| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1702267 | 144 (0.760) | 16 (0.100) | 10/138 | NT | 10.8% | intergenic (‑11/+38) | comEA/tylM1 | ComE operon protein 1/dTDP‑3‑amino‑3,6‑dideoxy‑alpha‑D‑glucopyranose N,N‑dimethyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1702290 | 141 (0.860) | intergenic (‑34/+15) | comEA/tylM1 | ComE operon protein 1/dTDP‑3‑amino‑3,6‑dideoxy‑alpha‑D‑glucopyranose N,N‑dimethyltransferase | |||||
AATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1702167‑1702267‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaaaccactcGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATATAT < USA300TCH1516_ALE/1702290‑1702201 AATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAAT < 1:1902861/91‑1AATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAAT > 1:3040455/1‑91 ATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGCTACACTA > 1:3626821/1‑91 ATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATA > 1:605157/1‑91 ATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATA > 1:3715042/1‑91 ATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATA < 1:1014005/91‑1 ATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATA < 1:2881102/91‑1 TTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAA > 2:2353179/1‑91 TTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAA < 1:1371239/91‑1 TAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAA > 2:3724876/1‑91 TAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAA < 2:3498559/91‑1 AATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAA > 1:1053466/1‑91 AATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAA < 1:2268908/91‑1 ATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACGATAAAAC > 1:1939026/1‑91 ATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAAC > 1:3628055/1‑91 ATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAAC < 1:1248335/91‑1 ATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAAC < 1:1248912/91‑1 TACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACC < 2:1586316/91‑1 TACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACC < 2:1535193/91‑1 TACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACC < 2:1065796/91‑1 TACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACC > 1:285384/1‑91 CCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCAC < 2:2162368/91‑1 CCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCAC < 2:3306257/91‑1 CCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCAC < 2:2779227/91‑1 CCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCAC > 1:3336332/1‑91 CCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCAC < 1:3147153/91‑1 CCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCAC < 1:3142536/91‑1 ATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTC > 1:1131904/1‑91 ATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTC < 1:2088193/91‑1 GAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGA < 1:956157/91‑1 AATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAG < 2:1422601/91‑1 AATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAG < 1:1114350/91‑1 AATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAG < 2:1664296/91‑1 TATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGT < 1:1745168/91‑1 TATAACTTCCAGTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAGCCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGT < 2:1562936/91‑1 ATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTG < 2:605157/91‑1 TAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGG < 1:2397906/91‑1 ACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTT < 1:1289550/91‑1 ACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTT < 2:2846791/91‑1 GAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTG > 1:1165991/1‑79 GAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTG < 2:1165991/79‑1 GTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCA < 2:2489561/91‑1 GCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATA < 1:756968/91‑1 GCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATA < 1:757469/91‑1 ATTGATACAATAAAACCTCTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTA < 1:2588896/91‑1 TAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGA < 2:3172350/91‑1 AAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAA < 2:1121429/91‑1 AAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAG < 1:570648/91‑1 AAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAG > 1:3732233/1‑91 AAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAG > 1:3393892/1‑91 AAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAG > 1:2165466/1‑91 AAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAG > 1:2597620/1‑91 ACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTT < 1:441569/91‑1 ACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTT < 1:3773786/91‑1 CCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTA < 1:3333287/91‑1 CACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTAT > 2:1410568/1‑91 CACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTAT > 2:2467322/1‑91 CACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTAT < 1:2445542/91‑1 CACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTAT < 1:2380829/91‑1 CTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATAT > 1:2389613/1‑91 CTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATAT > 1:2561894/1‑91 TCGCTCAGACGTGTATAAGGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACACAATGGAAGTTATATA < 2:678483/91‑1 TCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATATA < 1:2507774/91‑1 TCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATATA < 1:2507159/91‑1 CGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATATAT < 2:1548649/91‑1 CGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATATAT < 2:1220385/91‑1 AATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1702167‑1702267‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaaaccactcGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATATAT < USA300TCH1516_ALE/1702290‑1702201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |