| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 282679 | 139 (0.730) | 13 (0.080) | 9/140 | NT | 8.7% | intergenic (‑430/‑143) | hmp/ldh1 | Flavohemoprotein/L‑lactate dehydrogenase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 282694 | 150 (0.900) | intergenic (‑445/‑128) | hmp/ldh1 | Flavohemoprotein/L‑lactate dehydrogenase 1 | |||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
AATAAAATGTGAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTAAACTAAC > USA300TCH1516_ALE/282589‑282769 | aataaaatGTGAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAG > 1:1793016‑M1/1‑91 (MQ=255) ataaaatGTGAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGc < 1:751045/91‑1 (MQ=255) aaatGTGACATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGa < 2:3363639/91‑1 (MQ=255) aaatGTGAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGa < 2:3363532/91‑1 (MQ=255) atGTGAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATg > 1:1720607/1‑91 (MQ=255) tgAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGaca > 1:3523582/1‑91 (MQ=255) tgAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGaca > 1:1585487/1‑91 (MQ=255) gAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGacac < 2:3836444/91‑1 (MQ=255) gAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGacac < 2:3700706/91‑1 (MQ=255) gAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGacac < 2:2428377/91‑1 (MQ=255) aaataaatCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGgtcatgtgtca < 1:133012‑M1/91‑12 (MQ=255) aaataaatCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGAcaca < 1:859644/91‑1 (MQ=255) ataaatCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATg < 1:2315987/91‑1 (MQ=255) taaatCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGa < 2:1964343/91‑1 (MQ=255) aaagCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGAc < 1:284553/91‑1 (MQ=255) tCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACctt < 1:1382226‑M2/91‑4 (MQ=255) acaATTTAACATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACctttt < 1:1446060‑M2/91‑6 (MQ=255) caATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGgtcatgtgtcatccgctttta < 1:3785579‑M1/91‑22 (MQ=255) aaTTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGgtcatgtgtcatccgcttttaa < 1:1973886‑M1/91‑23 (MQ=255) aTTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACcttttaag > 1:1940996‑M2/1‑83 (MQ=255) tttAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACcttttaagt < 2:1779571‑M2/91‑10 (MQ=255) tttAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACcttttaagt < 1:2366322‑M2/91‑10 (MQ=255) tttAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACcttttaagt > 1:2586276‑M2/1‑82 (MQ=255) ttAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACcttttaagtt > 1:2283578‑M2/1‑81 (MQ=255) tAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACcttttaagcta < 2:1537157‑M2/91‑12 (MQ=255) aaTATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGgtcatgtgtcatccgcttttaag < 1:924649‑M1/87‑24 (MQ=255) atatTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATg < 1:264840/91‑1 (MQ=255) ttGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGt < 2:2059403/91‑1 (MQ=255) tGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGtt > 2:2650528/1‑91 (MQ=255) gACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTg < 2:1886141/91‑1 (MQ=255) cccAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGaa < 2:2668554/91‑1 (MQ=255) cccAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGaa < 1:2407358/91‑1 (MQ=255) cccAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGaa < 1:474422/91‑1 (MQ=255) cccAGTACTTAAAGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGaa > 1:2971183/1‑91 (MQ=255) aGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAAt < 2:858357/91‑1 (MQ=255) aGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAAt < 2:1790049/91‑1 (MQ=255) cTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATaaaa > 2:1083279/1‑91 (MQ=255) cTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATaaaa < 1:1114199/91‑1 (MQ=255) ttAACGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAag > 2:352740/1‑91 (MQ=255) aaTGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTCAGTTATGCGTTGAAAATACAagag > 1:3222033/1‑91 (MQ=255) aaTGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAagag > 1:1296633/1‑91 (MQ=255) aTGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAgaga > 1:1051413/1‑91 (MQ=255) aTGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTAATGCGTTGAAAATAAAAgaga < 2:532864/91‑1 (MQ=255) tGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGAt < 2:2025989/91‑1 (MQ=255) cATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGt < 2:1710698/91‑1 (MQ=255) tGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGttt > 2:445230/1‑91 (MQ=255) gTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTa < 2:1080153/91‑1 (MQ=255) gTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTa < 2:1748810/91‑1 (MQ=255) tACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTAtt < 1:1147186/91‑1 (MQ=255) aCATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTAttt > 2:3039228/1‑91 (MQ=255) aCATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTAttt > 1:1406027/1‑91 (MQ=255) cATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTg < 2:1064948/91‑1 (MQ=255) aTTTTATATTTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGc < 1:3727734/91‑1 (MQ=255) aTTTTATATGTGAAATCAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGc < 2:2971311/91‑1 (MQ=255) ttttATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCt < 2:2074693/91‑1 (MQ=255) ttttATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCt > 2:916109/1‑91 (MQ=255) ttttATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCt > 1:588668/1‑91 (MQ=255) tttATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCtt < 2:35853/91‑1 (MQ=255) tttATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCtt > 1:1649883/1‑91 (MQ=255) ttATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCttt < 2:1446060/91‑1 (MQ=255) atGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTa > 2:2817763/1‑91 (MQ=255) tgtgAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTAt < 1:2578459/91‑1 (MQ=255) 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ttAAAAGgtcatgtgtcatccgcttttaagtttgtgatttatttcacatataaaatgtaacatgcattaagtactgggtcaatattaaatt > 2:2906250‑M1/1‑7 (MQ=255) ttAAAAGCGGATGACACATGACcttttaagtttgtgatttatttcacatataaaatgtaacatgcattaagtactgggtcaatattaaatt < 2:2098961‑M2/91‑70 (MQ=255) tAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTaaa > 1:307106/1‑91 (MQ=255) aaaaGgtcatgtgtcatccgcttttaagtttgtgatttatttcacatataaaatgtaacatgcattaagtactgggtcaatattaaattgt < 1:2266894‑M1/91‑87 (MQ=255) aaaaGCGGATGACACATGACcttttaagtttgtgatttatttcacatataaaatgtaacatgcattaagtactgggtcaatattaaattgt < 2:33933‑M2/91‑72 (MQ=255) aaaaGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTCAAc > 1:3127900/1‑91 (MQ=255) aaaGCGGATGACACATGACcttttaagtttgtgatttatttcacatataaaatgtaacatgcattaagtactgggtcaatattaaattgtg < 1:1458025‑M2/91‑73 (MQ=255) aaaGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTAAACt < 2:23904/91‑1 (MQ=255) aGgtcatgtgtcatccgcttttaagtttgtgatttatttcacatataaaatgtaacatgcattaagtactgggtcaatattaaattgtgat > 1:1135988‑M1/1‑2 (MQ=255) aGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTa > 2:2298731/1‑85 (MQ=255) aGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTa < 1:2298832/85‑1 (MQ=255) aGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTAAACTaa < 2:1530651/91‑1 (MQ=255) ggtcatgtgtcatccgcttttaagtttgtgatttatttcacatataaaatgtaacatgcattaagtactgggtcaatattaaattgtgatt > 2:816075‑M1/1‑1 (MQ=255) gCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTAAACTAAc > 2:3163238/1‑91 (MQ=255) | AATAAAATGTGAAATAAATCACAATTTAATATTGACCCAGTACTTAATGCATGTTACATTTTATATGTGAAATAAATCACAAACTTAAAAGCGGATGACACATGACCTTTTAAGTTATGCGTTGAAAATAAAAGAGATGTTTATTTGCTTTTGTATCGTCAATAAGCAGCATTAAACTAAC > USA300TCH1516_ALE/282589‑282769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |