| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1168751 | 165 (0.870) | 20 (0.140) | 9/124 | NT | 11.6% | intergenic (+607/+46) | scn_2/USA300HOU_RS05810 | Staphylococcal complement inhibitor/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1168764 | 176 (1.200) | intergenic (+620/+33) | scn_2/USA300HOU_RS05810 | Staphylococcal complement inhibitor/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
TTTAGCAATTAGTATTTCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAGAACATGCCACAATACC > USA300TCH1516_ALE/1168661‑1168841 | tttAGCAATTAGTATTTCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTA < 2:2602782‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAGCAATTAGTATTTCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTAc > 1:2002507/1‑91 (MQ=255) aaagaaaaagtatttcttATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACa > 1:2703458‑M2/19‑91 (MQ=255) cAATTAGTATTTCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACataa > 1:813209/1‑91 (MQ=255) ttAGTATTTCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACAtaataa < 2:3268782/91‑1 (MQ=255) tAGTATTTCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATaaa > 1:534855/1‑91 (MQ=255) tttCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTAatgatttattatgt < 1:3521035‑M1/91‑15 (MQ=255) tttCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATt > 2:3644980‑M2/1‑90 (MQ=255) tttCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATt < 2:3069281‑M2/91‑2 (MQ=255) ttCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTAatgatttattatgta < 2:1736694‑M1/91‑16 (MQ=255) ttCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATta > 2:2452013‑M2/1‑89 (MQ=255) tCTTATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATtag > 2:281949‑M2/1‑88 (MQ=255) ttATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtg < 2:544039‑M1/91‑19 (MQ=255) ttATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtg < 2:1590854‑M1/91‑19 (MQ=255) ttATGCATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATtagtg > 1:2349979‑M2/1‑86 (MQ=255) cATGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATcagtggttct > 1:1955374‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtggttctt < 1:2054732‑M1/91‑25 (MQ=255) tGAGCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttcttt > 1:1519807‑M2/1‑79 (MQ=255) gCTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttctttatc < 2:1898160‑M2/91‑16 (MQ=255) cTTTACTCATGTATTCCTTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttctttatca > 2:2979844‑M2/1‑75 (MQ=255) cTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACTACTACATAATAAATCATtagtggttctttatca < 1:3440988‑M2/91‑17 (MQ=255) cTTTACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttctttatca > 1:162540‑M2/1‑75 (MQ=255) ttACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttctttatcatt > 2:377930‑M2/1‑73 (MQ=255) ttACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttctttatcatt < 1:523131‑M2/91‑19 (MQ=255) tACTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCAttt > 1:3375274/1‑91 (MQ=255) aCTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTc > 1:76290/1‑91 (MQ=255) aCTCATGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTc > 2:361197/1‑91 (MQ=255) tGTATTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTAtcc > 2:821899/1‑90 (MQ=255) aTTCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCAc < 2:1062266/91‑1 (MQ=255) tCATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCActc > 1:2580491/1‑91 (MQ=255) tcatttttAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCActct < 1:3783629/88‑1 (MQ=255) cATTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCActct > 1:854906/1‑91 (MQ=255) cATTTTTAAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCActct < 2:3444130/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTAAGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCtt > 2:889544/1‑91 (MQ=255) aaGTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCGTTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTgg < 2:3188617/91‑1 (MQ=255) gTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGgaa > 1:2708689/1‑91 (MQ=255) gTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGgaa > 1:485248/1‑91 (MQ=255) gTACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTAGCATTTCTTTCTCACGCTTTTACTGgag > 2:162088/1‑90 (MQ=18) tACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGgaag > 2:126573/1‑91 (MQ=255) tACACATTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGgaag > 1:2969667/1‑91 (MQ=255) cacaTTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGgaagaa < 1:665930/91‑1 (MQ=255) caTTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGaaaa < 2:700324/91‑1 (MQ=255) aTTAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGaaaaa < 1:1044943/91‑1 (MQ=255) ttAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAg > 2:2926906/1‑91 (MQ=255) tAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGt > 2:100814/1‑91 (MQ=255) tAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGt < 2:403119/91‑1 (MQ=255) tAGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGt < 1:219471/91‑1 (MQ=255) aGCTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGtt < 2:1439706/91‑1 (MQ=255) cTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTa > 2:2475026/1‑91 (MQ=255) cTACAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTa < 1:3433047/91‑1 (MQ=255) gtaGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACg > 2:1667748/3‑91 (MQ=255) aCAGCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACg > 2:2507428/1‑91 (MQ=255) gCTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGttt < 2:3040285/91‑1 (MQ=255) gCTAATGATAAAGAACCACTACACAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGttt > 2:487963/1‑91 (MQ=255) cTAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTg > 2:2773800/1‑91 (MQ=255) tAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGt > 1:3207931/1‑91 (MQ=255) tAATGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGt < 2:1760414/91‑1 (MQ=255) aaTGATAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaa > 2:377864‑M1/1‑18 (MQ=255) aaTGATAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaa > 2:877292‑M1/1‑18 (MQ=255) aaTGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTa > 1:898920/1‑91 (MQ=255) aTGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAg > 1:2017971/1‑91 (MQ=255) aTGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAg > 1:3339512/1‑91 (MQ=255) tGATAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaaag > 1:2509159‑M1/1‑16 (MQ=255) tGATAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaaag > 1:1273826‑M1/1‑16 (MQ=255) tGATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAGa < 2:2694395/91‑1 (MQ=255) gATAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaaagc > 1:1746996‑M1/1‑15 (MQ=255) gATAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAGaa > 1:368473/1‑91 (MQ=255) aTAAAGAACCACTAatgatttattatgtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaaagct < 1:3478960‑M1/91‑78 (MQ=255) aTAAAGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAGAAc > 2:2123461/1‑91 (MQ=255) tAAAGAACCACTACATCATAAATCTTTAATGGTTCTTTATCATTaaacacagctaatgtgtatttaaaaataggaatacatgagtaaaact > 2:901895‑M1/1‑44 (MQ=255) taagAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGCTCTTAAACATTagccacagctaatgtgtacttaaaaataggaatacatgagtaaaactc > 2:1096453‑M1/2‑43 (MQ=255) aaGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaaagctcat < 1:2060096‑M2/91‑68 (MQ=255) aaGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaaagctcat < 1:2054596‑M2/91‑68 (MQ=255) aaGAACCACTACATAATAAATCATtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaaagctcat < 2:1999590‑M2/91‑68 (MQ=255) aaGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAGAACATg > 1:1108492/1‑91 (MQ=255) aaGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAGAACATg > 2:3635202/1‑91 (MQ=255) aaGAACCACTACATAATAAATCATTAGTGGTTCTTTATCATTTCTATCTCACTCTTTTACTGGAAGAAAAAGTTTACGTTTGTAGAACATg > 1:1307212/1‑91 (MQ=255) aGAACCACTAatgatttattatgtagtggttctttatcattagctgtagctaatgtgtacttaaaaaatgaatacatgagtaaagctcatg < 2:244929‑M1/91‑82 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |