| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 42564 = | 92 (0.480) | 70 (0.490) +TACATTATAAAATACATATC |
13/120 | NT | 50.5% | coding (1402/1524 nt) | USA300TCH1516_00035 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1803072 = | NA (NA) | coding (796/807 nt) | USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GGGACATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCAAGTTCTCTTTTGACTTTATTGAGTCCTCGGACAGAC > USA300TCH1516_ALE/42474‑42652 | gACATAAAGTTCTTGGATGAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAg < 1:1908161/91‑1 (MQ=255) aCATAAAGTTCTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGc < 1:3593794/91‑1 (MQ=255) atcaaaaaatttatAAAAAAGACAATTTCTATATTATTTCAATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTgat < 2:901931‑M1/77‑2 (MQ=255) cTTGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGct < 1:3248123/91‑1 (MQ=255) ttGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGcta > 1:1185547/1‑91 (MQ=255) ttGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGcta > 2:882728/1‑91 (MQ=255) ttGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGcta < 2:3167885/91‑1 (MQ=255) ttGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGcta < 2:276906/91‑1 (MQ=255) tGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGctac > 1:311261/1‑91 (MQ=255) tGGATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGctac < 2:2087212/91‑1 (MQ=255) ggATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGctact < 2:1088700/91‑1 (MQ=255) ggATAAGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGctact < 1:603012/91‑1 (MQ=255) aGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACttt < 2:40961/91‑1 (MQ=255) aGTGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACttt < 1:2481779/91‑1 (MQ=255) tGAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTc > 1:269588/1‑91 (MQ=255) gAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCt < 1:3086352/91‑1 (MQ=255) gAAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCt < 1:971306/91‑1 (MQ=255) AAAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCtt > 2:1492263‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAAGACAATTTCTATATTATTTCAATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCtt < 2:2367103‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTta < 1:2027895‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTtata > 1:885917‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTtata > 2:2625560‑M1/1‑91 (MQ=255) AGACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATAtt < 1:3819713‑M1/91‑1 (MQ=255) AGACAAGTTCTATTCAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATCAATTTTT‑GAGGATTTTCAGCACGTTGAGCTACTACTCTTCTTATATTa < 2:963537‑M1/91‑1 (MQ=255) GACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTa < 2:1626922‑M1/91‑1 (MQ=255) GACAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTa > 2:340888‑M1/1‑91 (MQ=255) tgatttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTaa < 2:8222‑M1/33‑1 (MQ=255) tgatttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTaa < 1:737890‑M1/33‑1 (MQ=255) acaatttctatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTaa > 2:3633966‑M2/39‑91 (MQ=255) gatttctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAg < 2:1469546‑M1/34‑1 (MQ=255) caatttctatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTTTTTTTTTTTATCTTGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAg > 2:1839832‑M2/38‑91 (MQ=255) CAATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAg > 1:3290106‑M1/1‑91 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 2:3660638‑M1/35‑1 (MQ=255) atttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCCGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 2:2889366‑M1/35‑1 (MQ=255) atttctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 1:2689264‑M1/35‑1 (MQ=255) atttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 2:34483‑M1/35‑1 (MQ=255) atttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGt < 2:3101013‑M1/35‑1 (MQ=255) tttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATattaattg < 1:3686817‑M1/36‑4 (MQ=255) tttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 1:1774423‑M1/36‑1 (MQ=255) tttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 1:436554‑M1/36‑1 (MQ=255) tttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 2:1707540‑M1/36‑1 (MQ=255) tttctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatctattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 2:3191368‑M1/36‑1 (MQ=255) tttccatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTg < 1:1340652‑M1/36‑1 (MQ=255) ATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg > 1:1741358‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg > 2:1692010‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTCTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTg < 2:3379965‑M1/91‑1 (MQ=255) ttctatcaaataaataatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGc < 1:201432‑M1/37‑1 (MQ=255) tctatcaaataatttatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGTTATTTTCCTTATATTtagttcc < 2:1107599‑M1/38‑4 (MQ=255) ctatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCa < 2:1826368‑M1/39‑1 (MQ=255) tatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAt < 2:1587899‑M1/40‑1 (MQ=255) tatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAt < 2:682086‑M1/40‑1 (MQ=255) tatcaaataattaatagaaatcagcttttttgatatgtattttataatgtaCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCAt < 2:2198274‑M1/40‑1 (MQ=255) CTATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCAt < 1:2187671‑M1/91‑1 (MQ=255) tatattatttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCAtt > 2:2301184‑M2/31‑91 (MQ=255) ATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGCGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTa < 1:3850287‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTa < 1:731570‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTaa > 2:2500395‑M1/1‑91 (MQ=255) tGAAATAATATAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAAt > 1:3706448/1‑91 (MQ=255) ttcaatagaaattgtcttttttATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACaaa > 2:3074071‑M2/23‑91 (MQ=255) taataTAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACaaa > 1:3334482/1‑91 (MQ=255) aataTAGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACaaaa < 2:1872330/91‑1 (MQ=255) tataGAAATTGTCTTTTTTATAAATTTTTTGATTATTTTCAGCTCGTTGAGCTACTACTTTTCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAAcc > 1:557083/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |