| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 897,213:1 | +C | 5.7% | intergenic (‑49/+39) | Int‑Tn_1 ← / ← entA_1 | Transposase from transposon Tn916/Enterotoxin type A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 897,213 | 1 | . | C | 5.7% | 919.7 / 47.8 | 211 | intergenic (‑49/+39) | Int‑Tn_1/entA_1 | Transposase from transposon Tn916/Enterotoxin type A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (104/95); new base C (7/5); total (111/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATG‑CTACCCGGAAAATAATGATTATGACATAATTAATAGATTTATATCGTTTCTTTATAAGAAATATCGACATCCAAATGGAATTTCTCAGAC > USA300TCH1516_ALE/897123‑897303 | tttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTA‑GCATG‑c < 2:2609130/91‑1 (MQ=255) ttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATG‑c > 1:2954486/1‑91 (MQ=255) ttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATG‑c < 2:1316575/91‑1 (MQ=255) ttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATG‑c < 2:2886457/91‑1 (MQ=255) ttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTA‑GCATG‑cc < 1:1274532/91‑2 (MQ=255) ttAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCGTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTA‑GCATG‑cc < 2:2411618/91‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |