| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_012417 | = 1974 | 3470 (0.290) | 227 (0.020) | 23/138 | NT | 7.1% | intergenic (+207/+119) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 2041 | NA (NA) | intergenic (+274/+52) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 11168 total aligned reads displayed.
GGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGC > NC_012417/1884‑2058 | ggAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC < 2:721583‑M1/91‑1 (MQ=255)ggAACAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC < 1:3228020‑M1/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACt < 2:3665152/91‑1 (MQ=255) aagaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTA > 1:1267204‑M1/1‑91 (MQ=255) aagaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTA > 2:3820180‑M1/1‑91 (MQ=255) aagaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTA > 1:2260867‑M1/1‑91 (MQ=255) agaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAA < 1:2910536‑M1/91‑1 (MQ=255) gaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAA < 1:1126341‑M1/91‑1 (MQ=255) gaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAA < 2:556128‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAAC > 2:1228724‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaaTATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAAC > 2:2559830‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaTATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACT > 2:78842‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑G < 1:528360‑M1/91‑1 (MQ=255) atatGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GC > 2:173393‑M1/1‑91 (MQ=255) 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gataatAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCAt < 2:1140768‑M2/85‑1 (MQ=255) gataatAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCAt < 2:3744621‑M2/85‑1 (MQ=255) taatAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCATAg < 1:316132‑M2/87‑1 (MQ=255) taatAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCATAg > 1:1470293‑M2/5‑91 (MQ=255) aatAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCATAGc > 2:2622725‑M2/4‑91 (MQ=255) aatAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCATAGc > 2:1819468‑M2/4‑91 (MQ=255) atAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCATAGCg < 1:2965826‑M2/89‑1 (MQ=255) atAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTT‑‑‑GCAGACGAATGTCGGCATAGCg > 2:3046548‑M2/3‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |