| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 25287 | 319 (0.570) | 24 (0.060) | 15/114 | NT | 8.7% | intergenic (+185/‑61) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 25310 | 275 (0.700) | intergenic (+208/‑38) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 937 total aligned reads displayed.
AAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTA > CP000731/25197‑25377 | aaGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTT < 1:2375146‑M1/91‑1 (MQ=255) agagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTg > 1:595428/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt < 1:1912731/91‑1 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:1601744/1‑91 (MQ=255) gagTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTCTTTCACTAATAACGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGt > 1:3091293/1‑91 (MQ=255) gTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTAt > 1:3830781/1‑91 (MQ=255) tACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATc < 1:400785/91‑1 (MQ=255) tACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATc < 1:1542096/91‑1 (MQ=255) aCGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACCTTTGTATCa > 1:3714729/1‑91 (MQ=255) aCGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCa > 2:3803823/1‑91 (MQ=255) aCGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCa > 1:219857/1‑91 (MQ=255) cGAGTTTGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa > 1:3023072/1‑91 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa < 1:487960/91‑1 (MQ=255) cGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaa < 1:2137647/91‑1 (MQ=255) gAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaa < 2:811726/91‑1 (MQ=255) gAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaa < 2:1158070/91‑1 (MQ=255) aGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaaa < 1:3531389/91‑1 (MQ=255) aGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaaa > 2:1444019/1‑91 (MQ=255) gTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaaaa < 1:83674/91‑1 (MQ=255) gTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaaaa > 2:16134/1‑91 (MQ=255) ttCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAat < 1:656324/91‑1 (MQ=255) ttCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAat > 2:2368241/1‑91 (MQ=255) cGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaata < 2:2253095‑M1/91‑14 (MQ=255) cGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAatat < 1:2619664/91‑1 (MQ=255) gCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCaaaaa < 1:1279400/87‑1 (MQ=255) cAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATAttt > 2:2680285/1‑91 (MQ=255) aGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTa > 2:2564157/1‑91 (MQ=255) gCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTac < 1:785037/91‑1 (MQ=255) tCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTc < 1:898623/91‑1 (MQ=255) tCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTc < 2:3177959/91‑1 (MQ=255) tatataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCAt > 1:1008530/1‑91 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa < 2:1417101‑M2/91‑2 (MQ=255) tataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaa < 1:3299387‑M2/91‑3 (MQ=255) aGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATACTGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatg < 2:3404234‑M1/91‑29 (MQ=255) aGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatg > 2:302391‑M2/1‑86 (MQ=255) gTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgt > 2:2465605‑M2/1‑85 (MQ=255) gTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgt > 2:1679714‑M2/1‑85 (MQ=255) tAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTTTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtc > 1:713114‑M2/1‑84 (MQ=255) ttGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaa > 2:2760957‑M2/1‑81 (MQ=255) taaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATa > 1:3219336‑M1/34‑91 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt > 2:602855‑M2/1‑74 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt > 1:1857148‑M2/1‑74 (MQ=255) aCTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttt > 1:3154073‑M2/1‑74 (MQ=255) cTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatacttttt > 1:1682283‑M2/1‑73 (MQ=255) taataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatacttttta > 2:1302528‑M2/1‑72 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttac > 2:2618432‑M2/1‑71 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttac > 1:1749892‑M2/1‑71 (MQ=255) taaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttacat < 1:2404065‑M2/91‑23 (MQ=255) ggTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTa < 2:1521939/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTCCATTTATGAg > 1:1367191/1‑91 (MQ=255) tttAAGATGTATTATAGTGTAAGAGGTATTTGACATTTGTATCGAAAGTATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAgg < 2:423744/91‑1 (MQ=255) tttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAgg > 1:120250/1‑91 (MQ=255) tttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAgg < 2:2905176/91‑1 (MQ=255) tAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGgtg > 2:3686464/1‑91 (MQ=255) aaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGtt > 2:1097275/1‑91 (MQ=255) aaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGtt > 2:3281160/1‑91 (MQ=255) aaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTta > 2:3624194/1‑91 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttaca > 1:3377876‑M2/1‑53 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa > 2:1357138/1‑91 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa > 1:2905196/1‑91 (MQ=255) ttatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGa > 2:1781339/1‑91 (MQ=255) taATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAtt < 1:1176185/91‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacacctt > 2:2122280‑M1/1‑23 (MQ=255) aaTGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacacctt > 1:1802824‑M1/1‑23 (MQ=255) AATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAttt < 1:2747027‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacacctta > 2:3552762‑M1/1‑22 (MQ=255) aTGTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacacctta < 1:864605‑M1/91‑70 (MQ=255) TGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTaa > 2:188339‑M1/1‑91 (MQ=255) gTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacaccttatt > 1:1965580‑M1/1‑20 (MQ=255) gTAAAAAGTATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacaccttatt > 1:976867‑M1/1‑20 (MQ=255) 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gTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttatttttttatatattttaaaacaccttattagtaaaa < 2:3327278‑M2/91‑56 (MQ=255) gTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacaccttattagtaaaa < 2:718867‑M2/91‑56 (MQ=255) GTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCtttt < 2:3865067‑M1/91‑1 (MQ=255) GTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCtttt > 2:120058‑M1/1‑91 (MQ=255) tATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacaccttattagtaaaac < 1:567489‑M1/91‑80 (MQ=255) tATTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacaccttattagtaaaac > 2:3467975‑M1/1‑12 (MQ=255) aTTTGACATTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacaccttattagtaaaaca < 1:2530260‑M1/91‑81 (MQ=255) ATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttat < 1:3653834‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aTTTatgagtgtaaatatttttgatacaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacaccttattagtaaaacaattacta < 2:1273899‑M1/91‑88 (MQ=255) ATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTattattatt > 1:2842536‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTa < 2:2432292‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTa < 1:3580304‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTa > 1:3475200‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTa > 1:1120984‑M1/1‑91 (MQ=255) | AAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTA > CP000731/25197‑25377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |