| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 3,352:1 | +T | 5.7% | intergenic (+36/‑354) | dnaN → / → USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 3,352 | 1 | . | T | 5.7% | 899.0 / 43.2 | 210 | intergenic (+36/‑354) | dnaN/USA300HOU_RS00015 | DNA polymerase III subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (113/85); new base T (8/4); total (121/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
AACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCC > USA300TCH1516_ALE/3261‑3442 | aCCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTATAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGAttaattaa > 2:3054731/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 1:2103671/91‑4 (MQ=38) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 2:1892960/91‑4 (MQ=38) cAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑Tttaattaatca < 2:626609/91‑4 (MQ=38) aaaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACg > 2:3153235/1‑91 (MQ=255) aaGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGt > 1:1754546/1‑91 (MQ=255) aGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAATGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTc > 1:3603830/1‑91 (MQ=255) ggTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCa > 2:2125397/1‑91 (MQ=255) ggTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCa > 2:2241199/1‑91 (MQ=255) tGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATc > 1:3825898/1‑91 (MQ=255) acgacTCGGTAACGCAATAAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCt < 2:1173415/91‑1 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt < 1:874030/91‑1 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt < 2:3666082/91‑1 (MQ=255) cgacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AAAGTCATCCtt > 2:3559312/1‑91 (MQ=255) gacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGACCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCttt < 1:1179703/91‑1 (MQ=255) gacTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCttt > 2:1524747/1‑91 (MQ=255) acTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAGTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTa > 2:3002883/1‑91 (MQ=255) acTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTa < 1:34048/91‑1 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt > 2:234126/1‑91 (MQ=255) cGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAttt > 2:780857/1‑91 (MQ=255) ggTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTAttta < 2:1114343/91‑2 (MQ=21) gTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTAtttat < 2:1557554/91‑3 (MQ=21) tAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTAtttttt < 1:1711303/91‑1 (MQ=255) aaCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTAtttatat < 1:650938/91‑5 (MQ=18) aCGCAATTACTTCTGCCACTCAGATCTTTCGAACACTAAATATACATGAAGGATGACGTGATCAATTAA‑AGCGTCATCCTTTATTTTTTgg < 2:1670221/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACGAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg < 2:3707865/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg > 2:3725768/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg < 2:1306967/91‑1 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg > 2:1422614/1‑91 (MQ=255) aCGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTgg > 1:2658878/1‑91 (MQ=255) cGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGc < 1:1219687/91‑1 (MQ=255) cAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaa > 2:1568647/1‑91 (MQ=255) cAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaa > 1:1130296/1‑91 (MQ=255) attaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaaa > 1:111750/1‑91 (MQ=255) attaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaaa < 1:413603/91‑1 (MQ=255) ttaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaaaa > 1:1114657/1‑91 (MQ=255) ttaattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCaaaaa < 1:2199768/91‑1 (MQ=255) aattTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTA‑ATTTTGCCaaaaaata < 2:873107/91‑4 (MQ=255) tttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAAtt > 1:2885187/1‑91 (MQ=255) ttACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTc > 2:3864246/1‑91 (MQ=255) aCCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCtt > 2:2822517/1‑67 (MQ=255) ccAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAg > 2:1117063/1‑91 (MQ=255) ccAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAg < 2:921760/91‑1 (MQ=255) cAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAgg < 2:2170461/91‑1 (MQ=255) cAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAgg < 1:2554501/91‑1 (MQ=255) cAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCg < 1:2615323/91‑1 (MQ=255) aaCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTa < 1:1859494/82‑1 (MQ=255) aaCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTAt > 1:55307/1‑91 (MQ=255) aCTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATg < 1:1245052/91‑1 (MQ=255) aCTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaa < 1:2481248/91‑1 (MQ=255) cTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaaa < 1:1568593/91‑1 (MQ=255) cTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaaa > 1:315520/1‑91 (MQ=255) cTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaaaa < 2:2398306/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaata < 2:325331/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataa > 1:2369707/1‑91 (MQ=255) aaaaTAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataa < 1:1524747/91‑1 (MQ=255) aaataaatATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAaaataaa > 2:3774136/1‑91 (MQ=255) aaataaatATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATATTTTGGCAAAAATAATTCTAGAAGCGAAAGTAaaataaa > 2:3376461/1‑91 (MQ=255) ataaatataaatAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAtt > 1:2058033/1‑91 (MQ=255) ataaatataaatAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAtt > 1:1876445/1‑91 (MQ=255) taaatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAAttt < 2:1834285/91‑1 (MQ=255) aaatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTg < 1:2948453/91‑1 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg < 1:2423620/91‑1 (MQ=255) aatataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTgg < 1:344949/91‑1 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaa < 2:2864121/79‑1 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTaa > 1:2864121/1‑79 (MQ=255) atataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgc < 2:1249885/91‑1 (MQ=255) tataaataAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgca < 2:3799819/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 1:2012408/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 2:3636107/1‑91 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag < 2:2219053/91‑1 (MQ=255) ataaataaAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGgcag > 1:1973675/1‑91 (MQ=255) aataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAt > 2:2704723/1‑91 (MQ=255) ataaaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAtt < 1:3733924/91‑1 (MQ=255) aaaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCAtttt > 1:2263683/1‑91 (MQ=21) aaGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa < 2:1712068/91‑1 (MQ=255) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:387791/1‑91 (MQ=25) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:1354653/1‑91 (MQ=25) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:921903/1‑91 (MQ=25) aaGGATGACGT‑TTTAATTAATCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTa > 1:2817271/1‑91 (MQ=25) aGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaa > 2:272411/1‑91 (MQ=255) aGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaa < 1:2222238/91‑1 (MQ=255) aGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTaa < 2:909137/91‑1 (MQ=255) gACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGc > 2:1162925/1‑91 (MQ=255) gACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGc > 1:2720441/1‑91 (MQ=255) gACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGc > 2:1163174/1‑91 (MQ=255) cGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaa > 2:457899/1‑91 (MQ=255) gttttaattaatCACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATACATTTGGCAGCATTTTAAACAGCaaa > 2:2465737/4‑91 (MQ=38) gATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATa > 1:3067461/1‑91 (MQ=255) gATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATa < 1:3802731/91‑1 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 2:21822/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 2:880797/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 2:22061/1‑91 (MQ=255) attaattaA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaa > 1:100595/1‑91 (MQ=255) ttaattaa‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATaaa > 2:1746034/1‑91 (MQ=255) attaa‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGa > 2:1690399/1‑91 (MQ=255) attaa‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGa > 2:522938/1‑91 (MQ=255) attaa‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGa > 1:768318/1‑91 (MQ=255) taa‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACg > 2:1607338/1‑91 (MQ=255) aa‑aaCGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGc > 1:23381/1‑91 (MQ=255) | AACCAAAAGGTGACGACTCGGTAACGCAATTAATTTTACCAATCAGAACTTACTAAAAATAAATATAAATAAAGGATGACGTGATTAATTAA‑AACGTCATCCTTTATTTTTTGGCAAAAATAATTCTAGGTGCGTATGTAAAATAAATTTGGCAGCATTTTAAACAGCAAATAAAAGACGCC > USA300TCH1516_ALE/3261‑3442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |