| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 447,278:1 | +T | 5.9% | intergenic (+266/‑20) | tst_1 → / → speC_1 | Toxic shock syndrome toxin‑1/Exotoxin type C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 447,278 | 1 | . | T | 5.9% | 837.9 / 43.6 | 203 | intergenic (+266/‑20) | tst_1/speC_1 | Toxic shock syndrome toxin‑1/Exotoxin type C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (99/92); new base T (4/8); total (103/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
GTTAAAAACAGGTTAATGTGAATATCCGAATACAGCTCCTATAATATGGGTGTATGATTCAAATTACGTAATAAAACAATCTAATTATAA‑TAGATTGGAGCATACAACTATGAAAATGAAAAATATTGCAAAAATAAGTTTGTTATTAGGAATATTAGCAACAGGTGTAAACACTACAAC > USA300TCH1516_ALE/447189‑447368 | gTTAAAAACAGGTTAATGTGAATATCCGAATACAGCTCCTATAATATGGGTGTATGATTCAAATTACGTAATAAAACAATCTAATTataa‑t > 1:324561/1‑91 (MQ=255)gTTAAAAACAGGTTAATGTGAATATCCGAATACAGCTCCTATAATATGGGTGTATGATTCAAATTACGTAATAAAACAATCTAATTataa‑t > 1:3414069/1‑91 (MQ=255)gTTAAAAACAGGTTAATGTGAATATCCGAATACAGCTCCTATAATATGGGTGTATGATTCAAATTACGTAATAAAACAATCTAATTataa‑t < 1:1724697/91‑1 (MQ=255) ttAAAAACAGGTTAATGTGAATATCCGAATACAGCTCCTATAATATGGGTGTATGATTCAAATTACGTAATAAAACAATCTAATTataa‑ta < 2:3673460/91‑1 (MQ=255) tAAAAACAGGTTAATGTGAATATCCGAATACAGCTCCTATAATATGGGTGTATGATTCAAATTACGTAATAAAACAATCTAATTATAA‑TAg < 1:2241752/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAGGTTAATGTGAATATCCGAATACAGCTCCTATAATATGGGTGTATGATTCAAATTACGTAATAAAACAATCTAATTATAA‑TAGa > 2:1599061/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |