| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1165242 = | 229 (1.200) | 33 (0.190) | 18/146 | NT | 14.1% | intergenic (+306/+63) | fib_1/flr_1 | Fibrinogen‑binding protein/FPRL1 inhibitory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1165280 = | 193 (1.110) | intergenic (+344/+25) | fib_1/flr_1 | Fibrinogen‑binding protein/FPRL1 inhibitory protein | |||||
ACGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1165336‑1165242‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggcgtACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTTCTCTT > USA300TCH1516_ALE/1165280‑1165369 ACGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTG > 1:3366676/1‑91ACGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTG > 1:2135189/1‑91ACGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTG > 1:1979613/1‑91ACGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTG > 1:1979514/1‑91ACGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTG < 2:1473489/91‑1 CGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGG < 2:1647269/91‑1 CGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGG < 2:1915371/91‑1 CGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGG < 2:3292919/91‑1 CGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGG > 2:3203488/1‑91 CGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGG < 1:779380/91‑1 CGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGG < 1:2962632/91‑1 CGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGG < 2:2526675/91‑1 GGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGC > 1:16003/1‑91 GGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGC < 1:2318173/91‑1 GTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCG > 2:504368/1‑91 GTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCG > 2:1875558/1‑91 GTGAAATCGACTCGATGACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCG < 2:3704719/91‑1 ACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTAT > 1:190559/1‑91 ACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTAT > 1:190118/1‑91 ACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATA > 1:2159733/1‑91 ATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACC > 1:2178252/1‑91 TGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGT > 2:290471/1‑91 ATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAAT > 2:2312628/1‑91 AAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGA > 1:2288317/1‑91 GTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGA > 2:3106777/1‑91 ACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCA > 2:300691/1‑91 ACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTAGTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTACGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCA > 1:3444699/1‑91 CCAAACGTTAGAAAACAATGCT‑ACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGT > 2:3744022/1‑91 tAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTGCAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGT > 2:966892/2‑91 CAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAAATCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGACGATTTCACCGT > 2:579634/1‑91 AAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTT > 1:1733008/1‑91 AAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTT > 2:240689/1‑91 AAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTT > 1:1262672/1‑91 AAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTT > 2:1806809/1‑91 AAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGCCGACTCCACCGTT > 2:1805717/1‑91 ACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTT > 2:37953/1‑91 ACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTT > 2:501313/1‑91 CGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTT > 2:2006960/1‑91 CGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTT > 2:2008057/1‑91 GTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTA > 2:1639622/1‑91 TAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTGCAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAAC > 2:1931342/1‑91 TAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTGCAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAAC > 1:3217227/1‑91 TAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAAC > 1:2046478/1‑91 AGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACA > 1:2771042/1‑91 AGAAAACAATGCTAACGT‑TTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAA > 2:3519800/1‑91 AGAAAACAATGCTAACGT‑TTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAA > 1:3268817/1‑91 GAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAA > 2:358156/1‑91 GAAAACAATGCTAACGTATTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAA > 2:1370997/1‑91 GAAAACAATGCTAACGT‑TTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAAC > 1:2611422/1‑91 AATGCTAACGTATTGGCGTGCAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAA < 1:1931342/91‑1 TTGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGT < 2:97306/91‑1 TGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATAGCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTT > 1:3274677/1‑91 TGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTT < 1:1410661/91‑1 TGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTT < 1:1410672/91‑1 TGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTT < 1:1410743/91‑1 TGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTT > 1:154519/1‑91 TGGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGCTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTT > 1:3223863/1‑91 GGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTTC < 2:654186/91‑1 GGCGTACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTTC < 1:2479222/91‑1 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TACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTTCTCTT < 2:1021330/91‑1 ACGGTGAAATCGACTCGATTACTTGGTATTAAAAAACATACTGAATTAAATAGTTGTACGCCAAACGTTAGAAAACAATGCTAACGTATTGGCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1165336‑1165242‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggcgtACAACTATTTAATTCAGTATGTTTTTTAATACCAAGTAATCGAGTCGATTTCACCGTTTTTAACAACTTTAATATTTTTTCTGTTCTCTT > USA300TCH1516_ALE/1165280‑1165369 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |