| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 750720 = | 201 (1.050) | 26 (0.160) | 14/140 | NT | 14.1% | coding (431/489 nt) | USA300HOU_RS03650 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 750744 = | 140 (0.840) | coding (455/489 nt) | USA300HOU_RS03650 | hypothetical protein | |||||
ATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATAAAGAACCATACAATCATTATAAACATAATGATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/750819‑750720‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataatgattgTATGGTTCTTTATAGATGCTTTATTGATTAATTAAT‑AAAAAGCTTATTGCAAAATATGTTTTTCGGTAACTGTAATTTAGTGATTTTATC > USA300TCH1516_ALE/750744‑750833 ATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATTAAGAACCATACAATCATTATAAACA > 1:3617797/1‑91ATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATGAAGAACCATACAATCATTATAAACA > 1:3617875/1‑91ATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATAAAGAACCATACAATCATTATAAACA > 1:3540253/1‑91ATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATAAAGAACCATACAATCATTATAAACA > 1:2574844/1‑91 TTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATAAAGAACCATACAATCATTATAAACAT > 1:2932310/1‑91 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ATTACAGTTACCGAAAAACATATTTTGCAATAAGCTTTTTATTAATTAATCAATAAAGCATCTATAAAGAACCATACAATCATTATAAACATAATGATTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/750819‑750720‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataatgattgTATGGTTCTTTATAGATGCTTTATTGATTAATTAAT‑AAAAAGCTTATTGCAAAATATGTTTTTCGGTAACTGTAATTTAGTGATTTTATC > USA300TCH1516_ALE/750744‑750833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |