| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 760039 | 135 (0.710) | 15 (0.100) | 8/132 | NT | 11.8% | intergenic (+13/+114) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 760055 | 114 (0.730) | intergenic (+29/+98) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA | |||||
GATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/759936‑760039‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaactgcttgaAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAG < USA300TCH1516_ALE/760055‑759966 GATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAA > 2:403394/1‑91GATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAA < 1:72360/91‑1 ATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAA < 2:2155685/91‑1 TAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATGAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAA < 1:3317207/91‑1 TAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATACTGCATAAAA < 1:1950622/91‑1 TAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAA < 2:3139160/91‑1 TAAATGGTAAAATAGTTCAAAAGGGAAACTATTAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAA < 1:3317677/91‑1 AATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAA > 2:2612508/1‑91 AATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAA > 2:1496056/1‑91 ATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 1:1496056/91‑1 ATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 2:2291802/91‑1 ATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 1:2365749/91‑1 ATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 1:2638860/91‑1 TGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAAC < 2:1835570/91‑1 GGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACT < 1:3441688/91‑1 GTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTG > 2:324504/1‑91 TAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGC > 2:1456113/1‑91 TAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGC > 1:509356/1‑91 TAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGC < 1:2933085/91‑1 TAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGC < 1:3745349/91‑1 TAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGC > 1:2435184/1‑91 AATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTG > 2:2249374/1‑91 AATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTG > 2:336438/1‑91 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CAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 2:518895/91‑1 AATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGT < 1:1969764/91‑1 AATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGT < 1:1969925/91‑1 AATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGT < 1:1165796/91‑1 AATTACTAGCTAATCAAGGTGCGTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGT < 2:3123350/91‑1 ATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCAT < 2:820933/91‑1 TCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATT < 1:2076554/91‑1 AAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGT < 1:3555386/91‑1 AAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGT > 1:2927719/1‑91 AAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGT < 2:1300943/91‑1 AAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTA < 2:1009075/91‑1 AAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTA > 2:1300309/1‑91 AAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTA > 2:1300310/1‑91 AAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTA < 2:207152/91‑1 AAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAA < 1:1366855/91‑1 AAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAA > 1:3240174/1‑91 AAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAA > 1:2552649/1‑91 AACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAAT < 1:3753818/91‑1 AACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAAT > 1:2188170/1‑91 AACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAAT < 1:3753839/91‑1 ACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATT > 2:532499/1‑91 CTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTG > 1:1009358/1‑91 CTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTG > 1:1854882/1‑91 TGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGT < 1:3413543/91‑1 GCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTT < 1:253497/91‑1 GCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTT > 1:2797175/1‑91 CTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTG > 2:301061/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/759936‑760039‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaactgcttgaAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAG < USA300TCH1516_ALE/760055‑759966 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |