| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 954375 | 107 (0.560) | 9 (0.050) | 6/138 | NT | 8.2% | intergenic (+29/+474) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 954395 | 109 (0.660) | intergenic (+49/+454) | gluD/glpQ_1 | NAD‑specific glutamate dehydrogenase/Glycerophosphodiester phosphodiesterase | |||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
AAACGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGTTGACTGTAAAACAATGCCCGTGTAACACGCTCTTTTCAAAAATAGTCGGGGCCCCAACACA > USA300TCH1516_ALE/954305‑954485 | tttttgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt > 1:2368386‑M1/61‑91 (MQ=255)aaaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCt > 2:3682817/1‑91 (MQ=255) aaCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTa < 2:2151265‑M2/91‑2 (MQ=255) aCGTTCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCATaa < 1:3061285‑M2/91‑3 (MQ=255) aCGTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaa > 1:2037105‑M2/1‑89 (MQ=255) tgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGc > 1:1512570‑M1/57‑91 (MQ=255) tgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGc > 2:276899‑M1/57‑91 (MQ=255) tgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGc > 1:1272364‑M1/57‑91 (MQ=255) tgaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGc > 1:1217001‑M1/57‑91 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagc < 1:2886284‑M2/91‑5 (MQ=255) gTACAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagc < 1:2632930‑M2/91‑5 (MQ=255) gaaaagagcgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCt > 1:3511506‑M1/56‑91 (MQ=255) aCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctc < 2:3390274‑M2/91‑7 (MQ=255) aCAGCAGAAGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTaagctc < 1:2115659‑M2/91‑7 (MQ=255) 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cgtgttacacgggcattgttttacagtcaactactgctaaaataaaaTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt > 1:160592‑M1/48‑91 (MQ=255) aaGCAGCTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatt < 1:1465536/91‑1 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGCAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt < 2:3219270/91‑1 (MQ=255) agcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAGAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattt < 2:2487242/91‑1 (MQ=255) gcagcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAatttt < 2:1308202/91‑1 (MQ=255) agcTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttat < 2:2482326/91‑1 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt > 1:2810580/1‑91 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt < 1:762705/91‑1 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt > 2:2651069/1‑91 (MQ=255) cTAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttattt > 2:3670860/1‑91 (MQ=255) tAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttatttt < 1:2167197/91‑1 (MQ=255) tAGATATCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAattttatttt < 2:3705870/91‑1 (MQ=255) tatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCa < 1:1749358/91‑1 (MQ=255) tatCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCa > 2:1339834/1‑91 (MQ=255) tCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagt < 1:2060064/91‑1 (MQ=255) tCGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagt > 1:2507594/1‑91 (MQ=255) cGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCTCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagta > 1:3112457/1‑91 (MQ=255) cGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagta > 2:277314/1‑91 (MQ=255) cGTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagta < 2:885064/91‑1 (MQ=255) gTGGTTGGGCCTAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTCTTTTAGCagtag > 1:1386371/1‑91 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtag < 2:1064525/91‑1 (MQ=255) gTGGTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCagtag > 2:2547282/1‑91 (MQ=255) ggTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGtt < 2:457911/91‑1 (MQ=255) ggTTGGGCATAATTAATTATCATATGTGATTTAACGAGCTTGGGACAGAAAACAAAGCCCTAAGCTCGTTAATTTTATTTTAGCAGTAGtt < 2:655252/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |