| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 115,758 | Δ1 bp | 13.1% | intergenic (+25/‑126) | btr → / → yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 115,758 | 0 | A | . | 13.1% | 658.4 / 89.6 | 213 | intergenic (+25/‑126) | btr/yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/95); new base . (22/6); total (111/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.87e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TTAAACATTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGAT > USA300TCH1516_ALE/115668‑115848 | ttaaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGa < 1:1044155/91‑1 (MQ=255) aaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGata > 1:2799608/1‑91 (MQ=255) aaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGata > 1:2184353/1‑91 (MQ=255) aacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGatat > 1:28660/1‑91 (MQ=255) acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata < 2:3119664/91‑1 (MQ=255) cattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑c < 2:1789536/91‑1 (MQ=255) attaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑Ca > 2:1750198/1‑91 (MQ=255) ttaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CAt < 1:1926522/91‑1 (MQ=255) taaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATa > 2:3308352/1‑91 (MQ=255) taaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATa > 1:1565641/1‑91 (MQ=255) aTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAAttt < 2:2678589/91‑1 (MQ=255) tGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTtg < 2:684201/91‑1 (MQ=255) gATCACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTtgt < 1:3127089/91‑1 (MQ=255) aTTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTtgtg > 2:1630767/1‑91 (MQ=255) aTTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTATG‑TATATCAAAATTtgtg < 1:1082539/91‑1 (MQ=37) tACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAt > 1:2083565/1‑91 (MQ=255) aCGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAtt < 1:1205158/91‑1 (MQ=255) cGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAttt > 2:2972106/1‑91 (MQ=255) cGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAttt > 1:1338398/1‑91 (MQ=255) cGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTATG‑TATATCAAAATTTGTGAttt < 1:1762629/91‑1 (MQ=25) gAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAtttt > 1:717251/1‑91 (MQ=255) gAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAtttt > 2:482781/1‑91 (MQ=255) 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cACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCaa > 1:285198/1‑91 (MQ=255) aCTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCaaa < 2:3782907/91‑1 (MQ=255) cTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAg > 1:2973576/1‑91 (MQ=255) cTTAATTGAAGTAAAACGTCACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAg > 2:3393416/1‑91 (MQ=255) tAATTGAAGTAATACGTTACCCAAGTTCATAAAATGCTCACAAATCACATATTGTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCt < 2:2053375/91‑1 (MQ=255) tAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCt < 1:2017433/91‑1 (MQ=255) aaTTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTa > 1:752812/1‑91 (MQ=255) ttGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTaaa > 2:3333822/1‑91 (MQ=255) 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ttACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATAGA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAtt < 1:3881515/91‑1 (MQ=255) tACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTa < 2:1641924/91‑1 (MQ=255) aCCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTaa > 1:763347/1‑91 (MQ=255) ccAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATg > 1:813746/1‑91 (MQ=255) gTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTa < 1:482781/91‑1 (MQ=255) ttCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTaa > 2:2009034/1‑91 (MQ=255) ttCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTaa > 1:665185/1‑91 (MQ=255) aTAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAt > 1:2667391/1‑91 (MQ=255) 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caaatcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTgg > 2:2366776/1‑91 (MQ=255) atcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCaa < 2:1427893/91‑1 (MQ=255) atcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCaa < 2:1427710/91‑1 (MQ=255) tcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAat < 2:2645429/91‑1 (MQ=255) tcacaaatTATG‑TATATCAAAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAat > 1:1751342/1‑91 (MQ=37) acaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAatat < 1:3665898/91‑1 (MQ=255) caaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTGAAATTGCATAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAAtata < 1:3091079/91‑1 (MQ=255) caaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAAtata < 1:3497972/91‑1 (MQ=255) caaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAAtata < 2:1518161/91‑1 (MQ=255) aaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATataa > 2:1405498/1‑91 (MQ=255) tttGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATataaataa < 1:85758/91‑1 (MQ=255) tGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATg > 1:1188506/1‑91 (MQ=255) gATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGa > 1:916536/1‑91 (MQ=255) gATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATGCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAGTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGa < 2:1648539/91‑1 (MQ=255) | TTAAACATTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGAT > USA300TCH1516_ALE/115668‑115848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |