Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,552,031:1 | +G | 7.9% | coding (1211/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 ← | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,552,031 | 1 | . | G | 7.9% | 870.9 / 72.2 | 215 | coding (1211/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (87/111); new base G (12/5); total (99/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACATAATGTAG > USA300TCH1516_ALE/2551941‑2552121 | ccTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAc > 1:1161844/1‑91 (MQ=255) ccTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAc > 2:2171595/1‑91 (MQ=255) cTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑t < 2:35103/91‑1 (MQ=255) ggATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTa < 2:1603648/91‑1 (MQ=255) ggATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTa > 1:766703/1‑91 (MQ=255) gATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTaa < 1:3533164/91‑1 (MQ=255) ttGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACAGCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATg > 1:3085712/1‑91 (MQ=255) ttGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATg < 1:3725088/91‑1 (MQ=255) tGCCAAACAATATGTTATTTTCAATGGTATCATTAAATAGATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGt < 1:3601180/91‑1 (MQ=255) tGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGt > 2:1263151/1‑91 (MQ=255) tGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGt < 1:1424652/91‑1 (MQ=255) tGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAA‑GTACGTTAATGt < 2:3421111/91‑1 (MQ=255) gCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTc > 2:1423214/1‑91 (MQ=255) ccAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCa < 2:1900549/91‑1 (MQ=255) ccAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCa > 2:13332/1‑91 (MQ=255) cAAACAATATGTTATCTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAAGACTGCACTAATGTTCGCCATTAACGTCC‑TTAATGTCat < 2:2382120/91‑1 (MQ=255) tatGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTa > 2:1661687/1‑91 (MQ=255) atGTTATTTTCAATCGTATCATTCAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTCTCGACACTAACGTAC‑TTACTGTCATATCTTTac > 2:2487583/1‑90 (MQ=255) atGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTaa > 2:1164886/1‑91 (MQ=255) tGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAat > 2:2113962/1‑91 (MQ=255) tGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAat > 2:554175/1‑91 (MQ=255) tGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAat > 1:2616100/1‑91 (MQ=255) gTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAata > 1:2891342/1‑91 (MQ=255) ttATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAatat > 2:3536185/1‑91 (MQ=255) aTTTTCAATCGTACCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCa > 1:2242280/1‑91 (MQ=255) ttttCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCaa > 2:203545/1‑91 (MQ=255) tttCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAac < 1:2845931/91‑1 (MQ=255) tCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAacac < 2:264025/91‑1 (MQ=255) aaTCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCa > 2:824444/1‑91 (MQ=255) aTCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCAt > 2:1919230/1‑91 (MQ=255) tCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATc < 1:2091538/91‑1 (MQ=255) cGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATATTTAATATCCACACCATCg > 2:2522703/1‑91 (MQ=255) gTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGa > 2:3672380/1‑91 (MQ=255) aTCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATg < 1:3095735/91‑1 (MQ=255) tCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGc < 2:3583939/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGaa > 2:735954/1‑91 (MQ=255) aataaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAatat < 1:658354/91‑1 (MQ=255) ataaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATAtt < 2:483441/91‑1 (MQ=255) aaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTc > 2:1221092/1‑91 (MQ=255) aaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTc > 1:1560091/1‑91 (MQ=255) aaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTc > 1:1559183/1‑91 (MQ=255) aaataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTc > 2:3137723/1‑91 (MQ=255) aataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTcc > 1:1392238/1‑91 (MQ=255) ataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTTC‑TTAATGTCATATCTTTAGGATCAGCACCATCGATGCGAATATTTCca < 2:3347679/91‑1 (MQ=255) ataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCca > 1:253275/1‑91 (MQ=255) ataCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCca > 1:2495225/1‑91 (MQ=255) taCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCcat < 1:263109/91‑1 (MQ=255) taCACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCcat > 1:320061/1‑91 (MQ=255) cacCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCcatca > 1:1872527/1‑91 (MQ=255) acCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCcatcat > 2:1103966/1‑91 (MQ=255) acCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCcatcat > 1:3565669/1‑91 (MQ=255) ttttGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGa > 1:108795/1‑91 (MQ=255) ttttGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGa > 1:1116435/1‑91 (MQ=255) tttGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCGATCATCGat < 1:1950603/91‑1 (MQ=255) tGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGatat < 1:2319764/91‑1 (MQ=255) gAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATc > 2:2401597/1‑91 (MQ=255) gAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATc < 1:3145834/91‑1 (MQ=255) aaaTACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCa < 1:1708717/91‑1 (MQ=255) aaTACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCAt < 1:971511/91‑1 (MQ=255) aTACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATa < 1:586621/91‑1 (MQ=255) aTACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATa < 1:1726819/91‑1 (MQ=255) tACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATaa > 2:1828558/1‑91 (MQ=255) aCTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATaaa < 1:3017435/91‑1 (MQ=255) aCTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATaaa < 1:1675551/91‑1 (MQ=255) cTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACGATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATaaaa > 2:3844137/1‑91 (MQ=255) gCACTAATTTTCGACAGTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCAGCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAgc < 2:1969289/91‑1 (MQ=255) cACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGCTATCATAAAAgcg > 2:1728999/1‑91 (MQ=255) cACTAATATTCGACATTAACGTAC‑TTAATGCAATATCTTTAATATCAACACCATCGATACGAATAATTCCATCATCGATATCATAAAAgcg > 2:2427277/1‑91 (MQ=255) aCTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATGGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAgcgc < 1:3268636/91‑1 (MQ=255) aCTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAgcgc > 1:2471240/1‑91 (MQ=255) aCTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAgcgc > 1:3040509/1‑91 (MQ=255) aCTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAgcgc > 1:1053122/1‑91 (MQ=255) cTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCa < 2:923859/91‑1 (MQ=255) tAATTTTCGACATTAAGGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCaa < 2:3706562/91‑1 (MQ=255) tAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCaa > 1:3642862/1‑91 (MQ=255) tAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCaa > 2:3487922/1‑91 (MQ=255) tttCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGt < 2:3040509/91‑1 (MQ=255) tttCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGt < 2:3228290/91‑1 (MQ=255) tatgACATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATATAAGCGTAAGAGTa > 2:807564/4‑91 (MQ=38) tCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTaa > 2:2350546/1‑91 (MQ=255) tCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTaa < 1:1204765/91‑1 (MQ=255) atgACATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTaa > 1:1466691/3‑91 (MQ=255) tgACATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAg > 1:2793363/2‑91 (MQ=255) gACATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGt > 1:469861/1‑91 (MQ=255) aCATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTg < 2:720852/91‑1 (MQ=255) aCATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTg < 2:721001/91‑1 (MQ=255) aCATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTg > 2:440512/1‑91 (MQ=255) aCATTAACGTAC‑TGAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTg < 2:3763784/91‑1 (MQ=255) aCATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTg > 1:1276409/1‑91 (MQ=255) aCATTAA‑GTACGTTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTg > 2:2564174/1‑91 (MQ=255) cATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGa < 2:1354425/91‑1 (MQ=255) cATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGa < 1:3239685/91‑1 (MQ=255) cATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGa < 2:2891342/91‑1 (MQ=255) aTTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTACGTGAc > 2:3440155/1‑91 (MQ=255) tAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACAt < 2:2267651/91‑1 (MQ=255) aCGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACATaa < 1:3487922/91‑1 (MQ=255) gTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACATAATg < 2:578296/91‑1 (MQ=255) gTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACATAATg < 2:2200954/91‑1 (MQ=255) tAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACATAATGt > 2:3188651/1‑91 (MQ=255) aC‑TTAATGTCATATCTGTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACATAATGTa < 2:1515980/91‑1 (MQ=255) | CCTGGATTGCCAAACAATATGTTATTTTCAATCGTATCATTAAATAAATACACCTTTTGAAATACTGCACTAATTTTCGACATTAACGTAC‑TTAATGTCATATCTTTAATATCAACACCATCGATGCGAATATTTCCATCATCGATATCATAAAAGCGCAAGAGTAAGTGACATAATGTAG > USA300TCH1516_ALE/2551941‑2552121 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |