New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | = 2148 | 7684 (0.640) | 417 (0.040) | 29/148 | NT | 5.5% | coding (527/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
? | NC_012417 | = 2154 | 7365 (0.670) | coding (521/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
Only 100 of 15174 total aligned reads displayed.
CTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGC > NC_012417/2058‑2239 | cTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTG > 2:1991916‑M1/1‑91 (MQ=255) atcacagcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTg > 2:3722759‑M1/86‑91 (MQ=255) tCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGc > 1:2663892/1‑91 (MQ=255) cAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCg < 2:3792814/91‑1 (MQ=255) cAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCg < 1:1968618/91‑1 (MQ=255) cGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGAtt > 2:3245037/1‑91 (MQ=255) agcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTGCGAtt > 1:487254‑M1/81‑91 (MQ=255) gcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaaggtcgtaccaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaatccTAGCTGCGATTc > 2:1559525‑M1/80‑91 (MQ=255) tCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGgaatcgc < 2:2356747‑M1/91‑8 (MQ=255) CAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCa > 2:2617751‑M2/1‑91 (MQ=255) CAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTAGCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCa > 2:2207707‑M2/1‑91 (MQ=255) tttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTGCGATTCCAGc > 1:3553369‑M1/76‑91 (MQ=255) ATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGc < 1:923029‑M2/91‑1 (MQ=255) ttgtgtagatgtgaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaagtgggataaaaggaaaccTAGCTGCGATTCCAGCt > 2:3569469‑M1/75‑91 (MQ=255) TAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTCACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCt > 2:2962253‑M2/1‑91 (MQ=255) TAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCt < 1:776154‑M2/91‑1 (MQ=255) AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa > 2:2421618‑M2/1‑91 (MQ=255) AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa > 2:127848‑M2/1‑91 (MQ=255) AAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAg < 1:3044135‑M2/91‑1 (MQ=255) AAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAg > 1:1623347‑M2/1‑91 (MQ=255) AAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAg < 1:1276627‑M2/91‑1 (MQ=255) AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAgg > 1:1691038‑M2/1‑91 (MQ=255) AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAgg < 2:1425780‑M2/91‑1 (MQ=255) AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAgg < 2:317388‑M2/91‑1 (MQ=255) aaTTGGAATAGATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCATTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGttt > 2:3503464/1‑91 (MQ=255) aaTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGttt > 1:623740/1‑91 (MQ=255) aTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTc < 1:2399060/91‑1 (MQ=255) aTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTc > 1:1766913/1‑91 (MQ=255) aTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTc > 1:3842753/1‑91 (MQ=255) aTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTc < 2:566054/91‑1 (MQ=255) tGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCt > 1:1136172/1‑91 (MQ=255) tGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCt > 1:2596724/1‑91 (MQ=255) tGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCt > 1:2253811/1‑91 (MQ=255) tGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCt > 1:2473347/1‑91 (MQ=255) aataaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCtttt < 2:3310099/91‑1 (MQ=255) taaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTAt < 2:1621368/91‑1 (MQ=255) ataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATccc > 1:1069220/1‑91 (MQ=255) ataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATccc > 2:444052/1‑91 (MQ=255) 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aaaGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGc > 2:508049/1‑91 (MQ=255) aaGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCGTAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCt < 2:2484783/91‑1 (MQ=255) gTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTaa < 2:3867242/91‑1 (MQ=255) cGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAtttttt < 1:995893/91‑1 (MQ=255) gTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAttttttt < 1:3199204/91‑1 (MQ=255) aTTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGc < 1:56056/91‑1 (MQ=255) aTTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGc > 1:3765144/1‑91 (MQ=255) tAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTAc > 2:2896638/1‑91 (MQ=255) 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CTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAAc > 1:3479056‑M1/1‑91 (MQ=255) CTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTAAAAAAc > 2:777187‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACt > 1:2881404‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACt > 2:283057‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACt > 1:698385‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTg < 2:1489375‑M1/91‑1 (MQ=255) | CTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGC > NC_012417/2058‑2239 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |