| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 715316 | 155 (0.810) | 15 (0.100) | 10/132 | NT | 10.2% | intergenic (+74/+43) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 715335 | 138 (0.880) | intergenic (+93/+24) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
GTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAG > USA300TCH1516_ALE/715226‑715406 | gTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTT < 1:931673‑M1/91‑1 (MQ=255) aGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGc < 1:673650/91‑1 (MQ=255) gCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCt > 2:2878088/1‑91 (MQ=255) cTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattat < 2:2652668‑M1/91‑10 (MQ=255) taaataaaTTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCttt > 2:2158156/1‑91 (MQ=255) taaataaaTTATATAGAACTATCGATAATAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTACCAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCttt < 2:173438/91‑1 (MQ=255) aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtat > 1:2886325/1‑91 (MQ=255) ataaatTATATAGAGCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATAGAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata < 2:502446/91‑1 (MQ=255) ataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata < 2:394447/91‑1 (MQ=255) ataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata > 1:1171994/1‑91 (MQ=255) ataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTtata < 2:430909/91‑1 (MQ=255) gcacttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt > 2:1390919‑M1/61‑91 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt < 2:2492729/91‑1 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt < 2:3083939/91‑1 (MQ=255) atTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgt > 2:1618592/1‑91 (MQ=255) ttATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAAtgtg < 1:2108861/91‑1 (MQ=255) tatataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc > 1:1261298/1‑91 (MQ=255) acttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGc > 1:3724773‑M1/59‑91 (MQ=255) cttattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCa > 1:3287833‑M1/58‑91 (MQ=255) atataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCa < 1:23161‑M2/91‑2 (MQ=255) tataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaa < 1:271222‑M2/91‑3 (MQ=255) tattgttcatatgataatcaatcgtttatttagaaaaagaaaataaaacatactaAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAAc > 2:3338154‑M1/56‑91 (MQ=255) ataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaac > 2:2196448‑M2/1‑88 (MQ=255) ataGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaac > 1:1739846‑M2/1‑88 (MQ=255) aGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaactt > 1:2417685‑M2/1‑86 (MQ=255) gAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttg < 2:2951355‑M1/91‑26 (MQ=255) aaCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgt < 1:2867777‑M2/91‑8 (MQ=255) aaCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgt > 2:2062953‑M2/1‑84 (MQ=255) aaCTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAACAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgt > 1:3082006‑M2/1‑84 (MQ=255) cTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTggacattataaagctgcgaaacttgtcc < 2:2205383‑M1/91‑29 (MQ=255) aTCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTCCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgt < 1:3108088‑M2/91‑12 (MQ=255) cGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCaacttgtccgttt > 1:2158156‑M2/1‑78 (MQ=255) gATGCTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTgcacattataaagctgcgaaacttgttcgtttt < 1:3010774‑M1/91‑34 (MQ=255) aTACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGttttt < 2:1541406/91‑1 (MQ=255) aTACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGttttt < 1:135625/91‑1 (MQ=255) tACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTa < 2:842801/91‑1 (MQ=255) tAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTa < 2:3018751/91‑1 (MQ=255) aaaCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTAt > 2:3088997/1‑91 (MQ=255) aaCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATg > 1:3344764/1‑91 (MQ=255) aaCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATg > 1:1467118/1‑91 (MQ=255) aCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGt < 2:2770469/91‑1 (MQ=255) cGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtt > 1:3570574/1‑91 (MQ=255) gATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGttt > 1:137234/1‑91 (MQ=255) tAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTa > 1:3644303/1‑91 (MQ=255) aaaTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACAGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAt < 2:3196708/91‑1 (MQ=255) aTTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttt > 2:2615341/1‑91 (MQ=255) ttAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtttt > 2:2268402/1‑91 (MQ=255) ttAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtttt < 1:387681/91‑1 (MQ=255) tAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttc > 1:3135676/1‑91 (MQ=255) aaCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct > 1:822020/1‑91 (MQ=255) aaCTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct < 2:137234/91‑1 (MQ=255) cTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttcttt < 2:118657/91‑1 (MQ=255) aGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttttc < 1:1088803/91‑1 (MQ=255) ttattaTAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaa < 1:1000461/91‑1 (MQ=255) tataAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataa < 2:3751136/91‑1 (MQ=255) tataAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataa < 2:2776319/91‑1 (MQ=255) tataAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaataa < 1:2032305/91‑1 (MQ=255) taaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCttt < 1:3489670/36‑1 (MQ=255) taaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCttt > 2:3489670/1‑36 (MQ=255) taaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAAc > 1:3425137/1‑91 (MQ=255) taaaataaaTATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAAc < 1:1965169/91‑1 (MQ=255) aaataaatATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACga < 2:2400078/91‑1 (MQ=255) aataaataTAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgat > 2:3636998/1‑91 (MQ=255) 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GTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATa < 1:1893464‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATa < 2:193168‑M1/91‑1 (MQ=255) ttgcacattataaagctgcgaaacttgtccgttttatatttattttataataacctaagttaatttatcgtttagtatcgatagttctata > 1:917091‑M1/1‑2 (MQ=255) ttgcacattataaagctgcgaaacttgtccgttttatatttattttataataacctaagttaatttatcgtttagtatcgatagttctata < 1:2176823‑M1/91‑90 (MQ=255) TTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATaa > 1:2497165‑M1/1‑91 (MQ=255) | GTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAGCTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAG > USA300TCH1516_ALE/715226‑715406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |