Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 576,920:1 | +T | 7.9% | intergenic (+343/‑47) | gltX → / → cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 576,920 | 1 | . | T | 7.9% | 807.7 / 60.9 | 202 | intergenic (+343/‑47) | gltX/cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (81/105); new base T (11/5); total (92/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.96e-01 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGT > USA300TCH1516_ALE/576830‑577009 | gATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAAC‑ATACAAGTTGTA‑t < 1:975487/91‑1 (MQ=255) gATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAAC‑ATACAAGTTGTA‑t < 1:2001498/91‑1 (MQ=255) aTAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑t > 2:3530207/1‑91 (MQ=255) aTAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTAGTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGGA‑tt < 2:1233005/91‑2 (MQ=37) tAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑Tg < 2:1122907/91‑1 (MQ=255) tAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑Tg > 2:2783130/1‑91 (MQ=255) ttGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAg > 1:308843/1‑91 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTT‑TGTTAgt > 1:1943570/1‑91 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgt > 1:1679010/1‑91 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgt > 1:2423613/1‑91 (MQ=255) tGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACGTGTA‑TGTTAgt < 2:482053/91‑1 (MQ=255) ggAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtg < 1:255445/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtgg > 1:1346391/1‑91 (MQ=255) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggt > 1:2895973/1‑91 (MQ=255) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAgaggc < 1:921732/91‑5 (MQ=21) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg > 2:1367473/1‑91 (MQ=255) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg < 2:643553/91‑1 (MQ=255) gcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtt > 2:1997862/1‑91 (MQ=255) ccAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCttt < 1:2781163/91‑1 (MQ=255) ccAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCttt > 1:1965916/1‑91 (MQ=255) cAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAGAGGCGCttcc < 2:1179764/91‑3 (MQ=17) atatTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGat < 1:2335261/91‑1 (MQ=255) atatTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGat < 1:2335420/91‑1 (MQ=255) attattAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGatat < 1:2817584/91‑1 (MQ=255) ttattaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATAtt > 2:2262904/1‑91 (MQ=255) attaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTa > 1:2072284/1‑91 (MQ=255) attaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTa < 1:1438081/91‑1 (MQ=255) ttaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTaa < 1:1301224/91‑1 (MQ=255) aaTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAtt > 1:318873/1‑91 (MQ=255) aatgtATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCAAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAttt < 2:3181888/87‑1 (MQ=255) tGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTc < 1:1997418/91‑1 (MQ=255) tGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTc > 1:70002/1‑91 (MQ=255) tGTCATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTc < 1:3494685/91‑1 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg < 1:2264044/91‑1 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg < 1:3777481/91‑1 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg < 1:152220/91‑1 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg > 2:3109855/1‑91 (MQ=255) tCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGt > 1:3815753/1‑91 (MQ=255) cGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTaa > 2:1762714/1‑80 (MQ=255) gCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTAc > 2:1000075/1‑91 (MQ=255) gCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTAc < 1:1543177/91‑1 (MQ=255) gCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTAc > 2:3816857/1‑91 (MQ=255) gCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATACTTAATTTCGCAGGTAc > 2:3714402/1‑91 (MQ=255) tAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACtt > 2:2071032/1‑91 (MQ=255) aaaTTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTc < 2:1725775/91‑1 (MQ=255) aaTTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCa < 1:3562684/91‑1 (MQ=255) aTTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCaa > 2:2556739/1‑91 (MQ=255) ttCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAAt < 1:2880079/91‑1 (MQ=255) cAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTa > 2:3282456/1‑91 (MQ=255) agagTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTAt > 2:1834737/1‑91 (MQ=255) gagTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATg > 1:3689742/1‑91 (MQ=255) agTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGt > 1:1052749/1‑91 (MQ=255) agTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGt < 1:595591/91‑1 (MQ=255) tGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAt > 1:1139661/1‑91 (MQ=255) 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tGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAg < 2:1522816/91‑1 (MQ=255) cGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGtt > 2:1082101/1‑91 (MQ=255) gAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCa < 2:2531385/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCa < 2:723702/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCa > 2:28137/1‑91 (MQ=255) gAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCa < 1:2231391/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCa > 2:1535597/1‑91 (MQ=255) aaGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCaa < 1:3426629/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |