| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2687471 = | 169 (0.890) | 17 (0.100) | 12/138 | NT | 11.5% | intergenic (+25/+44) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2687511 = | 116 (0.710) | intergenic (+65/+4) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2687571‑2687471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgctcatttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2687511‑2687600 AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT > 2:1041405/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG < 2:750652/91‑1 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 2:1444375/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 1:3369278/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 2:3559202/1‑91 TCGTGCTTGTTGTGGAACAGAACAGGACACAGCGAATCAGTTTCCAGGGAAATGATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC < 1:3604011/91‑1 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC > 1:1156558/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC < 2:2035173/91‑1 GTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATATTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTC < 2:20397/91‑1 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGCCCTGATGCTCAT > 2:1291798/1‑91 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCAT > 2:1584974/1‑91 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCAT > 1:1622672/1‑91 GATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCCCAT > 2:369052/1‑91 TTGTTGTGGAACTGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT > 1:2972968/1‑91 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT < 2:1622672/91‑1 TTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTT < 1:2651279/91‑1 TGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTT > 1:1915339/1‑91 TGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTT > 1:1915743/1‑91 GTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTT < 1:1317092/91‑1 GGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTT > 2:1963369/1‑91 TAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCAC > 1:804487/1‑91 AAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAA > 1:1729265/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCA > 2:247601/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCA > 2:247677/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCA > 1:1736880/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTGCTGTTCCACAACAATCA > 1:3320884/1‑91 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACG > 1:6130/1‑91 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACG > 1:3407380/1‑91 GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGA > 2:2336915/1‑91 GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGA > 2:3520651/1‑91 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAT > 1:754112/1‑91 ACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > 1:3877482/1‑91 CAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTA > 1:198039/1‑91 AGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAACTGAGTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGCTTAA > 2:2435493/1‑91 AAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTC > 2:2185141/1‑91 ACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTA > 2:1248246/1‑91 TGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACAT > 2:3642646/1‑91 TGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACAT > 1:1990874/1‑91 TGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACAT > 1:1855244/1‑91 GCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATT < 2:3343610/91‑1 GCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATT < 2:661043/91‑1 GCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATT < 1:120195/91‑1 GCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATT < 2:1707077/91‑1 CTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTT < 1:1248246/91‑1 CTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTT < 1:279914/91‑1 TCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTT < 2:3399250/91‑1 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC > 2:1295951/1‑91 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC > 2:1012726/1‑91 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC < 1:990138/91‑1 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC > 2:2585686/1‑91 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC > 2:1344393/1‑91 TTTTTTTTTTTTTTTTTCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCT > 2:3681416/1‑91 TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCT < 2:1135139/91‑1 TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCT > 1:2239693/1‑91 TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCT < 1:333823/91‑1 TTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCT < 2:1135004/91‑1 ttcTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTT > 1:1263821/4‑91 TTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTG > 2:441311/1‑91 TTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTG < 2:1996208/91‑1 TTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGT < 1:2385940/91‑1 TTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGT > 2:237098/1‑91 TTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTT < 1:1580681/91‑1 AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2687571‑2687471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgctcatttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2687511‑2687600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |