| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 729254 = | 175 (0.920) | 19 (0.120) | 11/136 | NT | 12.3% | intergenic (+55/‑96) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 729295 = | 122 (0.760) | intergenic (+96/‑55) | USA300HOU_RS03535/aes | hypothetical protein/Acetyl esterase | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACG > USA300TCH1516_ALE/729164‑729344 | gcagttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataa < 2:759921‑M1/1‑1 (MQ=255)gcagttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataa < 2:448663‑M1/1‑1 (MQ=255)gcagttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataa < 1:3298310‑M1/1‑1 (MQ=255) aaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTaa > 2:559490/1‑91 (MQ=255) aaCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTaa > 2:3199932/1‑91 (MQ=255) aCGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTaaa > 2:818001/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTaaaa < 1:1578441/91‑1 (MQ=255) cGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTaaaa < 2:2972242/91‑1 (MQ=255) ttatcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAg > 2:1740524‑M1/87‑91 (MQ=255) tAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGc < 1:3327648/91‑1 (MQ=255) atcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCa > 1:3816979‑M1/85‑91 (MQ=255) tcatcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCaa > 1:378007‑M1/84‑91 (MQ=255) aaaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCaa > 2:2431944/1‑91 (MQ=255) aaaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCaa > 2:1479599/1‑91 (MQ=255) aaaTGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAAt < 2:2575978/91‑1 (MQ=255) atcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGc > 1:10848‑M1/82‑87 (MQ=255) atcgtccatgtattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAAtt > 1:3708065‑M1/82‑91 (MQ=255) tcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTc > 2:3784789‑M1/81‑91 (MQ=255) tcgtccatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTc > 1:981259‑M1/81‑91 (MQ=255) tcatcatttattatctttattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCg > 2:2511811‑M1/80‑91 (MQ=255) gCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGt < 2:1585468/91‑1 (MQ=255) ggATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGtct > 2:373772/1‑91 (MQ=255) ggATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGtct < 1:1392128/91‑1 (MQ=255) gATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGtctc > 1:490986/1‑91 (MQ=255) tAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTa > 2:2670460/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATCCGTCTCTAc > 1:3726705/1‑91 (MQ=255) aaaCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTCTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTActct > 2:3187271/1‑91 (MQ=255) tatctttattcattacagcgtacctctctagttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAAt > 1:3095130‑M1/69‑77 (MQ=255) aaCATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCtt < 2:1321570/91‑1 (MQ=255) cATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTAt > 2:1524848/1‑91 (MQ=255) atatTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATc < 1:2732714/91‑1 (MQ=255) ttGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCggg > 2:27496/1‑91 (MQ=255) tattcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCggg > 1:2480697‑M1/63‑91 (MQ=255) tGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 1:115894/1‑91 (MQ=255) tGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 1:2426896/1‑91 (MQ=255) tGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 1:2183636/1‑91 (MQ=255) attcattacatcgtacctctctatttgttggacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGc > 2:3244617‑M1/62‑91 (MQ=255) ttcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCg > 2:2818119‑M1/61‑91 (MQ=255) gCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACGATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCg < 2:426169/91‑1 (MQ=255) gCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCg < 1:3539014/91‑1 (MQ=255) gCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCg < 1:2824171/91‑1 (MQ=255) tcattacatcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGa > 2:1020010‑M1/60‑91 (MQ=255) cTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGa < 2:3840436/91‑1 (MQ=255) cTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGa < 2:3797151/91‑1 (MQ=255) ttAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGaa < 1:743892/91‑1 (MQ=255) tAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAAt < 1:2947807/91‑1 (MQ=255) atatCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTg < 2:1125016/91‑1 (MQ=255) catcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCt > 1:2914153‑M1/54‑91 (MQ=255) tCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtt < 2:3540075/91‑1 (MQ=255) atcgtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtt > 1:2148830‑M1/53‑91 (MQ=255) cATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttt > 2:3420052/1‑91 (MQ=255) atatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtttt > 2:2914022/1‑91 (MQ=255) atatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCtttt > 1:1828045/1‑91 (MQ=255) atatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTG‑TTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 1:2596083/91‑1 (MQ=255) tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 1:3589246/91‑1 (MQ=255) tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 2:3062403/91‑1 (MQ=255) tatGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt < 2:611986/91‑1 (MQ=255) gtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt > 2:1343338‑M1/50‑91 (MQ=255) gtacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCttttt > 2:2351090‑M1/50‑91 (MQ=255) tacctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTta > 2:1826957‑M1/49‑91 (MQ=255) atGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTta < 1:2663495/91‑1 (MQ=255) atGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTta > 1:3661459/1‑91 (MQ=255) tGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTtat > 2:407156/1‑91 (MQ=255) cctctctatttgttagacgctcatattaatagactgaataaatataAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTtata > 1:1668980‑M1/47‑91 (MQ=255) gATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtattta > 2:946323/1‑91 (MQ=255) gATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtattta < 2:1781079/91‑1 (MQ=255) atatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttat > 2:2712500/1‑91 (MQ=255) tatCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTAtatttatt < 1:2023852/91‑1 (MQ=255) atCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTc > 1:81055/1‑91 (MQ=255) tCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTCACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCa > 2:3805060/1‑91 (MQ=255) ccGAAACTTTACAATTGGATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAg < 2:1922801/91‑1 (MQ=255) ccGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAg < 2:220665/91‑1 (MQ=255) ccGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACGCTTAGCGGGCGAATTGCTTTTTACATTTATTCAg < 2:1093397/91‑1 (MQ=255) gAAACGTTACGATTGAATCACTTTGTTTTTGCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTGCTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTc < 1:1458514/91‑1 (MQ=255) tACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCg < 2:2463590/59‑1 (MQ=255) tACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAat < 2:2047389/91‑1 (MQ=255) aCAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAata < 1:3244395/91‑1 (MQ=255) cAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAatat > 2:725758/1‑91 (MQ=255) aTTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGa > 1:1442650/1‑91 (MQ=255) aaTCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGt < 1:3045547/91‑1 (MQ=255) aTCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTc < 1:1645544/91‑1 (MQ=255) aCTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTaa > 1:594133/1‑91 (MQ=255) tGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACaaa < 1:2506105/91‑1 (MQ=255) gTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAAt < 1:373799/91‑1 (MQ=255) ttttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATa < 2:655520/91‑1 (MQ=255) tttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATag > 2:1652159/1‑91 (MQ=255) tttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATag > 1:1693223/1‑91 (MQ=255) ttAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATaga < 2:3648955/91‑1 (MQ=255) tAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagag < 2:2183636/91‑1 (MQ=255) tAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagag < 1:1768337/91‑1 (MQ=255) aaCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagaga < 2:1677654/91‑1 (MQ=255) aaCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagaga < 1:1961948/91‑1 (MQ=255) aCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagagag < 1:599152/91‑1 (MQ=255) aCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagagag > 1:630973/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATagagag > 2:184941/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGt > 1:803755/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGt > 2:841910/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTa < 1:3444446/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACACATAGAGAGGTAc > 2:2267306/1‑91 (MQ=255) AAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACg < 1:1516460‑M1/91‑1 (MQ=255) | AAACGTAAAAATGCGGATAAAAAACATATTGCTTAATATCATATGAGGGATATCCGAAACTTTACAATTGAATCACTTTGTTTTAACCTTAAAAGCAATTCGTCTCTACTCTTATCGGGCGAATTGCTTTTTATATTTATTCAGTCTATTAATATGAGCGTCTAACAAATAGAGAGGTACG > USA300TCH1516_ALE/729164‑729344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |