| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 25265 = | 344 (0.620) | 19 (0.050) | 13/114 | NT | 6.8% | intergenic (+163/‑83) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25334 = | 275 (0.700) | intergenic (+232/‑14) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAAATGTCAAATACTTTTTACATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/25377‑25265‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatgtcaaatactttttacattTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGACGGCTATAACTAACAAATATTT > CP000731/25334‑25418 TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA > 1:1120984/1‑91TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA < 1:3580304/91‑1TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACA < 1:3411148/91‑1TAAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTATGATACA > 1:1950928/1‑91 AAAATAATAATAAAAGGAATTAAATTCATTATAACACCTCATAAATGTAAAAAGTATTTGACATTTATGAGTGTAAATATTTTTGATACAA > 2:2882204/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |