) atatTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGa < 1:163005/91‑1 (MQ=255) tttCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGatat < 2:274377/91‑1 (MQ=255) tttCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGatat < 2:273440/91‑1 (MQ=255) tCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTg > 1:185153/1‑91 (MQ=255) tCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTg > 2:3492851/1‑91 (MQ=255) ttttCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCg > 1:544064/1‑91 (MQ=255) ttCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCggg > 1:3696421/1‑91 (MQ=255) ttCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCggg < 2:1392618/91‑1 (MQ=255) ttCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCggg < 2:2582502/91‑1 (MQ=255) aGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTa < 1:821821/91‑1 (MQ=255) gTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTaa > 2:2008079/1‑91 (MQ=255) aGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTaaaa < 2:2047336/91‑1 (MQ=255) aGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTaaaa > 1:1960384/1‑91 (MQ=255) aGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTaaaa < 2:2314266/91‑1 (MQ=255) gAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAg > 1:2265623/1‑91 (MQ=255) tAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTAt > 2:843329/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCg > 1:341899/1‑91 (MQ=255) aaaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGt < 1:3736419/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGtt > 2:926744/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGtt > 2:595246/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGtt < 2:2009361/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGtt < 1:983487/91‑1 (MQ=255) tttAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGctct > 1:3123437/1‑91 (MQ=255) tttAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTtct > 1:3188914/1‑91 (MQ=255) tttAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTtct > 2:3107932/1‑91 (MQ=255) ttAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTtctc < 1:3396286/91‑1 (MQ=255) aaataaaaAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAg > 2:2364634/1‑91 (MQ=255) aataaaaAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGt > 2:1758932/1‑91 (MQ=255) aataaaaAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGt > 2:1822654/1‑91 (MQ=255) aaaaaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCt > 1:457647/1‑91 (MQ=255) aaaaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTa > 1:2034142/1‑91 (MQ=255) aaaCTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 1:3657240/1‑91 (MQ=18) aaaCTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 1:3143115/1‑91 (MQ=18) aaaCTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 2:2303288/1‑91 (MQ=18) aaaCTACCAACTGATGATTTATCA‑TTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTGGCTaa > 2:3581352/1‑91 (MQ=18) aaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAAc > 1:419838/1‑91 (MQ=255) aaCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAAc > 1:1713417/1‑91 (MQ=255) aCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACa > 2:115424/1‑91 (MQ=255) aCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACa > 2:507824/1‑91 (MQ=255) aCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACa < 2:2936261/91‑1 (MQ=255) aCTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACa < 1:2769600/91‑1 (MQ=255) cTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATTGTTCTCGAGTTGCTAACaa > 2:1467871/1‑91 (MQ=255) cTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACaa > 1:710420/1‑91 (MQ=255) cTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACaa > 1:3250616/1‑91 (MQ=255) cTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACaa > 1:3253696/1‑91 (MQ=255) tgccAA‑TGATAAATCATCAGTTGGGAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGTTATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAAt < 2:3599512/89‑1 (MQ=255) ccAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGt > 2:1201519/1‑91 (MQ=255) a‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCAt > 1:2500144/1‑91 (MQ=255) tGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATg < 2:2614359/91‑1 (MQ=255) tGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATg < 1:1880934/91‑1 (MQ=255) aTAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGtt < 2:3011240/91‑1 (MQ=255) aTAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGtt < 2:442885/91‑1 (MQ=255) tAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTc < 2:130295/91‑1 (MQ=255) aaTCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCaa > 2:2405017/1‑91 (MQ=255) aaTCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCaa < 1:1188027/91‑1 (MQ=255) aaTCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCaa > 2:3748445/1‑91 (MQ=255) atcatcAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAAc > 1:434649/1‑91 (MQ=255) catcaGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACt > 1:3300221/1‑90 (MQ=255) catcaGTTGGTAGTTTGTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACtt < 2:3711734/91‑1 (MQ=255) tcaGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAg > 1:670225/1‑91 (MQ=255) tcaGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAg > 1:957937/1‑91 (MQ=255) tcaGTTGGTAGTTTTTTATTTTACTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAg < 2:686085/91‑1 (MQ=255) caGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa > 1:3338769/1‑70 (MQ=255) caGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTaa < 2:3338769/70‑1 (MQ=255) aGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAGTc < 1:3475624/91‑1 (MQ=255) aGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAGTc < 1:2414037/91‑1 (MQ=255) aGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAGTc > 2:912609/1‑91 (MQ=255) gTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTCCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAGTCa > 2:3057269/1‑91 (MQ=255) | AAGTTCATGAAGGTGGACAACCAATTTATCAATATTTCTTTTCAGTAGAATAAAAATTTAAAATAAAAAACTACCAA‑TGATAAATCATCAGTTGGTAGTTTTTTATTTTGCTATTTTAGTGATATTGCGGGTTAAAAGTATCGTTCTCGAGTTGCTAACAATGTCATGTTCAACTTAGTCA > USA300TCH1516_ALE/1239481‑1239661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |