| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2062972 | 153 (0.800) | 34 (0.220) | 16/132 | NT | 19.0% | intergenic (+53/+137) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2062986 | 164 (1.050) | intergenic (+67/+123) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS | |||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
TAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAA > USA300TCH1516_ALE/2062882‑2063062 | tAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGAGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGAT > 2:656427‑M1/1‑91 (MQ=255) aGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGAtt > 2:1263716/1‑91 (MQ=255) aGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGAtt < 1:2074713/91‑1 (MQ=255) gATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTCTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTa > 1:1341110/1‑91 (MQ=255) aTTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTaa > 1:2307639/1‑91 (MQ=255) tttCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTaaa < 1:1173971/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAAt > 2:760725/1‑91 (MQ=255) aaaGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAg < 2:190193/91‑1 (MQ=255) aaaGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAg > 2:3279978/1‑91 (MQ=255) aaGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattccta < 1:1661425‑M1/91‑10 (MQ=255) gTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGaa < 1:997298/91‑1 (MQ=255) tAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAat > 2:2543759/1‑91 (MQ=255) aGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAatc > 1:173905/1‑91 (MQ=255) aGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAatc < 2:608653/91‑1 (MQ=255) gAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAatcc < 2:3035197/91‑1 (MQ=255) aaaTGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaa < 1:1929546‑M1/91‑16 (MQ=255) aaaTGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaa < 2:3093283‑M1/91‑16 (MQ=255) aaTGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaat < 2:1450435‑M1/91‑17 (MQ=255) aTGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatc > 1:1214557‑M2/1‑88 (MQ=255) tGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaatcc < 2:103606‑M1/91‑19 (MQ=255) tGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatcc < 2:610444‑M2/91‑5 (MQ=255) tGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatcc < 2:3125446‑M2/91‑5 (MQ=255) gATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaatcct < 1:1640999‑M1/91‑20 (MQ=255) aTTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaatcctt < 2:3569217‑M1/91‑21 (MQ=255) aTTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaatcctt < 2:646648‑M1/91‑21 (MQ=255) tGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaatccttgg < 2:453033‑M1/91‑23 (MQ=255) tGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttgg > 2:468752‑M2/1‑83 (MQ=255) ggTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggt < 1:2107291‑M2/91‑10 (MQ=255) gTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt > 2:2073345‑M2/1‑81 (MQ=255) gTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt < 2:3578414‑M2/91‑11 (MQ=255) tGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttg > 2:822956‑M2/1‑80 (MQ=255) gCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttga < 2:3823037‑M2/91‑13 (MQ=255) gCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttga < 1:739379‑M2/91‑13 (MQ=255) ttttAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgact > 2:779198‑M2/1‑77 (MQ=255) ttttAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgact < 1:1960272‑M2/91‑15 (MQ=255) ttttAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgact > 1:97797‑M2/1‑77 (MQ=255) ttaattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt < 2:1619577/91‑1 (MQ=255) taattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaatccttggttgactctt < 2:1994497‑M1/91‑32 (MQ=255) taattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATggattcctattttaatccttggttgactctt < 2:1938058‑M1/91‑32 (MQ=255) aattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAGATAAAGTAAAG‑‑AGTCAACCAAGTATgtattcctattttaatccttggttgactcttt < 2:3803697‑M1/91‑33 (MQ=255) aattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttct < 2:3216195/91‑1 (MQ=255) aattaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttct < 1:765010/91‑1 (MQ=255) attaaACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttctt < 1:1575449/91‑1 (MQ=255) aaCTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAAAGTCAACCAAGGATggattcctattttaatccttggttgactctttatt < 1:111879‑M1/91‑36 (MQ=255) aaCTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgt > 1:2696617/1‑91 (MQ=255) aCTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtt < 1:2472440/91‑1 (MQ=255) tttATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtttg < 2:2159976/91‑1 (MQ=255) tttATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtttg < 1:3860691/91‑1 (MQ=255) tATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTa < 1:2642743/91‑1 (MQ=255) tATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTa > 1:1958287/1‑91 (MQ=255) tATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTa < 1:2933985/91‑1 (MQ=255) aTTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTAt > 2:3760804/1‑91 (MQ=255) tttCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTg < 2:1307941/91‑1 (MQ=255) tCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGtt > 2:186190/1‑91 (MQ=255) tAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGtttt > 1:2182293/1‑91 (MQ=255) aGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGttttt > 1:2534778/1‑91 (MQ=255) ttCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTaca < 2:3419106/91‑1 (MQ=255) tCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTacac < 2:2819113/91‑1 (MQ=255) cTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACg > 2:3554037/1‑91 (MQ=255) tACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGa < 1:3578414/91‑1 (MQ=255) tACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGa > 1:904545/1‑91 (MQ=255) aCAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAt < 2:3159519/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtgc > 1:2003980/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtgc < 1:874595/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtgc > 2:3027352/1‑91 (MQ=255) taaataaaATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCg < 1:279779/91‑1 (MQ=255) aataaaataaAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGt < 1:63262/91‑1 (MQ=255) ataaaataaaG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGta > 2:1196613/1‑91 (MQ=255) taaaataaaG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCCGtat > 1:3229781/1‑91 (MQ=255) ataaaG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGt > 1:888110/1‑91 (MQ=255) taaaG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGtt < 2:2616131/91‑1 (MQ=255) taaaG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGtt < 1:493116/91‑1 (MQ=255) taaaG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGtt < 2:1670611/91‑1 (MQ=255) ag‑‑agTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtata > 1:3341068/1‑84 (MQ=255) ag‑‑agTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGtata < 2:3341068/84‑1 (MQ=255) g‑‑agTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGt < 2:3775640/91‑1 (MQ=255) agTCAACCAAGGATggattcctattttaatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaa < 1:1960069‑M1/91‑78 (MQ=255) agTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTGGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGtt > 1:3278598/1‑91 (MQ=255) gTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTa > 1:547764/1‑91 (MQ=255) gTCAACCAAGGATTAAAATAGGAAACCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTa > 1:3073872/1‑91 (MQ=255) tCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTAc < 1:3773549/91‑1 (MQ=255) aCCAAGGATggattcctattttaatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcacc < 2:2345358‑M1/91‑83 (MQ=255) ccAAGGATgaattcctattttaatccttggttgcctctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagttttattaatagcacca > 2:468713‑M1/1‑8 (MQ=255) ccAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcacca < 2:2902584‑M2/91‑70 (MQ=255) cAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaa < 1:656484‑M2/91‑71 (MQ=255) aaGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCg < 1:347302/91‑1 (MQ=255) aGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGt > 1:1264925/1‑91 (MQ=255) aGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGt > 1:1836253/1‑91 (MQ=255) ggATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatca < 1:3403026‑M2/91‑74 (MQ=255) gATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcat < 1:3627262‑M2/91‑75 (MQ=255) gATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcat < 1:3008291‑M2/91‑75 (MQ=255) gATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcat < 2:1340876‑M2/91‑75 (MQ=255) gATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcat < 1:700147‑M2/91‑75 (MQ=255) gATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTcc < 2:2978176/91‑1 (MQ=255) aTTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCa < 1:1490473/91‑1 (MQ=255) aTTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCa < 2:3636975/91‑1 (MQ=255) ttAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcattt < 1:1929851‑M2/91‑77 (MQ=255) ttAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcattt < 1:789471‑M2/91‑77 (MQ=255) ttAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGAtgctg < 2:3525300/62‑1 (MQ=255) tggattcctattttaatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcattt > 1:1542327‑M1/1‑1 (MQ=255) | TAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAG‑‑AGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAA > USA300TCH1516_ALE/2062882‑2063062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |