| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1983 = | NA (NA) | 277 (0.030) | 25/146 | NT | 9.4% | intergenic (+216/+110) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2028 = | 2928 (0.240) | intergenic (+261/+65) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1050 total aligned reads displayed.
CTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCGTCTGcaagttt‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2073‑1983‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTA > NC_012417/2028‑2124 ATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCGTCTGCAAGTTTAGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTC > 1:1968860/1‑91 CTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCGTCTGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAAT > 2:1583210/1‑91 TGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCGTCTGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAATGTCAATAA > 1:2460580/1‑91 TGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCGTCTGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAA > 2:818108/1‑91 TGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCGTCTGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAA > 2:1983147/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |