New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 349720 = | 193 (1.010) | 12 (0.070) | 8/142 | NT | 7.5% | intergenic (+272/‑314) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG |
? | USA300TCH1516_ALE | 349754 = | 125 (0.740) | intergenic (+306/‑280) | USA300HOU_RS01580/yezG_6 | hypothetical protein/putative antitoxin YezG |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTTTAGGGCTATTATTTACAAATAATATAATACTGCAAAGA > USA300TCH1516_ALE/349664‑349844 | cAAGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCt < 1:3766028/91‑1 (MQ=255) aaGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCta > 2:1491656/1‑91 (MQ=255) aGATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACAAAAAAACAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCtat < 2:3295012/91‑1 (MQ=17) gATTATTATAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCtata < 1:1191058/91‑1 (MQ=255) tattatAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAAtt < 1:429219/91‑1 (MQ=255) tattatAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAAtt > 2:2473210/1‑91 (MQ=255) attatAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATta < 2:1211506/91‑1 (MQ=255) ttatAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTTTTATAAtttt > 2:501174/1‑89 (MQ=255) ttatAATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATtat < 2:102952/91‑1 (MQ=255) ctactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattataGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATtata > 1:2056404‑M1/48‑91 (MQ=255) ataATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTTCTATATTTATaa > 2:772099/1‑91 (MQ=255) ataATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaa > 1:2294789/1‑91 (MQ=255) ataATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaa > 2:343544/1‑91 (MQ=255) ataATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaa > 2:2444547/1‑91 (MQ=255) tactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattataGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaa > 1:38417‑M1/47‑91 (MQ=255) tactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattataGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaa > 1:39777‑M1/47‑91 (MQ=255) tactcattattttgtctttctatttatttaactatttataattataGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaa > 1:38998‑M1/47‑91 (MQ=255) taATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaaa > 2:3841926/1‑91 (MQ=255) taATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaaa < 1:2413822/91‑1 (MQ=255) taATTGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATaaa < 1:3030986/91‑1 (MQ=255) ttGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAg < 1:1812050/91‑1 (MQ=255) ttGTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAg < 1:1664130/91‑1 (MQ=255) gTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATAAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGtt < 2:1107467/91‑1 (MQ=255) gTATTACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACAAAAAAAAAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGtt < 2:1618040/91‑1 (MQ=17) tACATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaat > 1:3439983/1‑91 (MQ=255) aCATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaata > 2:3743018/1‑91 (MQ=255) aCATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaata > 2:332452/1‑91 (MQ=255) cATATAGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTtaaataa < 2:2709613/91‑1 (MQ=255) taGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAg > 1:2799753/1‑91 (MQ=255) taGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAg < 1:3633844/91‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGa < 1:1515330/91‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGa < 2:1903/91‑1 (MQ=255) ggTGTTGGTAAATTTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATATTTTTTACTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGa < 2:2878430/91‑1 (MQ=11) ggTGCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGaa > 1:2421417/1‑91 (MQ=255) gCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGa < 2:3278675/91‑1 (MQ=255) gCTGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGa < 1:96895/91‑1 (MQ=255) tGGTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACa < 2:3726968/91‑1 (MQ=255) ggTAAA‑TTTTATTTACGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACaa > 2:2719981/1‑91 (MQ=255) 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ttatttaCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGa > 1:3643617/1‑91 (MQ=255) atttaCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGt < 1:2638883/91‑1 (MQ=255) atttaCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGt > 2:1754236/1‑91 (MQ=255) tttaCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTa > 2:2416331/1‑91 (MQ=255) ttaCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAg > 1:327326/1‑91 (MQ=255) ttaCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAg > 1:2522856/1‑91 (MQ=255) ttaCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAg < 1:2190512/91‑1 (MQ=255) taattatagtaaaaaagatattaatagtatatacttttttacTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGa > 1:2695919‑M2/43‑91 (MQ=255) taattatagtaaaaaagatattaatagtatatacttttttacTATAATTATAAATAGTTAAATAAATTGAAAGACAAAATAATGAGTAGGa > 1:124252‑M2/43‑91 (MQ=255) aCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGa > 1:3240203/1‑91 (MQ=255) aCGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGa < 2:2275754/91‑1 (MQ=255) cGAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAg < 1:1228971/91‑1 (MQ=255) gAAATGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGt > 1:2660914/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGtt < 1:595659/91‑1 (MQ=255) ggCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTTTAg < 2:884006/91‑1 (MQ=255) ggCAAAAAAGTATATACTATTAATATCTTTTTTGCTATAATTATAAATAGTTAAATAAATAGAAAGACAAAATAATGAGTAGGAGTTTTAg > 2:2208142/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |