| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1443620 | 75 (0.390) | 26 (0.150) | 6/150 | NT | 27.0% | intergenic (‑193/+160) | USA300TCH1516_01342/brnQ_3 | hypothetical protein/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1804927 | NA (NA) | intergenic (‑215/+426) | USA300TCH1516_01684/pyk | hypothetical protein/Pyruvate kinase | |||||
TTGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1443527‑1443620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgcc‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < USA300TCH1516_ALE/1804927‑1804838 TTGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGT > 1:2273478/1‑91 TGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTG < 2:1522116/91‑1 TGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTG > 2:2343943/1‑91 TGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTG > 1:1542604/1‑91 TGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTG > 1:1542704/1‑91 GGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGCGCAGTGC > 2:2103045/1‑91 GGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGC > 1:597777/1‑91 GGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGC > 2:2784740/1‑91 GGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGC > 2:2289843/1‑91 GGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC > 1:3191575/1‑91 GGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC > 2:234568/1‑91 GGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC > 2:3590896/1‑91 GGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC > 2:3590931/1‑91 ATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCTCAGCCTCG < 1:1664111/91‑1 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TTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTT < 1:885607/91‑1 TTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGGGAC‑GTCTCAGCCTCGGTCTT < 2:2263182/91‑1 TTTTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTT < 2:775568/91‑1 ttaAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTTGGTCTTC < 2:2229107/88‑1 TTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTC < 2:860918/91‑1 tttAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTTGGTCTTCG < 1:2463070/88‑1 tcAAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCG < 1:3555147/89‑1 taAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTTGGTCTTCG < 1:2942640/89‑1 taAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTTGGTCTTCG < 1:3420000/89‑1 taAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCG < 2:3498384/89‑1 TTAAAGTATGTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCG < 1:148253/91‑1 TAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGA < 1:1444313/91‑1 AAAGTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCCAGTCTCAGCCTCGGTCTTCGA < 2:2374078/91‑1 AGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTG < 1:626448/91‑1 GTATTTAAAAGTAAAATTACATGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGG < 1:183742/91‑1 CGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAA < 1:643772/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:902851/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 2:2823081/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 1:1372444/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 2:2244625/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 1:1371841/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:566959/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 2:609084/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 1:3103646/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 1:988606/91‑1 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA > 1:848453/1‑91 GTGCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACA < 2:1059657/91‑1 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GCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATA > 1:2035785/1‑91 GCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATA < 2:1712668/91‑1 GCC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATA > 1:966015/1‑91 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 1:2833103/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC > 2:500959/1‑91 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 1:1082637/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC < 2:2846537/91‑1 CC‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATAC > 2:1770372/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 2:1017496/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:3534220/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:3541565/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:3541733/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:3581225/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 1:2164451/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 2:2785344/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 2:361745/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 2:2783985/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < 2:2558281/91‑1 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 1:2455570/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 2:1213948/1‑91 C‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT > 1:1592328/1‑91 TTGGGCAAAGTGTCTTATTTTTTTAAAGTATTTCAAAGTAAAATTACACGTTAATACGTAGTATTAATGGCGAGACTCCTGAGGGAGCAGTGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1443527‑1443620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgcc‑GTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACT < USA300TCH1516_ALE/1804927‑1804838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |