| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 753677 = | 167 (0.880) | 18 (0.120) | 12/130 | NT | 13.5% | intergenic (+20/+76) | USA300HOU_RS03675/yvdD | hypothetical protein/LOG family protein YvdD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 753732 = | 96 (0.620) | intergenic (+75/+21) | USA300HOU_RS03675/yvdD | hypothetical protein/LOG family protein YvdD | |||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTACCCAGAGGTTTGAAATTTAATATTGATTCAATTAATGATTCCTTAGTGTCG > USA300TCH1516_ALE/753642‑753822 | tAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTgtttgttt < 2:768378/91‑1 (MQ=255)tAATCTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTgtttgttt < 1:2725421/91‑1 (MQ=255) cTTCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAttt > 1:2284184/1‑91 (MQ=255) ttCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttt > 1:3596973/1‑91 (MQ=255) ttCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttt < 1:1838726/91‑1 (MQ=255) tCGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTATCTGATGATAACCATATTAGGGGCGTTTGTTTAttttt > 1:2891048/1‑91 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTAtttttt < 1:2333558/91‑1 (MQ=255) cGAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATAATAGGGGTGTTTGTTTAtttttt < 2:2802937/91‑1 (MQ=255) gAAAGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTa < 1:2579439/91‑1 (MQ=255) attaatcattctaaggttaaaaaataaacaaacacccctaatattattatcatcagctaaacaatgttaggggtgtttgttTATTTTTTaa > 2:2610838‑M2/82‑91 (MQ=255) aaaGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAGCATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTaa < 1:3486007/91‑1 (MQ=255) aaGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAAc < 2:1607148/91‑1 (MQ=255) aGTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAAcc > 2:1438281/1‑91 (MQ=255) gTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt < 1:1335353/91‑1 (MQ=255) gTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt < 2:212120/91‑1 (MQ=255) gTGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt < 2:2192123/91‑1 (MQ=255) aatcattctaaggttaaaaaataAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCt > 1:583163‑M1/24‑91 (MQ=255) tGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCtt > 1:1548506/1‑91 (MQ=255) tGAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCtt < 2:117894/91‑1 (MQ=255) gAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTa > 2:2294648/1‑91 (MQ=255) gAAAAATTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTa > 1:1023570/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAATCTTAGaa > 1:1945552/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAATCTTAGaa > 1:1948270/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGaa > 2:3473030/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGaa > 2:380650/1‑91 (MQ=255) aaTTTATACATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACTTTAGAAt > 2:3269169/1‑91 (MQ=255) aCATAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAAt < 2:1119491/91‑1 (MQ=255) tAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGt < 2:3160745/91‑1 (MQ=255) tAAGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGt < 1:2876796/91‑1 (MQ=255) gaaGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGt < 2:469089/90‑1 (MQ=255) aaGCGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTa < 1:380650/91‑1 (MQ=255) cGTAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGa < 2:2224619/91‑1 (MQ=255) tAACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGGTAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAAc > 1:1751641/1‑91 (MQ=255) AACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACg < 1:1565896‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGa < 1:211650‑M1/91‑1 (MQ=255) aaacacccctaatattgttatcatcagctaaacaatgttaggggtgtttgttTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGt > 2:695389‑M2/53‑91 (MQ=255) AAACACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAACATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGGATGATTAATCGTATGAACGaga < 1:1857428‑M1/91‑2 (MQ=255) aacacccctaatattgttatcatcagctaaacaatgttaggggtgtttgttTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTa > 1:2390605‑M2/52‑91 (MQ=255) ACACCTGTAAGATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACGTTAGAATGATTAATAGTATGAACGAATAc < 2:3858765‑M1/91‑1 (MQ=255) cacccctaatattgttatcatcagctaaacaatgttaggggagtttgttTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTAcc > 2:2519600‑M2/50‑91 (MQ=255) cacccctaatattgttatcatcagctaaacaatgttagcggtgtttgttTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTAcc > 2:2483628‑M2/50‑91 (MQ=255) CACCCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTAcc > 1:1020343‑M1/1‑91 (MQ=255) acccctaatattgttatcatcagctaaacaatgttaggggtgtttgttTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTAccc > 1:3690448‑M2/49‑91 (MQ=255) ccctaatattgttatcatcagctaaacaatgttaggggtgtttgttTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTACCCag > 1:1976499‑M2/47‑91 (MQ=255) CCCTAACATTGTTTAGCTGATGATAACAATATTAGGGGTGTTTGTTTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGAGTACCCag > 1:1991628‑M1/1‑91 (MQ=255) cctaatattgttatcatcagctaaacaatgttaggggtgtttgttTATTTTTTAACCTTAGAATGATTAATCGTATGAACGCGTACCCaga > 1:3727433‑M2/46‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |